依大師自撰八不道人傳，及成時續傳錄寫。複檢宗論中諸文增改，並參考別行諸疏序跋補訂焉。己未，居錢塘，初稿。辛酉，掩室永嘉，改纂。乙亥，住溫陵月台再治。老病纏綿，精力頹弊，未能詳密校理，殊自恧也。
年譜諸文，雖有撮略，或加潤飾，但悉有所據。若述私意，則寫雙行小字，上冠案字，以區別也。
明萬曆二十七年己亥 一歲
是年五月三日亥時，大師生。
俗姓鍾，名際明。又名聲，字振之。先世汴梁人，始祖南渡，在古吳木瀆。父名之鳳，字岐仲。母金氏，名大蓮。以父持白衣大悲咒十年，夢大士送子而生。時父母皆年四十。
庚子 二歲
辛醜 三歲
壬寅 四歲
癸卯 五歲
甲辰 六歲
乙巳 七歲
始茹素。己巳，大師禮大悲銅殿偈，有雲：“我幼持齋甚嚴肅，夢感大士曾相召。”
丙午 八歲
丁未 九歲
戊申 十歲
己酉 十一歲
庚戌 十二歲
就外傅，聞聖學，即以千古道脈為任，囂囂自得。天子不得臣，諸侯不得友，於居敬慎獨之功，致知格物之要，深究之。開腪酒，作論數十篇，辟異端，夢與孔顏晤言。
辛亥 十三歲
壬子 十四歲
癸醜 十五歲
甲寅 十六歲
乙卯 十七歲
閱《自知錄序》，及《竹窗隨筆》，乃不謗佛。取所著辟佛論焚之。
丙辰 十八歲
丁巳 十九歲
戊午 二十歲
詮論語顏淵問仁章，竊疑天下歸仁語。苦參力討，廢寢忘餐者三晝夜，忽然大悟，頓見孔顏心學。
冬十一月初五日喪父，享年五十九。聞地藏本願，發出世心。庚午，大師《結壇水齋持大悲咒願文》，有雲：“七歲斷肉，未知出世正因。十二學儒，乃造謗法重業。賴善根未絕，每潛轉默移。一觸念於自知之序，次旋意於寂感之譚。禮藥師妙典，知佛與神殊。聞地藏昔因，知道從孝積。既懷喪父之哀，複切延慈之想。書慈悲懺法，矢誌屍羅，聽大佛頂經，決思離俗。”
己未 二十一歲
至星家問母壽，言六十二三必有節限。遂於佛前立深誓。唯願減我算，薄我功名，必冀母臻上壽。
庚申 二十二歲
專誌念佛，盡焚窗稿二千餘篇。
天啟元年辛酉 二十三歲
聽大佛頂經，謂“世界在空，空生大覺”。遂疑何故有此大覺，致為空界張本，悶絕無措。但昏散最重，功夫不能成片。因決意出家，體究大事。七月三十日，撰《四十八願願文》。時名《大朗優婆塞》。
壬戌 二十四歲
夢禮憨山大師，哭恨緣慳，相見太晚。師雲：“此是苦果，應知苦因。”語未竟，遽請曰：“弟子誌求上乘，不願聞四諦法。”師雲：“且喜居士有向上誌，雖然不能如黃檗臨濟，但可如岩頭德山。”心又未足。擬再問，觸聲而醒。因思古人安有高下，夢想妄分別耳。
一月中，三夢憨師。師往曹溪，不能遠從。乃從雪嶺峻師剃度，命名智旭。雪師憨翁門人也。
案：大師字蕅益，又字素華，當時諸緇素撰述中，多稱素華也。將出家，先發三願，一、未證無生法忍，不收徒眾。二、不登高座。三、寧凍餓死，不誦經禮懺及化緣，以資身口。又發三拌：拌得餓死，拌得凍死，拌得與人欺死。
將出家，與叔言別詩雲：“世變不可測，此心千古然，無限他山意，丁寧不在言。”
大師出家時，母舅謂曰：“法師世諦流布，吾甥決不屑為，將必為善知識乎。”大師曰：“佛且不為，況其他也。”舅曰：“既爾，何用出家？”大師曰：“隻要複我本來麵目。”舅乃歎善。夏、秋作務雲棲，聞古德法師講唯識論，一聽了了，疑與佛頂宗旨矛盾。請問。師雲：“性相二宗，不許和會。”甚怪之，佛法豈有二歧耶？一日，問古師雲：“不怕念起，隻怕覺遲，且如中陰入胎，念起受生，縱令速覺，如何得脫？”師雲：“汝今入胎也未？”大師微笑。師雲：“入胎了也。”大師無語。師雲：“汝謂隻今此身果從受胎時得來者耶？”大師流汗浹背，不能分曉。竟往徑山坐禪。始受一食法。
此時即與新伊法主相識，爾後為忘年交，幾三十年，自庚午歲始，每一聚首，輒曉夜盤桓佛法弗置。學人從大師遊者，皆令稟沙彌戒於法主。
初出家時，剃度師令作務三年，其時急要工夫成片，不曾依訓。始意工夫成片，仍可作務，後以聲譽日隆，竟無處討得務單。
