奏為會同複審凶犯行刺緣由，請仍照原擬罪名及案內人犯按例分別定擬，恭折會奏，仰祈聖鑒事。
內閣抄出同治九年十一月初二日奉上諭：“魁玉、張之萬奏，審明謀殺製使匪犯，情節較重，請比照大逆問擬，並將在案人犯分別定擬罪名一折。據稱凶犯張汶祥曾從發逆，複通海盜，因馬新貽前在浙撫任內剿辦南田海盜，戮伊盜夥甚多。又因伊妻羅氏為吳炳燮誘逃，曾於馬新貽閱邊至寧波時攔輿呈控，未準審理，該犯心懷忿恨。適在逃海盜龍啟等，複指使張汶祥為同夥報仇，即為自己泄恨，張汶祥被激允許。該犯旋至新市鎮私開小押，適當馬新貽出示禁止之時，遂本利俱虧，追念前仇，殺機愈決。同治七、八等年屢至杭州、江寧，欲乘隙行刺，未能下手。本年七月二十六日，隨眾混進督署，突出行凶。再三質訊，矢口不移。其供無另有主使各情，尚屬可信等語。馬新貽以總督重臣，突遇此變，案情重大。其張汶祥所供挾恨各節，暨龍啟等指使情事，恐尚有不實不盡。若遽照魁玉等所擬，即正典刑不足以成信讞，前已有旨令曾國藩於抵任後會同嚴訊，務得實情。著再派鄭敦謹馳驛前往江寧，會同曾國藩將全案人證詳細研鞫，究出實在情形，從嚴懲辦，以伸國法。隨帶司員，著一並馳驛。”欽此。
臣鄭敦謹遵於十一月十七日請訓後，趕即束裝率同隨帶司員星馳就道，因沿途雨雪阻滯，於十二月二十九日行抵江寧，會商臣曾國藩將全案人證逐一傳齊。臣鄭敦謹督飭司員刑部滿郎中伊勒通阿、漢郎中顏士璋，臣曾國藩劄委江安糧道王大經、江蘇題補道洪汝奎會同審訊。先將凶犯素識之陳養和、陳澱甲、王星三，並凶犯之同居妻嫂羅王氏、親戚王張氏，及結案後續獲之武定幗、姚安心等，隔別研鞫，詳細推求。於凶犯張汶祥私通海盜，屢次代為銷贓；並發逆擾後，該犯之妻羅氏攜帶資財改嫁吳姓，該犯逃回查知控縣，隻斷還羅氏，未得追出資財；及聞巡撫閱邊，欲借呈詞聳準傾陷吳姓，又未蒙收審，吳姓得計複勾引羅氏逃走，嗣經該犯追回逼使自盡，該犯仍時常怨恨；後在湖州新市鎮私開小押店，又折本閉歇；迨同治七年二月往杭州一次，八年九月往江寧一次，九年春間該犯貧苦無奈，於四五月間在軍犯陳澱甲等小鋪幫忙，至六月初九日該犯聲稱欲往江寧訪友，攜帶洋銀數元並隨身衣被，即由新市鎮起身前往各等情供指明晰，曆曆如繪，而如何到寧，如何行刺，則供不知悉。
複提訊容留該犯居住之周廣彩，曾寓該犯之朱定齋、張全，並與該犯同船到寧指送投店之柯春發等，嚴究該犯當日在船在店蹤跡：有何人來往，向何處行止。據柯春發供稱：六月十一日與張汶祥在蘇州搭船相遇，同船八日，見其常約同船人鬥牌，閑談時自誇其能，可以投效出力，並未吐露別情。朱定齋供稱，張汶祥於六月十九日到店，令其找保，延至七月初二日並未找得保人，即將其辭出。張全供稱，張汶祥於七月初二日到店，延至初九日，亦因未找得保人不留。周廣彩供稱，張汶祥於七月初七、八日到伊飯鋪用飯，每餐計錢二十餘文，據稱訪友未遇，欲借伊鋪暫住，言明每宿交錢十文。伊見其光景甚苦，一時應允。隨於初九日到鋪，每日吃飯住店共錢五十餘文各等語。研詰再四，均供並未見有來往相熟之人。
臣等複飭承審各員，將案內人證旁引曲喻，逐細搜求，別無異說。惟據陳養和、武定幗及羅王氏供出發逆頭目陳世，於攻打寧波時，用紅旗並護軍告條保護該犯房產，後將該犯約去帶隊，曾隨陳世攻打諸暨縣包村。陳世被殺，該犯幫同頭目王樹勳等竄擾安徽、江西、廣東、福建四省，迨賊陷漳州後，該犯始同時金彪逃出。細詰屬實，遂監提張汶祥，嚴究行刺根由。該犯語言狂悖。據稱，馬總督係回教中人，聞其與甘肅回匪勾通，伊起意刺殺，係屬報效。當嚴諭以前督臣馬新貽素性忠直，且受國厚恩，該犯有何憑據敢汙蔑大臣。