《永樂大典》於永樂六年(1408)修完之後，藏在南京文淵閣東閣的下閣，永樂十九年(1402)明成祖遷都北京，《永樂大典》便隨之北上北京，藏在宮內的文淵閣，明末文淵閣被焚，《永樂大典》正本下落不明，迄今正本不但一頁未見，且嘉靖後幾乎找不到有關正本的任何相關記載，而亡佚情況，眾說紛紜，撲跡迷離。其中影響較大的有“殉葬說”“萬曆毀焚說”“明末焚毀說”三種。殉葬說主要依據有兩點，一是此書之重抄完成時間與嘉靖帝之葬期有暗合處，二是嘉靖帝喜歡此書，然而此說所作的論證純是推測，沒有一條實據。萬曆毀焚說的可能性也是很小的，因為焚毀《永樂大典》應為大事，會有人提到或史官記錄，外人亦會有傳聞，何以一直無人提及？明末焚毀說，是指毀於明清易代之際，或者直指毀於李自成，也因沒有明確記載，不能證實。
現存的《永樂大典》為嘉靖重抄本，是嘉靖四十一年(1562年)到隆慶元年(1567)，照原本謄寫的一部副本，清初移置翰林院，據史載，這部重錄副本，清乾隆三十七年(1772)開四庫全書館之際，曾在宮中清查，發現丟失1000餘冊2422卷。此後，該書又陸續丟失，其間經鹹豐十年(1860)第二次鴉片戰爭，光緒元年(1875)清點時已不是5000冊。到光緒二十年(1894)僅存800餘冊。光緒二十六年(1900)英美日等八國聯軍攻占北京，曆經劫難的《永樂大典》至清末民初僅存64冊了。現在，經過收集，截止1960年，得730卷，曾由中華書局影印出版。
兩次影印，共得797卷，仍不到原書的4%。
《永樂大典》雖已殘缺不全，但它的價值仍是不可否認的，首先《永樂大典》
具有較大的史料價值，它保存了明永樂以前的大量古代典籍，不少久已亡佚的古籍，正是依賴《永樂大典》的收錄，才得以重見天日。其次，《永樂大典》可作輯佚的依據。對於輯佚來說，類書可補失救殘，是取之不盡，用之不竭的資料寶庫。第三，《永樂大典》可作校書的依據，因《永樂大典》采書多，且多是原段，原篇，原書輯入，對校正其後刻之書中的訛誤有很高的價值。第四，《永樂大典》促進了我國辭書的編纂工作。
最早的現代百科全書
近現代百科全書真正的奠基人是法國學者狄德羅。以狄德羅為首的法國百科全書派，包括達朗貝爾、盧梭、霍爾巴赫、伏爾泰、孟德斯鳩等人，於1751~1780年間編纂了舉世聞名的35卷本《百科全書，或科學、藝術與手工藝大詞典》。這部巨著適應了當時的社會潮流，對封建政權和教會進行了大膽的批判，並極力宣揚無神論的唯物主義，在結束中世紀神學統治、發展近代唯物主義哲學和為法國資產階級革命提供思想準備方麵發揮了重大作用。
《百科》正編17卷，圖版11卷，補編4卷，圖版1卷，索引2卷，共計35卷。
從編纂的角度來看，這部巨著不僅包括藝術、自然、科學內容，而且把工業、貿易等非學院知識也納入其範圍，成為一部真正的人類知識大全，並完成了從教科書向工具書的轉變。
19世紀，百科全書的出版呈現一派繁榮景象。德國的布洛克豪斯、英國的《不列顛百科全書》(當時已出版第1~9版)、美國的《美國百科全書》以及法國的拉魯斯是百科全書的代表作。它們以資料精確、新穎，便於檢索和重視學術性為讀者所稱道，迄今仍興盛不衰。
百科全書在結構上的主要特點，是以條目為主體，全麵係統地介紹知識。
(1)條目是百科全書的基本尋檢單元。編纂者根據工具書檢索性要求，對已有的知識進行整理和分解，即進行百科全書的框架設計，從而得到大小不同的知識主題。把這些主題按一定體例規範撰寫成文，便是百科全書的條目。現代綜合性大型百科全書有幾萬至十幾萬個條目。條目之間用參見係統互相聯係，交叉而不重複，銜接而無疏漏。條目一般由條頭、釋文(包括必要的圖表)和參考書目組成。