癸亥 二十五歲
是春拜見幽溪尊者，時正墮禪病，未領片益。
大師坐禪徑山。至夏，逼拶功極，身心世界忽皆消殞。因知此身從無始來，當處出生，隨處滅盡，但是堅固妄想所現之影。刹那刹那，念念不住，的確非從父母生也。從此性相二宗，一齊透徹。知其本無矛盾，但是交光邪說大誤人耳。是時一切經論，一切公案無不現前。旋自覺悟，解發非為聖證，故絕不語一人。久之，則胸次空空，不複留一字腳矣。
秋，住靜天台。臘月初八日，從天台躡冰冒雪，至杭州雲棲。苦到懇古德賢法師為阿闍梨，向蓮池和尚像前，頂受四分戒本。
甲子 二十六歲
正月三日，於三寶前，燃香刺血，寄母書。勸母勿事勞心，惟努力念佛，求出輪回。
十二月廿一日，重到雲棲，受菩薩戒。後一日，撰《受菩薩戒誓文》。
大師甫受菩薩戒，發心看律藏。闍梨古德師試曰：“汝已受大，何更習小？”對曰：“重樓四級，上級既造，下級可廢耶？”師曰：“身既到上層，目豈緣下級？”對曰：“雖升他化，佛元不離寂場。”
乙醜 二十七歲
是春，就古吳閱律藏一遍，方知舉世積訛。四旬餘，錄出《毗尼事義要略》一本。僅百餘紙。此後仍一心究宗乘。
同二三法友結夏。
寄剃度師雪嶺及闍梨古德師書。痛陳像季正法衰替，戒律不明。詞至懇切。
乙醜、丙寅兩夏，為二三友人逼演大佛項要義二遍。實多會心，願事闡發，以誌在宗乘，未暇筆述。
丙寅 二十八歲
母病篤。四刲肱不救。痛切肺肝。
六月初一日，母亡。享年六十七。大師賦四念處以寫哀。
葬事畢。焚棄筆硯，矢往深山。道友鑒空、如寧留掩關於吳江之鬆陵。關中大病，乃以參禪工夫，求生淨土。
丁卯 二十九歲
崇禎元年戊辰 三十歲
是春出關，朝南海，覲洛伽山，將往終南。遇道友雪航檝公，願傳律學，留住龍居。是夏，第二次閱律藏一遍，始成《毗尼事義集要》四本及《梵室偶談》。
是年，在龍居閱藏，於一夏中，僅閱千卷。夏初遇惺穀師，乃訂交焉。時惺穀師尚未剃染。仲冬，又獲交歸一師。於是二友最得交修之益，同結冬。
刺舌血書大乘經律。撰《刺血書經願文》，及《書佛名經回向文》。
過槜李東塔，見人上堂，有感。賦偈雲：“樹杪聲聲泣露哀，岸舟魚背漫相猜，宗乘頓逐東流下，觸目難禁淚滿腮。”“一滴狐涎徹體腥，當陽鴉立法王庭，卻慚普眼能弘護，猶使天人掩耳聽。”“聾人聽曲啞人歌，跛躄相將共伐柯，今日已成冥暗界，不知向後又如何。”
己巳 三十一歲
正月十五日，為同學比丘雪航智檝師講四分戒本，並刺血書願文。
是春，同歸一籌師送惺穀至博山，依無異艤禪師薙發。艤禪師見大師所著《毗尼事義集要》，喜之。即欲付梓，大師不許。
在博山，遇璧如鎬師，詳論律學，遂與訂交。
隨無異艤禪師至金陵，盤桓百有十日。盡諳宗門近時流弊，乃決意弘律，大師律解雖精而自謂“煩惱習強，躬行多玷，故誓不為和尚”。“三業未淨，謬有知律之名，名過於實”，引為“生平之恥”。
是春，撰《持咒先白文》、《願持滅定業真言》百萬，《觀音靈感》、《七佛滅罪》、《藥師灌頂》、《往生淨土真言》各十萬。《次當結壇持大悲咒》十萬。
母亡三周年，乞善友課持經咒。撰《為母三周求拔濟啟》，及《為母發願回向文》。
秋，遊棲霞，始晤自觀印闍梨。贈以偈雲：“舉世不知真，吾獨不愛假。羨君坦夷性，堪入毗尼社。”
是冬，同歸一籌師結製龍居。第三次閱律一遍。至除夕，第三次閱律藏畢，錄成六冊，計十八卷。
撰《禮大報恩塔偈》、《持準提咒願文》、《禮大悲銅殿偈》、《起咒文》、《除夕白三寶文》。
撰《尚友錄序》。
庚午 三十二歲
春，病滯龍居。正月初一，然臂香，刺舌血，致書惺穀。三月盡，惺穀同如是昉公從金陵回，至龍居，請季賢師為和尚，新伊法主為羯磨闍梨，覺源法主為教授闍梨，受比丘戒。經三閱律，始知受戒如法不如法事。彼學戒法，固必無此理，但見聞諸律堂，亦並無一處如法者。