是春，歸一籌師作《毗尼事義集要跋》。
撰《閱律禮懺總別二疏》、《安居論律告文》、《為母四周願文》、《為父十二周求薦拔啟》。結夏安居，為惺穀壽、如是昉、雪航檝三友細講毗尼事義集要一遍。添初後二集，共成八冊。雖然盡力講究，不意或尋枝逐葉，不知綱要。或東扯西拽，絕不留心。或頗欲留心，身嬰重恙聽不及半。其餘隨緣眾，無足責者。大師大失所望。
擬注梵網，作四鬮問佛。一曰宗賢首，二曰宗天台，三曰宗慈恩，四曰自立宗。頻拈，得天台鬮。於是究心台部，而不肯為台家子孫。以近世台家與禪宗賢首慈恩，各執門庭，不能和合故也。時人以耳為目，皆雲大師獨宏台宗，謬矣謬矣。
案：大師法語，示如母雲：“予二十三歲，即苦誌參禪，今輒自稱私淑天台者，深痛我禪門之病，非台宗不能救耳。奈何台家子孫，猶固拒我禪宗，豈智者大師本意哉！”複鬆溪法主書雲：“私淑台宗不敢冒認法派。誠恐著述偶有出入，反招山外背宗之誚。”然置弟門外，不妨稱為功臣。收弟室中，不免為逆子。知我罪我，聽之而已。”
撰《結壇水齋持大悲咒願文》、《為父回向文》。
辛未 三十三歲
是春，撰《毗尼事義集要序》於皋亭古永慶寺。先是真寂聞穀老人，博山無異禪師，勸將《毗尼事義集要》付梓流通。乃同璧如、歸一二友商榷參詳，備殫其致。惺穀以此書呈金台法主，隨付梓人，至今歲於皋亭佛日寺刊成。
春，同新伊法主禮大悲懺於武林蓮居庵。
撰《楞嚴壇起咒》及回向二偈。
八月，惺穀師示寂於佛日。師病時，大師割股救之。並賦偈雲：“幻緣和合受茲身，欲剜千瘡愧未能。爪許薄皮聊奉供，用酬嚴憚切磋恩。”
九月，入孝豐。取道武林，晤璧如師，不旬日，師示寂，著惺穀、璧如二友合傳。
始入北天目靈峰山過冬，即靈岩寺之百福院也。有句雲：“靈峰一片石，信可矢千秋。”時山中無藏，為作《請藏因緣》。
是冬，在靈峰講《毗尼事義集要》七卷。次夏，續完。聽者十餘人，惟徹因比丘能力行之。
是冬，有溫陵徐雨海居士，向大師說《占察妙典》。大師倩人特往雲棲請得書本。一展讀之，悲欣交集。撰讀持回向偈。
壬申 三十四歲
結夏靈峰。為自觀師秉羯磨授具戒。
撰《龍居禮大悲懺文》，及《禮大悲懺願文》。
癸酉 三十五歲
是春，為靈峰請藏至，未裝。
撰《西湖寺安居疏》。結夏金庭西湖寺，細講《毗尼事義集要》一遍。聽者九人。能留心者，唯徹因、自觀及幻緣三比丘。
撰《前安居日供鬮文》。前安居日，大師自念再三翻讀律藏，深知時弊多端，不忍隨俗肴訛，共蝕如來正法。而自受具，心雖殷重，佛製未周。愛作八鬮，虔問三寶。若智旭比丘戒從心感得，十夏行持，當得作和尚鬮。若得戒前，輕犯未淨，當得禮懺作和尚鬮，先行懺法。若未得不成遮難，或已得未堪作範，當得見相好作和尚鬮，禮懺求相。若不成難而未得，當得重受鬮，如法秉受，更滿十夏。若成盜難而通懺，當得禮懺重受鬮。若已成難，當得菩薩沙彌鬮。若不許沙彌法，當得菩薩優婆塞鬮。若一切戒法悉遮，當得但三歸鬮。若得作和尚等三鬮，誓忘身命，護持正法。寧受劇苦，作真聲聞。不為利名，作假大乘。若得重受等二鬮，敦弟子職，誓不藐法。若得菩薩沙彌鬮，誓尊養比丘，護持僧寶。若得菩薩優婆塞鬮，誓以身命護正法，終不迷失菩提心。若得但三歸鬮，誓服役佛法僧間，種種方便，摧邪顯正。並燃香十炷，一夏持咒加被。至自恣日，更然頂香六炷，撰自恣日拈鬮文，遂拈得菩薩沙彌鬮。撰《禮淨土懺文》二首。
冬，述《占察行法》。
甲戌 三十六歲
癸酉、甲戌之際，大師匍匐苦患。徹因比丘獨盡心竭力相濟於顛沛中，毫無二心。
是冬，在吳門幻住庵，講《毗尼事義集要》一遍。聽者僅五六人，惟自觀、僧聚二比丘能力行之。
