一些稍微懂得此書價值的侵略者，又乘機搶劫。英國使館與翰林院毗鄰，可謂“近水樓台”，劫走最多。英國使館官員翟理斯在《使館被圍日記》中寫道，當硝煙餘燼尚未完全熄止的時候，他從翰林院的廢墟中拾來一些《永樂大典》，其中卷13345這一冊，作為“戰利品”，後來交給他父親收藏。
另一個叫樸笛內姆威爾的，在《庚子使館被圍記》中記錄得更為詳盡。他寫道，翰林院裏的藏書“排積成行”，“一望無盡”，“皆前人苦心之文字，均手鈔本，凡數千萬卷”；這些典籍“有與黃金等價者”，在猛烈的槍聲中，有人用火具拋入翰林院，“無價之文字。亦多被焚。龍式池及井中，均書函狼藉，為人所拋棄。有綢麵華麗之書，皆手訂者；又有善書人所書文字，皆被人隨意搬移。其在使館中研究中國文學者，見寶貴之書如此之多，皆在平時決不能見者，心不能忍，皆稱揀選搶歸。自火光中覓一路，搶之而奔”。
樸笛南姆威爾、翟理斯等人，當然也是屬於在火光中恣意“揀選”、搶之而奔者。這些帝國主義分子哄搶完畢後，還裝模作樣地到總理衙門報信，真正是賊喊捉賊。他們還恬不知恥地誇耀說：“將來中國遺失之文字，或在歐洲出現，亦一異事也。”
事後，在廢墟堆中，還有不少人撿到《永樂大典》，譯學館官員劉可毅在侵略軍的馬槽下就撿到《大典》數十冊。
經過這次浩劫，《永樂大典》的殘存本被分割流散在世界各國的圖書館或私人手裏，成為他們象征東方文化的陳列品或高價待沽的商品。有的甚至出現在舊書店或拍賣行裏。1920年，時恭綽先生就曾在倫敦買回“戲”字韻中的一冊。
帝國主義分子不但越火打劫，還千方百計地從中國私人手中攫奪，東洋文庫便是一例。東洋文庫的前身是莫利遜文庫，為英人莫利遜創辦，他在庚子事變中掠得《永樂大典》六冊。莫利遜死後，東洋文庫從他的妻子手裏接收了六冊《大典》，同時委托北京等地書肆，如有出賣《永樂大典》者，希望首先告訴他們，因此又購得多冊。1943年春，東洋文庫得悉吳興嘉業堂所藏的49冊要出售，便勾結大連滿鐵圖書館的鬆岡洋右強行購買，因此，這一大批《大典》為滿鐵圖書館占有了。
還有一些官吏和書商為貪圖暴利，也隨便將《大典》售於外人。民國三年（1914年），有個叫董康的官吏曾攜帶17冊《大典》東渡日本販賣。又如1948年北京解放前夕，美國還通過其在燕京大學的代理人，從該校圖書館取走該館僅藏的一冊《永樂大典》。
由於帝國主義的侵略和反動統治者的腐敗，《永樂大典》在暗偷明搶、巧取豪奪之下、幾乎喪失殆盡。殘存的少量《大典》，有一些也遠離了祖國，流散到異國他邦（美國有45冊，英國38冊，日本55冊）。這部出類拔萃的文化典籍，遭受如此厄運，沒有人不為之痛心。
在冷戰期間，社會主義陣營內國家之間相互送還對方的文物。1951年6月，前蘇聯列寧格勒大學東方學係圖書館，把帝俄時代遺留下來的《永樂大典》11冊送還給我國文化部。這是《永樂大典》自1900年八國聯軍劫掠災難後，第一次從國外被送還。1954年6月，前蘇聯列寧圖書館又把原藏日本滿鐵圖書館的《永樂大典》52冊，送還我國外交部，這兩批永樂大典，都先後移交至北京圖書館（現中國國家圖書館）收藏。1954年，前蘇聯科學院又把《永樂大典》“夢”字韻一冊送還給我國訪蘇代表團。
1955年12月，在原東德總理格羅提渥訪華期間，將1900年從北京翰林院裏散失出國流落至德國萊比錫大學圖書館的3冊《永樂大典》送還我國，並由文化部移交北京圖書館（現中國國家圖書館）收藏。
這些資料珍品的失而複得真可謂我國文化界之萬幸，這些圖書內容，收錄了價值極高已久已失傳的書籍，對於研究古代社會、政治、經濟、文化藝術等諸多方麵均有填充空白之價值。
時至今日，冷戰結束，國家間的關係已今非昔比，若要向那些盜掠我國文物的國家索要失竊之物是相當困難的。雖然我國政府和一些民間組織及私人在這方麵作了積極的努力，但長路漫漫，坎坷重重。我們隻能祝願這些散失在外的珍貴人類遺產會得到妥善保護和有效利用，讓我們中華民族的精華得以充分展露。