花生種子在貯藏期間仍在呼吸，常受水分、溫度、濕度等外界條件及種子本身水分高低、雜質多少、品質好壞等因素的影響，如貯藏不當，則有黴變的可能。安全貯藏的關鍵是保持莢果幹燥，以降低種子的呼吸代謝作用。
種子含水量高時，細胞內會出現遊離水，並使脂肪酶和其他酶的活性增強，呼吸作用加強，呼吸熱提高，種子黴變。因此，安全貯藏種子的含水量要在臨界水分以下。一般作物種子在25℃溫度下，種子含水量不超過非油部分的15%，其種子的呼吸作用比較穩定。含油量越高安全貯藏的臨界水分越低。如傳統的花生種子含油平均為46%，其臨界水分應為54%×15%=8.1%，這就是說，安全含水量應在8%以下。
溫度的高低，對貯藏期間種子的呼吸代謝活動也有一定影響。充分幹燥的莢果，在自然貯藏條件下，花生堆內溫度隨著氣溫的升降而變化。據試驗，21.1℃時莢果可保持優良品質6個月，籽仁可保持4個月；18.3℃時莢果可安全貯藏9個月，籽仁為6個月；0～2.2℃時種子可安全貯藏2年；-12.2℃可安全貯藏10年。種子含水量8%、堆溫在20℃以下，脂肪酸含量一般變化不大，超過20℃時，溫度越高，酶的活性愈強，酸價越高，分解作用也慢慢加強，長期貯藏後，種子易喪失發芽力。
此外，良好的通風條件，可使種子堆內產生的熱、水、二氧化碳不易積聚，起到降溫散濕的作用。
花生貯藏過程中，為防止黴變、蟲蛀、鼠咬，要定期檢查。室內貯藏如發現種子堆內水分、溫度超過安全界限時，必須在晴天或空氣幹燥時打開門窗通風，必要時可全倉晾曬。種用花生以存放莢果為好，果殼具有防濕保暖作用，收獲曬幹後還需於冬、春季節複曬1～2次，每次1～2天，留種的花生剝殼時間距播種愈近愈好，剝殼前須再次曬種，以提高種子活力，促進齊苗、壯苗。