撰《禮金光明懺文》。
乙亥 三十七歲
春，阻雨祥符。始晤影渠、道山（字靈隱）二師，為莫逆交。
是冬，大師遘篤疾，二師盡力調治，不啻昆季母子也。
撰《講金光明懺告文》。
夏初，住武水智月庵，講演《占察經》。是時即有作疏之願，病冗交遝，弗克如願。述《戒消災略釋》、《持戒犍度略釋》、《盂蘭盆新疏》。
丙子 三十八歲
是春，大師自輯《淨信堂初集》。
三月，遁跡九華，禮地藏菩薩塔，求決疑網，拈得閱藏著述一鬮。於彼抱病，腐滓以為饌，糠秕以為糧，忘形骸，斷世故。續閱藏經千餘卷。
撰《九華地藏塔前願文》、《亡母十周願文》。
丁醜 三十九歲
是歲夏、秋之際，居九子別峰，述《梵網合注》。先是如是昉公，遠從閩地，攜杖來尋。為其令師肖滿全公，請講此經，以資冥福。複有二三同誌，歡喜樂聞。大師由讚是力疾敷演，不覺心華開發，義泉沸湧，急秉筆而隨記之。共成玄義一卷，合注七卷。
案：《梵網合注》初刊之板，存金陵古林庵，後康熙丙辰歲，沈書準應成時師之請，重刻板，送嘉興楞嚴寺入藏流通。（見沈書準跋）日本元祿五年所刊之板，即據此也。
撰完《梵網告文》、《讚禮地藏菩薩懺願儀》。
自觀印闍梨自武水尋大師於九子別峰，商證梵網佛頂要旨。大師見其躬行有餘，慧解不足，設壇中十問拶之。
夢感正法衰替，痛苦而醒，寫懷二偈雲：“魔軍邪幟三洲遍，孽子孤忠一線微，夢斷金河情未盡，醒來餘淚尚沾衣。”“休言三界盡生盲，珠係貧衣性自明。肯放眼前閑活計，便堪劫外獨稱英。”
戊寅 四十歲
結夏新安，重拈佛頂妙義，加倍精明。
四十初度詩雲：“物論悠悠理本齊，年來漸覺脫筌蹄。拳開非實掌元在，瞖去惟空眼不迷。流水有心終彙海，落花無語亦成溪，刹那生處生何性，卻笑威音劫外提。”
自輯《絕餘編》。
秋，踐誦帚師之約，入閩。渡洪塘，往溫陵。
十一月撰《陳罪求哀疏》。
己卯 四十一歲
住溫陵。
誦帚昉師及一切知己堅請疏解《大佛頂經》。大師感其意，兼理夙願。在小開元撰述玄義二卷，文句十卷。
刊《佛頂玄義》，板藏大開元寺之甘露戒壇。
如是師示寂。助其念佛，並為撰《誦帚師往生傳》。
撰《如是師六七禮懺疏》，挽如是師詩。
庚辰 四十二歲
住漳州。
述《金剛破空論》（在溫陵刊）、《蕅益三頌》、《齋經科注》。
辛巳 四十三歲
結冬溫陵月台。有郭氏問易，遂舉筆述《周易禪解》，稿未及半，以應請旋置。
壬午 四十四歲
是夏，自輯《閩遊集》。
自溫陵返湖州。
述《大乘止觀釋要》。
靈峰山中藏經裝成。
撰《鐵佛寺禮懺文》。
癸未 四十五歲
結夏靈峰。
是歲結製。簡閱藏經，僅千餘卷。
崇禎十七年 清順治元年 甲申 四十六歲
是秋，居槜李，遊鴛湖寶壽堂。撰《遊鴛湖寶壽堂記》。
返靈峰。有句雲：“靈峰片石舊盟新。”
九月，述《四十二章經》、《遺教經》、《八大人覺經解》。
是歲，大師退作但三歸依人。
撰《禮慈悲道場懺法願文》、《佛菩薩上座懺願文》。
乙酉 四十七歲
自去歲退作但三歸人以來，勤禮千佛、萬佛及占察行法。於今歲元旦獲清淨輪相。
夏，撰《周易禪解》竟。
撰《大悲行法道場願文》。
是秋，住祖堂及石城北，共閱藏經二千餘卷。
是歲，紫竹林顓愚大師遣七人來學。
丙戌 四十八歲
晤妙圓尊者於石城之隈，同住濟生庵。
撰《占察行法願文》。
丁亥 四十九歲
三月，述《唯識心要》，《相宗八要直解》。九月，述《彌陀要解》，《四書蕅益解》。
去歲，顓愚大師坐脫於紫竹林。門人以陶器奉全身供於林之山陽。今年弟子請歸雲居，於是金陵緇素以所存爪發衣缽，就山陽建塔供養。大師為撰誌銘。
是冬，自輯《淨居堂續集》。