孫博準備離開印度洋，先去和阿格裏帕他們會合，沒想到在印度南岸海域遇到海戰，當海戰雙方發現孫博的希望號後，竟然停戰一起追趕起孫博來，莫名其妙之下孫博隻好向阿格裏帕集合的地方逃去，在索科特拉時遇上五丁的艦隊，在五丁的幫助下擊敗了敵人，孫博發現追擊他的竟然是張九以及之前的阿芝沙。
對於張九孫博知道其才能的，而阿芝沙在原遊戲中也是強力人物，於是想將兩人收歸手下，但是兩人都不願意接受孫博最後全部投入五丁手下。
孫博無奈，感謝五丁之後，便繼續上路和阿格裏帕集合，五丁正好順路於是便一起向索科特拉行去，剛到索科特拉，孫博等人卻發現又是海戰，而且其中一方正是阿格裏帕，孫博五丁趕到時戰鬥已經接近尾聲，五丁知道將要獲勝一方是孫博手下之後，很慶幸用不知道用途的霸者之證和孫博建立了盟友關係。
五丁對於孫博的巨無霸戰艦很感興趣，所以沒有急著離開，而是和孫博來到旗艦上，哈萊姆興奮的告訴孫博剛才微損便消滅了葡萄牙的艦隊，孫博知道哈萊姆的意思，於是準備將非洲的歐洲人（葡萄牙）勢力捋一遍，五丁表示願意和孫博一起，反正遲早要有一戰。
孫五聯合艦隊一路橫掃一直到達好望角，五丁表示得返航，而孫博地圖標示的地點也正在好望角附近海域，於是雙方分開。
孫博提醒阿格裏帕注意西方可能聚集力量反撲後，便繼續探險之旅。
按照地圖孫博在開普敦海盆的一座島嶼上找到了線索顯示聖喬治的清真寺可能會有霸者之證的消息，可是這次得到消息之後，孫博對於留下訊息的人產生了疑問，因為留下消息的文字依舊是漢字。
孫博回到開普敦和阿格裏帕再次相聚之後，全艦隊向聖喬治前進，一路上並沒有在遇到歐洲的商船，這種平靜不僅孫博的兩個參謀嗅到了大戰的氣息，就連孫博也有些預感。
孫博到達聖喬治之後便開始到處打聽清真寺的消息，可是語言不通，是的溝通非常困難，好在有些會說葡萄牙語和英語的黑人，最終獲知有個清真寺遺跡，孫博最終尋找到清真寺並且在遺跡中得到了霸者之證的一部分以及另一部分的信息。
通過幾次尋找霸者之證，孫博已經有了經驗知道霸者之證肯定是在索法拉，現在返程又將會是一個多月，孫博決定再次帶著希望號去索法拉尋找霸者之證，隻是這次孫博隻帶了崔氏兄妹，其他人全部留在艦隊，隨時準備迎接大戰。
一個多月後孫博到達索法拉尋找了辛巴威神殿遺跡，並且在其中得到另一部分霸者之證，自此孫博獲得完整的霸者之證。
自從趕走西方人之後，非洲東海岸，五丁的船隊便接管了這裏，孫博準備再去聖喬治的時候再次遇上五丁，雙方交流之後，得知孫博的艦隊可能迎來大海戰後，五丁希望能和孫博一起再次組建聯合艦隊，徹底將西葡聯軍趕回歐洲。
當孫博，五丁等人到達聖喬治時，西葡聯合艦隊也開始進入黃金海岸，西葡聯軍船隻五百餘，孫博五丁聯合艦隊聯合艦隊船隻隻有兩百不到。
在阿格裏帕和周瑜的計謀以及艦隊先進的船隻與軍火支持下，很快消滅了大部分西葡聯軍，孫博主戰艦一艘未損，還獲得了一部分西班牙戰艦。
西葡海上力量大損之後，歐洲迎來了一陣混亂，孫博趁勢前往歐洲，準備先獲得歐洲霸者之證再說，而五丁則是帶著繳獲的物品與戰艦準備返回印度洋。
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