漢獻帝初平二年(191)春，袁紹、韓馥推舉劉虞做皇帝，但劉虞終究不敢答應。這年四月，董卓回到長安。七月，袁紹威一逼一韓馥，奪取了冀州。黑山賊寇於毒、白繞、眭固等率領十多萬人到魏郡、東郡搶劫，王肱無力抵抗，太祖領兵趕往東郡，在濮陽同白繞遭遇，大破賊兵。袁紹為此上奏朝廷，舉太祖為東郡太守，郡治設在東武陽。
初平三年(192)春，太祖駐軍頓丘，於毒等進犯東武陽，太祖統兵向西，抄襲於毒在黑山的大本營。於毒聞訊，放棄東武陽回師。太祖在眭固伏兵阻擊，又在內黃縣攻擊匈奴人於夫羅，把他們全部擊潰。這年四月，司徒王允與呂布聯合殺死董卓。董卓的部將李莈、郭汜等又斬殺了王允，攻打呂布。呂布兵敗，向東逃出武關。朝政由李莈等人把持。青州黃巾軍百萬之眾攻入兗州，殺死任城國相鄭遂，進到東平境內。兗州刺史劉岱準備出兵阻擊，濟北國相鮑信勸阻說：“現在賊寇人過百萬，百姓惶恐不安，我部士氣低落，不能與他們正麵交鋒；賊兵隨營有成群老少，軍用物資奇缺，僅靠搶掠供給部隊，如今我們應養一精一蓄銳，先固守城池。他們求戰不得，又攻城不下，勢必離散，然後我們再選派一精一兵強將，占據險要地勢，到時就可一舉攻破賊寇。”劉岱不聽，帶兵與黃巾軍交戰，結果被殺死。鮑信便和州吏萬潛等人一同到東郡去迎接太祖，請他做兗州牧。太祖帶兵在壽張縣東向黃巾軍發動進攻，鮑信力戰身亡，勉強擊潰賊軍。太祖懸賞尋找鮑信的一屍一體，沒有找到，眾人隻好用木頭刻出鮑信的形象，祭奠他。太祖追趕黃巾軍一直到了濟北，黃巾求降。