居祖堂幽棲寺。除夕普說。
戊子 五十歲
成時師始晤大師。大師一日顧成時師曰：“吾昔年念念思複比丘戒法，邇年念念求西方耳。”成時師大駭，謂何不力複佛世芳規耶？久之，始知師在家發大菩提願以為之本，出家一意宗乘，徑山大悟後，徹見近世禪者之病，在絕無正知見，非在多知見。在不尊重波羅提木叉，非在著戒相也。故抹倒禪之一字，力以戒教匡救，尤誌求五比丘如法共住，令正法重興。後決不可得，遂一意西馳。冀乘本願輪，仗諸佛力，再來與拔。至於隨時著述，竭力講演，皆聊與有緣下圓頓種，非法界眾生一時成佛，直下相應，太平無事之初誌矣。
是冬，自輯《西有寱餘》。
己醜 五十一歲
九月，從金陵歸臥靈峰。
撰《北天目十二景頌》。
臘月，力疾草《法華會義》。翌年正月告成。
庚寅 五十二歲
結夏北天目，究心毗尼，念末世欲得淨戒，舍占察輪相之法，更無別途。
六月，述《占察疏》。
自癸酉迄今十餘年，毗尼之學無人過問者，而能力行之徹因、自觀、僧聚三比丘，又皆物故。毗尼之學，真不啻滯貨矣。是夏安居靈峰，乃有心學律者十餘人，請大師重講。大師念向所輯，雖諸長並采，猶未一一折衷。又問辯、音義二書，至今未梓。因會入集要而重治之，兼削一二繁蕪，以歸簡切。名曰《重治毗尼事義集要》。
六月二十一日，撰《重治毗尼事義集要序》。
安居竟，重拈自恣芳規，悲欣交集，慨然有作。賦偈雲：“秉誌慵隨俗，期心企昔賢。擬將凡地覺，直補涅槃天。半世孤燈歎，多生緩戒愆，幸逢針芥合，感泣淚如泉。正法衰如許，誰將一線傳，不明念處慧，徒誦木叉篇。十子哀先逝，諸英喜複聯。四弘久有誓，莫替馬鳴肩。”
八月初八日，撰《重治毗尼事義集要跋》。
與見月律主書。談論律學，冀獲良晤。
冬，住祖堂。
辛卯 五十三歲
夏，結製長幹。
九月，重登西湖寺。
是冬，歸臥靈峰。重訂《選佛圖》。
壬辰 五十四歲
結夏晟溪。
草《楞伽義疏》。八月，遷長水南郊冷香堂，乃閣筆。
秋，輯《續西有寱餘》。
是歲臘月，草自傳。先是是秋大師決誌肥遁，緇素遮道不得，請述行腳。冬，憇長水營泉寺，念行腳未盡致，複述茲傳，曰《八不道人傳》。取中論八不，梵網八不之旨。又大師自雲：“古者有儒有禪有教有律，道人既蹴然不敢。今亦有儒有禪有教有律，道人又艴然不屑。故名八不也。”
住長水，閱藏經千卷。
癸巳 五十五歲
是春，大師過古吳。刪改自述《八不道人傳》。故從古吳傳至留都，與長水本數處不同。後成時師謂傳收著述未盡，請補，於是與古吳本又增數句矣。
夏四月，入新安。結後安居於歙浦天馬院。五月著《選佛譜》，閱《宗鏡錄》。刪正法湧、永樂、法真諸人所纂雜說，引經論之誤，及曆來寫刻之訛。於三百六十餘問答，一一定大義，標其起盡。閱完，七月作校定《宗鏡錄跋》四則。又汰《袁宏道集》，存一冊，名《袁子》。
秋八月，遊黃山白嶽諸處。
冬，複結製天馬。著《起信論裂網疏》。
甲午 五十六歲
正月應豐南仁義院請。法施畢，出新安。二月後褒灑日，還靈峰。自輯《幻住雜編》。夏臥病。選西齋淨土詩，製《讚補入淨土九要》，名《淨土十要》。夏竟，病愈。七月，述《儒釋宗傳竊議》。八月，續閱大藏竟。九月，成《閱藏知津》、《法海觀瀾》二書。
九月一日，撰閱藏畢願文。計前後閱律三遍，大乘經兩遍，小乘經及大小論兩土撰述各一遍。
冬十月，病。複有獨坐書懷四律，中有“庶幾二三子，慰我一生思”之句。十一月十八日，有病中口號偈。臘月初三，有病間偶成一律，中有“名字位中真佛眼，未知畢竟付何人”之句。是日口授遺囑。立四誓。命以照南、等慈二子傳五戒菩薩戒。命以照南、靈晟、性旦三子代座代應請。命闍維後，磨骨和粉麵，分作二分。一分施鳥獸，一分施鱗介，普結法喜，同生西方。十三起淨社，撰《大病中啟建淨社願文》。嗣有求淨土偈六首。除夕有艮六居銘，有偈。
