乾隆九年至五十四年間，在編製《天祿琳琅書目》時，把宮中的善本都集中在乾清宮旁邊的昭仁殿進行編目。如果宮中藏有《永樂大典》正本，怎麼會不編入《天祿琳琅書目》中呢？
後來修《四庫全書》時，屢歎《永樂大典》副本不全，曾在宮裏宮外都找過。《永樂大典》是萬卷以上的巨帙，如果正本藏在宮裏，是很容易發現的，可是並沒有找到。清高宗曾有詩：“《大典》猶看永樂傳，搜羅頗見費心堅。兼及釋道欠精覆，久閱滄桑惜弗全。”清高宗對《永樂大典》不全亦無可奈何。可見《永樂大典》正本“鼎革時亦有佚失”，副本在明清之交也有散失。但正本何時亡佚，史籍並未有明確記述，學界估計毀於明清鼎革之際。《永樂大典》正本的亡佚，無疑是我國古代文化的一次巨大損失。
《永樂大典》副本的悲慘命運，正是近代中國麵貌的縮影，清政府的腐敗和帝國主義的侵略，都在這部書上留下了深深的創痕。
《永樂大典》副本自明隆慶到清康熙這110多年裏，一直貯藏在皇史宬，雍正年間又改藏在翰林院的敬一亭。開三禮書局的時候，李級、全祖望都利用過副本，並發現有殘缺。乾隆三十七年（1772年）開四庫全書館時，要從《永樂大典》中收輯佚書，對《永樂大典》進行了一次清查，發現已缺1000多冊，共計2432卷。《四庫全書》總編撰官紀昀對《永樂大典》已非全帙而深為歎息。這兩千多卷何時亡佚，沒有一絲線索。
據傳，康熙間修書時，總編撰官徐乾學、王鴻緒、高士奇等人常在皇史宬翻閱此書，估計殘缺部分尚留存在他們家中。清高宗命令兩江總督高晉、浙江巡撫三寶到這些人家中查問，並講明《大典》是官物，即使當年拿取，也是無意收藏，隻要交出，並不追究。同時估計到《大典》是“前朝舊書”，很可能流通在書賈坊林間，於是又派專人“留心體訪”。盡管如此，仍沒有找到一本，或尋訪出下落。副本2000餘卷的亡佚，也可能在明清之際，這是《永樂大典》副本的第一次丟失。
清乾隆時，乾隆帝非常重對《永樂大典》的保存。乾隆三十九年（1774年），發生過一次《大典》失而複得的事件。當時《四庫全書》修纂官黃壽齡，私自把六冊《大典》帶回家中閱讀，被人偷去。清高宗對這件事非常惱火，他說：“《永樂大典》為世間未有之書，本不應該任纂修等攜帶外出。”命令立即“查詢明確，據實覆奏”。步軍統領尚書英廉嚴緝盜賊。
由於官府搜緝很緊，《大典》是宮內之物，書店和紙鋪不敢收購，偷盜者無法脫手，又把這6冊悄悄放回禦河橋邊。雖然《大典》失而複得，但黃壽齡受到罰俸3年的處分。從此，四庫館吸取教訓，嚴格限製攜書外出，《大典》遺失的機會自然減少了。
由於清政府的腐敗，對《永樂大典》保管不善，以致《大典》又遭到第二次人為的破壞。《四庫全書》修纂完畢後，一些館臣視《大典》為“精華采盡，糟粕可捐”的多餘之物。而後，嘉慶、道光間修《全唐文》時都曾利用過《永樂大典》，但保管製度已經相當鬆散。尤其是道光後，《大典》被束之高閣，蛛網塵封，蟲咬鼠齧，無人過問。
更為可恨的是，一些官員乘機偷竊。按說，《永樂大典》在書籍中可稱是龐然巨帙，不易拿走。可是翰林院的貪婪之徒偷盜伎倆極為巧妙。據纓基孫記載：官員早上進翰林院時，隨帶棉袍一件，打成包袱形狀。晚上離院時，把棉袍穿在身上，卻把兩本《大典》包入包袱裏。看守人員見到早上曾帶包袱而來，理應晚上仍帶包袱而去，絲毫不起疑心。日積月累，像文廷武之流一人就盜走一百多本。
《永樂大典》亡佚日多，逐漸流散出去，引起了一些帝國主義分子的覬覦，用每本十兩銀子的“高價”暗中收購。光緒元年（1875年）重修翰林院衙門時，清點《大典》已不到5000冊，至二十年（1894年）六月，翁同龢曾入翰林院檢查，竟隻存800冊了，亡佚之快，簡直驚人。
《永樂大典》最大的厄運，還是帝國主義兩次對中國的侵略。鹹豐年間，英法帝國主義謀求擴大侵華特權未果，便發動了第二次鴉片戰爭。鹹豐十年（1860年）英法聯軍侵占北京，大肆燒殺擄掠，攫奪珍貴文物，稱為“萬園之園”的清代皇家宮苑——圓明園，也被侵略者焚之一炬，化為灰燼。翰林院中的許多珍貴典籍，侵略軍也肆意焚燒拿取，任意糟蹋。《四庫全書》文淵閣本在這次劫亂中被焚毀，《永樂大典》也焚毀不少。當時相傳英人劫走的《大典》最多，故後來黃公度出使英法時，王頌蔚臨別贈詩說：“《大典》圖書淵，漁獵資來學。歲久漸淪蕪，往往山岩伏。頗聞倫敦城，稿尚盈兩屋。願君勤搜訪，寄我采遺目。”
帝國分子掠奪我國珍貴文物的罪行是不勝枚舉的，掠奪《永樂大典》僅是其中的一樁而已。事隔四十年，也就是光緒二十六年（1900年），《永樂大典》又遭受了另一場更為慘重的浩劫。英、美、德、法、俄、日、意、奧八個帝國主義國家，為了鎮壓義和團運動，陰謀瓜分中國，借口清政府“排外”，聯合組成八國侵華聯軍入侵北京。翰林院坐落在東交民巷，與使館區相接，該地遂淪為戰場，存放《永樂大典》的敬一亭被毀，該書絕大部分被焚，其餘也散落在瓦礫中，遍地皆是。帝國主義侵略軍竟用《永樂大典》來代替磚塊，構築軍事工事和鋪路，甚至做成馬槽，肆意糟蹋。