第九軍駐景化，軍長趙錫光（兼），政治委員張仲瀚，第一副軍長王根僧，第二副軍長陳德法，參謀長李祖堂，副參謀長曾文思、朱文盈。
第二十五師駐迪化，師長劉振世、政治委員賀振新、第一副師長楊廷英、第二副師長陳海州、參謀長李雪穀、政治部主任劉一村。
第二十六師駐綏來，師長羅汝正、政治委員王季龍、第一副師長高戎光、第二副師長周茂、參謀長熊略、政治部主任魚正東。
第二十七師駐焉耆，師長陳俊、政治委員龍炳初、第一副師長文升喬、第二副師長韓際隆、參謀長李存中、政治部主任傅誌華。
騎兵第七師駐奇台，師長韓有文、政治委員於春山、第一副師長韓榮福、第二副師長郭全梁、第三副師長馬全吉、參謀長李綱、政治部主任楊貫之。
騎兵第八師駐莎車，師長馬平林、政治委員張獻奎、第一副師長李朝弼、第二副師長劉掄元、參謀長祝源開、政治部主任楊烈光。
到此，解放軍對國民黨的起義部隊已經整編完畢，使解放軍真正意義上完全統一了新疆，而解放軍寬厚的政策，也是國民黨接受整編的一個重要原因。對起義部隊的整編和改造最直接的一個影響就是鞏固了和平起義的成果。
部隊整編後駐守新疆各地，擔負了維護地方穩定的任務，通過改造確立了黨對起義部隊的領導權，轉變了舊軍隊官兵的落後思想，使得二十二兵團的廣大官兵成為真正的人民解放軍，這無疑鞏固了和平起義的成果。
12月17日彭德懷主持召開新疆省人民政府第一次全體委員會議，宣布人民政府正式成立。同日，新疆軍區宣告正式成立。
中央人民政府革命軍事委員會任命彭德懷為新疆軍區司令員兼政委，王震為第一副司令員，陶峙嶽為第二副司令員，賽福鼎·艾則孜為第三副司令員。張希欽為參謀長，曾震五為第一副參謀長，沙哈諾夫為第二副參謀長。
同日，迪化舉行人民解放軍、“三區”民族軍、新疆和平起義部隊聯合入城式。人民解放軍由東門入城，“三區”民族軍由西門入城，起義部隊由北門入城。
一野司令員兼政治委員彭德懷及王震、張治中、包爾漢、陶峙嶽、賽福鼎、徐立清等檢閱了部隊。
12月28日，彭德懷離迪化赴北京參加中央人民政府第五次會議並向黨中央、毛主席彙報新疆情況。
彭德懷在報告中說，新疆軍事政治大勢已開始穩定。但對民族和宗教問題，今後尚應特別注意。新疆目前最嚴重的問題，是財政經濟問題。彭德懷還報告了新疆軍隊生產情況和擬采取的措施，請示中央研究新疆與蘇聯恢複通商等問題，以開發新疆礦藏，繁榮新疆經濟。
組建兩個軍區司令部
解放軍進入新疆後，為了加強治安，鞏固邊防，1950年2月，新疆軍區決定成立兩個三級軍區。
在南疆，以喀什為中心成立南疆軍區，由第二軍軍部兼南疆軍區司令部；
在北疆，以迪化為中心成立北疆軍區，由第六軍軍部兼北疆軍區司令部。
建立了阿克蘇、和田、莎車、焉耆、哈密、伊寧、塔城、阿勒泰等八個軍分區，分別由第二軍、第六軍和第五軍的各師團擔負軍分區工作。
1950年3月，第二軍、第六軍所屬各部全部進駐指定地點，按點線布防，擔負治安和邊防任務，以保障新疆的政治安定。
各師團駐地是：喀什第四師師直、第四師第十團；莎車第四師第十一團；伽師第四師第十二團；阿克蘇第五師師直；庫車第五師第十三團；溫宿第五師第十四團；和田第五師第十五團；且末第五師獨立團；焉耆第六師師直、第十六團、第十七團；庫爾勒第六師第十八團；若羌第六師騎兵團；哈密第十六師師直、第四十七團；鎮西第四十六團；吐魯番第十六師第四十八團；迪化第十七師師直、第四十九團；伊犁第十七師第五十團；綏來第十七師第五十一團；烏蘇軍直獨立營。另外，在鄯善、七角井、星星峽各派駐一個營。
新疆位於祖國西北邊陲，有5400多公裏長的國境線。當時，中蘇、中蒙友好，邊境安寧；南疆與阿富汗、巴基斯坦、印度等國毗鄰。
阿富汗有美國勢力滲入，巴基斯坦的統治者和美國緊密勾結，印度獨立不久，尚未擺脫帝國主義勢力的影響。英國在巴基斯坦的吉爾吉特、期喀吐等地建立有空軍基地，美國想利用克什米爾作為跳板來侵略中國。
從上述情況看，保衛邊防的安定是駐疆部隊的首要任務。
1950年3月，第二軍第四師第十一團一部進駐通往印度、巴基斯坦之要地巴紮大拉，第五師第十五團一部進駐通往印度之要地賽圖拉，第五軍第十三師一部進駐蒲犁，從而鞏固了邊防的安全。