次年，任新疆省聯合政府副主席。聯合政府分裂後返回伊寧，以省政府副主席身份領導“三區”政府的各項工作，團結進步力量，逐步糾正革命初期在國家統一和民族關係方麵所犯的錯誤。
1948年8月組建新疆保衛和平民主同盟，任主席。
為了及時與“三區”聯係，中共中央派出聯絡員鄧力群帶三名報務員和一部電台，借道蘇聯，進入新疆，及時建立了中共中央及正在向新疆進軍的彭德懷與“三區”之間的聯係。
鄧力群到達新疆後，會見了“三區”領導人，還帶來了中央邀請“三區”領導人出席政協會議的邀請函，他與阿合買提江、阿巴索夫、伊斯哈克伯克等“三區”領導人相談甚歡。
毛澤東起草簽名的邀請函全文如下：
新疆伊犁特別行政區人民政府阿合買提江先生：
我們反對帝國主義、封建主義和官僚資本主義以及蔣介石為首的國民黨反動統治的人民解放戰爭，即將取得全中國的勝利。包括全中國各民主黨派、各人民團體、解放軍各野戰軍、各解放區、國內各少數民族及海外華僑在內的新的全國人民政治協商會議，經過慎重籌備之後即將在9月內召開全體會議。此屆會議將製定全國政治協商會議組織法，選舉自己的全國委員會外，並須製定中華人民共和國中央人民政府組織法，選舉中央人民委員會。
你們多年來的奮鬥，是全中國人民民主革命運動的一部分，隨著西北人民解放戰爭的勝利發展，新疆的全部解放已為期不遠。你們的鬥爭即將獲得最後的成功。我們衷心地歡迎你們派出自己的代表五人參加全國人民政治協商全體會議。如蒙同意請於9月上旬到達北平，謹此電達，並希賜複。
新政治協商會議籌備會主任毛澤東
1949年8月18日北平
毛澤東的來電以及對他們期待，使“三區”革命政府領導人感到振奮。
這表明中國共產黨正式承認新疆“三區”革命，並且還視其為地方代表，邀請他們代表整個新疆，參加協商建國的新政協會議。這都讓他們的內心裏時刻湧動著一股難以抑製的喜悅，所以他們願意為新疆的解放事業做出自己的貢獻。
之後，“三區”革命政府複電中共中央：
全國政治協商會議籌備會主任
敬愛的毛澤東先生：
您的來信收到了，信中所提的問題是我省全體人民長期以來盼望的。
我們認為，中國人民解放軍的偉大勝利也是我省和世界人民的偉大勝利！所以，我們以最高的熱情向敬愛的毛澤東先生表示致謝，並派代表前往北平，參加人民新政治協商會議。
順致禮
特別區人民的代表阿合買提江
1949年8月20日
電文發出後，“三區”領導進行商定，由新疆保衛和平民主同盟主席阿合買提江出任團長，代表團成員有：新疆“三區”民族軍總司令伊斯哈克伯克，原省聯合政府副秘書長、新疆保衛和平民主同盟中央委員阿巴索夫，民族軍副總司令達列力汗；漢族知識分子代表、新疆中蘇文化協會負責人羅誌。以上5人為正式代表，另有兩名工作人員隨行。
“三區”領導人前往北平期間，“三區”的工作由賽福鼎負責主持。
經過兩天的準備，新疆代表團於8月23日出發，借道蘇聯阿拉木圖，轉乘飛機，前往北平出席政協會議。
為了保證社會穩定和防止出現混亂的局麵，新疆代表團的行動是秘密進行的，準備會議結束返回新疆後再通告新疆各界人士。
出席政協會議的五名代表由阿拉木圖起飛後，25日由努威什比爾茨克繼續飛行，26日氣候突然轉變，根據空軍氣象報告，在較短的時間內，氣候不會變好。
此間，阿合買提江等人再三要求起飛，並動情地向機長講述渴望進北平見毛澤東主席的熱切渴望，機長被他們如此真誠的態度打動了，他向上級詳細報告了這裏的情況後，決定自己駕駛，冒一次風險。
當飛機在伊爾庫茨克貝加爾湖上空飛行時，天氣驟然大變，鉛團似的烏雲把飛機重重包圍起來，強大的氣流使飛機失去平衡，上下顛簸，盡管機長使出平生積累的各種技能，也無濟於事——不幸事件終於發生了。
在貝加爾湖地區南部，5名代表、兩名譯員和機組成員全部遇難。