是歲多病。寄錢牧齋書雲：“今夏兩番大病垂死，季秋閱藏方竟。仲冬一病更甚，七晝夜不能坐臥，不能飲食，不可療治，無術分解。唯痛哭稱佛菩薩名字，求生淨土而已。具縛凡夫損己利人，人未必利，己之受害如此。平日實唯在心性上用力，尚不得力。況僅從文字上用力者哉？出生死，成菩提，殊非易事。非丈室誰知此實語也。”
乙未 五十七歲
元旦有偈雲：“爆竹聲傳幽穀春，蒼鬆翠竹總維新。泉從龍樹味如蜜，石鎮雄峰苔似鱗。課續三時接蓮漏，論開百部擬天親。況兼已結東林社，同誌無非法藏臣。”“法藏當年願力宏，於今曠劫有同行。歲朝選佛歸圓覺，月夜傳燈顯性明。萬竹並沾新令早，千梅已露舊芳英。諸仁應信吾無隱，快與高賢繼宿盟。”
正月二十日，病複發。二十一日晨起病止。午刻，趺坐繩床角，向西舉手而逝。世壽五十有七歲。法臘三十四。僧夏，從癸亥臘月至癸酉自恣日，又從乙酉春至乙未正月，共計夏十有九。
大師生平不曾乞緇素一字，不唯佛法難言，知己難得，亦鑒尚虛名之陋習，而身為砥也。西逝時，誡勿乞言，徒增誑誤。大師著述，除《靈峰宗論》十卷外，其釋論則有：《阿彌陀經要解》一卷，《占察玄疏》三卷，《楞伽義疏》十卷，《盂蘭新疏》一卷，《大佛頂玄文》十二卷，《準提持法》一卷，《金剛破空論》附《觀心釋》二卷，《心經略解》一卷，《法華會義》十六卷，《妙玄節要》二卷，《法華綸貫》一卷，《齋經科注》一卷，《遺教經解》一卷，《梵網合注》八卷，後附《授戒法》、《學戒法》、《梵網懺法問辯》共一卷，《優婆塞戒經受戒品箋要》一卷，《羯磨文釋》一卷，《戒本經箋要》一卷，《毗尼集要》十七卷，《大小持戒犍度略釋》一卷，《戒消災經略釋》一卷，《五戒相經略解》一卷，《沙彌戒要》一卷，《唯識心要》十卷，《相宗八要直解》八卷，《起信論裂網疏》六卷，《大乘止觀釋要》四卷，《大悲行法辯訛》一卷，附《觀想偈略釋》、《法性觀》、《懺壇軌式》三種，《四十二章經解》一卷，《八大人覺經解》一卷，《占察行法》一卷，《禮地藏儀》一卷，《教觀綱宗並釋義》二卷，《閱藏知津》四十四卷，《法海觀瀾》五卷，《㫋珊錄》一卷，《選佛譜》六卷，重訂《諸經日誦》二卷，《周易禪解》十卷，《辟邪集》二卷，共四十七種。又定嗣注經目，有《行願品續疏》，《圓覺經新疏》，《無量壽如來會疏》，《觀經疏鈔錄要》，《十輪經解》，《賢護經解》，《藥師七佛經疏》，《地藏本願經疏》，《維摩補疏》，《金光明最勝王經續疏》，《同性經解》，《無字法門經疏》，《十二頭陀經疏》，《仁王續疏》，《大涅槃合論》，《四阿含節要》，《十善業道經解》，《發菩提心論解》，《摩河止觀輔行錄要》，《僧史刪補》，《緇門寶訓》，共二十一種。俱未及成書。
大師示寂，諸弟子請成時師輯《靈峰宗論》。輯成，成時師燃香一千炷，願舍身洪流，一、報師恩，助轉願輪。二、供妙法，生生值遇，三、轉劫濁，救苦眾生。四、代粉 ，滿師弘誓。五、懺重罪，決生珍池。
臘月十二日，成時師撰大師續傳。後一日撰《靈峰始日大師私諡竊議》。後二日撰《靈峰宗論序》。越一日撰《靈峰宗論序說》。
丙申
丁酉
是冬如法荼毗。發長覆耳，麵貌如生，趺坐巍然，牙齒俱不壞。因不敢從粉 遺囑，奉骨塔於靈峰大殿右。
戊戌
己亥
是冬，《靈峰宗論》刻板成。
庚子
辛醜
庚熙元年壬寅
大師入滅八年，壬寅七月，門人性旦病逝，先書囑語，麵乞成時師並胞兄胡淨廣粉遺骨，代大師滿甲午臘月初三日所命。先是成時師邀淨侶禮佛說佛名經，旦就壇然頂燈，以報法乳深恩。至是複有此囑。謹就八月集眾修藥王本事七晝夜而作法焉。
雍正元年癸卯（即日本享保八年）
是年孟春，日本京都《靈峰宗論》重刊版，老苾芻光謙序雲：“（前略）昔嚐讀靈峰蕅益大師所著諸書，見其學之兼通博涉，其行之苦急嚴峻，因竊自歎雖荊溪、四明大祖師幾不及也。（中略）古人有言曰，讀孔明《出師表》而不墮淚者，其人必不忠。讀令伯《陳情表》而不墮淚者，其人必不孝。讀退之《祭十二郎文》而不墮淚者，其人必不友。餘亦嚐言讀蕅益宗論而不墮血淚者，其人必無菩提心。（後略）”