孫博放棄先取得地中海的霸者之證是有原因的，地中海十分繁榮開發度極高，人口也非常密集，加上巴巴羅薩海雷丁能夠擊敗西班牙艦隊使其不敢踏入地中海，孫博猜測海雷丁已經得到了地中海霸者之證，所以孫博不得不先放棄地中海霸者之證，至於北海霸者之證，孫博心中已經有了猜測，所以是否得到線索已經變得不是那麼重要。
來到北海情況並沒有孫博想的那麼糟糕，在各個遺跡尋找霸者之證的旅途中，孫博結識了各商會勢力的領袖，赫德拉姆，麗露等人，同時獲知赫德拉姆獲得了半塊北海霸者之證，另外半塊卻在西班牙人手中，孫博以非洲東南亞地區無限製貿易權為條件，交換到了赫德拉姆手中的半塊霸者之證，並且和二人人建立了盟友關係，中間哈萊姆發現麗露是他以前好友的女兒，對於其成就感到欣慰。
因為已經知道了另外半塊在西班牙的蒂亞手中，孫博希望能和赫德拉姆一樣通過貿易權交換的手段獲取半塊霸者之證，蒂亞卻以孫博所說區域本就屬於西班牙和葡萄牙予以拒絕。
孫博無奈之下隻好以計謀在海上將其俘獲，希望逼其將霸者之證交出，不曾想蒂亞竟然已經猜測出孫博的行動，於是將半塊霸者之證交給了葡萄牙勢力拉斐爾手中。
打草驚蛇之後，孫博沒想過可以順利的再以同樣方式將拉斐爾俘獲，可是沒想到拉斐爾竟然主動找到孫博，要求以霸者之證交換蒂亞，孫博自然同意，在孫博準備去新大陸尋找霸者之證時，和蒂亞簽訂一份協議，新大陸西部屬於明國，東部明國也不會插手。
孫博帶領強大的艦隊向著新大陸前進，在接近百慕大海域時遇到幽靈船，普通攻擊無法對幽靈船產生效果，而近戰又無法將幽靈船上的亡靈船員殺死，孫博在小損之後，想起自己的光明之玉的效果，於是上前廝殺，並且崔氏兄妹利用道術也起到意想不到的效果，順利俘獲了和大型寶船差不多大的幽靈船三艘。
分配完船員後發現人手不夠，於是孫博在聖地亞哥將之前獲取獎勵的水手全部招募出。
之後孫博在塞爾維亞，哈瓦拉，美利達以及波多韋羅尋找到了所有的霸者之證。
最後一枚地中海的霸者之證，孫博需要和海雷丁交手，在返回地中海後，孫博還是希望用和平手段從海雷丁手上的到最後一塊霸者之證，可是事與願違，已經從得知霸者之證好處的海雷丁不甘心將霸者之證放棄。
孫博決定以壓倒性的優勢將海雷丁擊敗，並且逼其交出霸者之證，於是孫博尋找盟友們幫助，最後在第勒尼安海和伊奧尼亞還發生了兩次千船大戰，最終雖然損失巨大，但是卻將海雷丁俘獲。
可是孫博卻從海雷丁處得知，霸者之證竟然被進獻給了奧斯曼土耳其的蘇丹。