而這個時候，中共中央和西南軍區也開始關注貴州的匪亂問題了，並思考著如何部署剿匪事宜。
中央要求鎮壓匪亂
針對全國各地出現的土匪情況，中共中央發出了大力開展剿匪行動與建立革命秩序的重要指示，提出了“軍事進剿、政治攻勢、發動群眾”三者相結合的正確方針，和“鎮壓與寬大相結合”，“首惡必辦，脅從不問，立功受獎”的政策，號召把剿匪工作進行到底，給人民群眾一個安定的社會環境，也為開展地區工作創造條件。
鑒於貴州和西南等地的土匪已經到了十分猖獗的地步，所以，早在1950年2月，鄧小平就親自草擬了一份“關於西南情況和工作方針”的加急電報，放在了毛澤東的案頭。
毛澤東主席在百忙之中，翻閱了鄧小平的電報。
鄧小平在報告中寫道：
鑒於西南匪患的猖獗，剿匪已成為全麵的中心任務。不剿滅土匪，一切無從著手。不甘心失敗的國民黨殘餘勢力和封建地霸武裝，沆瀣一氣，妄圖顛覆新興的人民政權。
毛澤東看完電報後，同意鄧小平的決定，並作出了自己重要的指示。
3月份，鄧小平、劉伯承和賀龍等首長召開會議，對西南的整體剿匪工作進行研究，最後作出了具體的安排和部署：
西南封建勢力原封未動，剿匪已成為西南全麵的中心任務，不剿滅土匪，一切無從著手。
迅速安定社會秩序，恢複和發展生產，是廣大群眾最迫切的要求，也是各階層人士所熱烈擁護的，要求西南全黨、全軍，必須堅決貫徹黨中央關於剿匪的一係列方針政策，要把剿匪鬥爭當作解放大西南的第二戰役來打，要求野戰軍地方化，領導一元化，重新調整兵力部署，迅速學會新的鬥爭方式。
在這次會議中，大家一致認為，剿匪戰鬥要比普通的軍事鬥爭複雜與艱苦得多，仍然包括流血和犧牲，而且不是打幾個衝鋒就能解決問題的。
鄧小平強調，要取得勝利，不僅需要堅定和勇敢，更重要的是要有智慧、有策略、有辦法。
就這樣，一場大規模的剿滅土匪鬥爭，就此拉開了序幕。
西南局和西南軍區部署完剿匪任務後，貴州省委和軍區也召開了多次軍事會議，詳細討論了貴州的匪亂形勢，認識到了土匪問題的嚴重性，具體部署了貴州的剿匪工作。
會議做了重要的人事安排，以省委書記兼軍區政委蘇振華、省主席兼軍區司令員楊勇為核心，成立了25人的剿匪委員會。在黨委一元化領導下，號召廣大人民群眾，積極參與和支援剿匪鬥爭。
在西南軍區部署剿匪工作之前，各部隊就開始為剿匪積極行動，全力做好各項準備工作。
解放軍二野五兵團曾發布命令：十六軍主力除四十八師留川剿匪外，其餘部隊全部返黔剿匪。
根據五兵團的部署，十六軍軍部帶四十六師一三六團、四十七師一三九團、補訓團、炮兵營，開赴遵義地區，執行剿匪任務。
對於貴州猖獗的匪患，很多戰士已經是憤恨到極點。自從部署完剿匪的任務後，大家都迫不及待地要奔赴戰場，下決心要殺殺這群土匪的氣焰。
當時十六軍還把各剿匪部隊領導召來，按照中央和西南軍區的指示，在作戰地圖上劃分了剿匪區域：
一三九團以仁懷為中心指揮所，負責仁懷、桐摔、習水、赤水四縣的剿匪工作。團部率三營駐仁懷；二營駐東皇場，所屬一個連駐赤水（現官渡區）；一營駐桐梓。
一三六團以綏陽為中心指揮所，負責綏陽、正安、道真、鳳岡、務川五縣的剿匪工作。團部率三營駐綏陽；一營駐正安，所屬一個連駐鳳岡，所屬一個連駐務川。
軍直屬部隊組成遵義、湄潭指揮所。炮兵連駐湄潭；警衛營兩個連駐遵義市；補訓團兩個連及通信連、擔架連分布於遵義縣各區。