當蘇聯駐伊寧領事阿裏斯托夫把這個噩耗告訴鄧力群時，已是9月3日。
不管怎麼樣，曆史都會記住這五名政協代表的，因為他們為了新疆的和平解放事業獻出了自己寶貴的生命，他們的勇氣和事跡將永遠留在新疆人民的心中。
毛澤東親切接見賽福鼎
1949年9月，新疆5名政協代表遇難後，毛澤東主席和中共中央深感惋惜。
然而，新疆必須有代表出席政治協商會議才可以，而且時間越來越緊迫了。
在新疆，9月3日，“三區”方麵經過商談，決定再派3名代表出席全國政治協商會議。
他們是：賽福鼎，維吾爾族，新疆省政府委員兼教育廳長；阿裏木江，烏茲別克族，塔城副專員；塗治，漢族，新疆學院副院長。
由於“政協”會議開幕延期，他們於9月7日乘蘇聯飛機由伊寧起飛，11日到滿洲裏，再換乘火車抵達北平。
新疆“三區”優秀的愛國分子所進行的革命，是為爭取民族平等和自由而爆發的正義的革命運動。
在開始的時候，雖然沒有接受共產黨的領導，但是他們認真地學習了中國共產黨的主張和閱讀了毛澤東主席的著作，認定中國共產黨所進行的革命運動是正確的，符合中國國情，也是人心所向。
於是，毛澤東主席就向新疆“三區”領導發出了第二次邀請，9月15日，賽福鼎到達北平。
走下火車時，賽福鼎的心情是複雜的，他悲喜交加，悲的是阿合買提江等5人在勝利的曙光即將灑滿新疆時意外遇難難，喜的是終於可以見到傳說中神奇的中共領導毛澤東主席，這次還要與他們共商國是，既感到無比光榮，也感到責任重大。
中共中央對新疆代表團高度重視，專門派政協籌備會常委會副秘書長齊燕銘負責新疆代表團的日常生活，要求對他們多多關照。
休息了一天後，周恩來於16日晚宴請新疆代表團，為他們接風洗塵。
代表團到達的時候，因周恩來在主持的一個會還沒有結束，他們便在一個房間先休息，齊燕銘陪著大家喝茶閑聊。
不一會兒，一個看上去穿著很樸素的人，微笑著走過來。賽福鼎還以為是搞接待的工作人員，也沒在意。
那個人遠遠就朝他們和藹地說：“您就是賽福鼎同誌吧！”
與新疆代表團筆挺的西裝和嶄新的皮鞋相比，這個人穿著太不上檔次了：一套舊藍色製服，腳上是一雙舊布鞋。
在賽福鼎的想象裏，中共中央領導人一定是儀表堂堂、氣質高貴的大人物。
此時，他腦子裏正在想著怎麼與周恩來見麵，怎麼說話，就很隨意地說了聲“嗯”。
隻見來人在他麵前站定，伸出手，和藹可親地笑著。
這時，齊燕銘才慌忙站起身，介紹道：“周副主席來了。”
周恩來抓緊了賽福鼎的手，說：“我是周恩來，歡迎你們的到來！”
賽福鼎這才反應過來，連忙站起身來，驚慌地伸出雙手握著周恩來的手，加上他漢語說得並不是很流利，突然結巴起來。
當時，賽福鼎的臉上感到火辣辣的，自己竟然如此沒有禮節，連周恩來來了竟沒有認出來，這讓他感到十分慚愧。他確實沒有想到，中共中央領導人竟然如此親切而樸實。
這時，周恩來語調低沉地對三人說：“阿合買提江率領的代表團不幸遇難，我們感到十分悲痛，阿合買提江同誌的遇難，是新疆人民的一大損失，希望你們能化悲痛為力量，參加好這次會議，積極參政議政，為民族團結、為新疆的解放積極工作。”
接著，他向賽福鼎等三人詳細介紹了政協籌備會的有關情況。
周恩來還特別介紹了9月7日新政協籌備會著重討論民族問題的情況。
周恩來說，中國是一個多民族的國家，漢族占人口的絕大多數，達90%，少數民族人口少，但不管人多人少，民族間是平等的。
民族平等，首先是講漢族對少數民族的尊重，尊重他們的宗教信仰、風俗習慣，尊重他們使用自己的民族語言，我們民族政策的目標是民族自治。
不超過自治的範圍，我們一定要防止外國勢力利用民族問題來離間中國的統一，特別要警惕外國勢力對西藏和新疆南部的分離陰謀。
周恩來強調，新中國將把各民族團結成一個大家庭……
正在交談中，齊燕銘站起來，輕聲對周恩來說道：“周副主席，已經6點整了。”