該犯又稱，係馬總督差弁時金彪告知。迨提同時金彪當堂質對，該犯始猶狡賴，及用嚴詞嗬斥，反複駁詰，該犯理屈詞窮，無可置辯。當即加以刑訊，複據供稱，因為馬總督家係回教，伊料行刺必得重罪，因而捏詞誣陷。又扳時金彪作證，希冀輕減罪名。察其所供情節，恐有不實不盡，隨即一麵熬審詰問主使情由，一麵調到凶刀，令當時搶獲凶刀之方秉仁看視屬實，即飭傳諳練仵作當堂查驗，確係佩帶小刀，刃鋒白亮，量視血蔭，計透入三寸五分，驗無藥毒。又飭取前督臣馬新貽受傷衣服四件，均有浸成血片，方圓大小不等，按原衣刀痕比對受傷部位，查係右肋近下，當取具仵作切結，及官醫當日診視傷痕驗狀存案。連日熬審，該犯狂悖言詞及刁狡伎倆未能得逞，漸有輸服認罪情狀。即據供認，聽受海盜指使，並挾私怨行刺，及時金彪等先後容留詳細情形，仍與原供無異。
臣等親提複訊。緣張汶祥籍隸河南汝陽縣，時金彪籍隸河南杞縣，劉學籍隸安徽壽州，周廣彩籍隸湖北漢陽縣。道光二十九年間，張汶祥折變家產貨買氈帽，至浙江寧波販賣，適遇已故軍犯羅法善，問係同鄉，漸相熟識，因在寧波放印子賬生息，即娶羅法善之女羅氏為妻，生有一子二女。子名長幅即幅糠。長女名寶珍，已許唐姓為妻。次女名秀珍，許給王慶恒為妻，過門童養。至鹹豐年間，張汶祥開小押店生理，隨雇陳養和在店幫夥。十一年十一月發逆將至寧波，張汶祥將衣服銀兩並洋錢數百元裝入箱隻，交羅氏帶同子女出城避亂。張汶祥與陳養和在店看守。有與該犯素識之陳世，在賊中充當後營護軍，賊陷寧波時，暗差王樹勳至張汶祥鋪內保護，門口插賊旗一麵，並貼護告條一張，得免搶掠。迨城中遍立賊館，隨將張汶祥約去，並將陳養和裹脅同行。後陳世帶同張汶祥攻打諸暨縣包村，經包村團眾將陳世轟斃，張汶祥幸免，曾向陳養和告知。陳養和後遇便逃出。張汶祥在偽侍王李世賢隊下為後營護軍，竄擾安徽、江西、廣東、福建等處。同治三年九月間，賊陷漳州，時金彪被擄，張汶祥詢係同鄉，代求免死留在一處。張汶祥因見賊勢不支，暗與時金彪商議同逃，至十二月間乘便同時逃出，投提督黃少春軍營剃發，欲獻計破賊報效。該營以無確保未收，酌給盤費回籍。張汶祥失誌，又同時金彪由廈門行至福州。
四年春間，時金彪經人薦至浙撫馬新貽署中當差，張汶祥在福州當勇，後隨搭李姓海船回至寧波。查知羅氏被吳炳燮奸占，並騙去銀錢。至六月間控經鄞縣，訊係羅氏改嫁，斷令將羅氏領回，銀錢無憑訊追，張汶祥心懷不甘。又因窮苦無法，向素識之王老四、陶孝揚、吳建工、武德沅等，及王老四轉托相識之龍啟、李沅和、楊中和等，各幫給錢文，又開小押店營生，並代賊消贓圖利。後張汶祥同龍啟等來往熟識，隨聽從龍啟、王老四、李沅和、李海、楊中和乘坐陶湘幗海船，一共七人往定海一帶行劫，未經得手。龍啟等即投入南田大股海寇夥內，張汶祥仍回寧波。
至五年正月，浙撫馬新貽閱邊至寧波，張汶祥起意借巡撫威力，傾陷吳姓，隨寫呈詞攔輿喊控，欲聳動巡撫準為嚴追銀錢。馬新貽擲還呈詞未準。吳炳燮聞知得意，向人談笑，又乘間勾引羅氏逃走。經張汶祥控府批縣追出羅氏給領，張汶祥忿極，逼令羅氏自盡。是年九月間，張汶祥與龍啟、王老四在酒鋪會遇。張汶祥以告狀未準，遂致吳姓欺辱，現在人亡家敗等情向述。龍啟等亦告述從前投入南田大股，不幸遇馬巡撫派兵往捕，陶湘幗、李沅和、李海、楊中和等均被殺死，伊等幸得逃回。又誇張汶祥素講朋友義氣，可以為眾人報仇，並可泄自己忿恨。張汶祥被激允許遇便下手。各散。
六年七月間，張汶祥聞陳養和在湖州新市，生意甚順，即將子女托羅王氏照管，找至新市欲夥開小押。經陳養和告知，現值馬巡撫出示，禁止小押，招人多開當鋪，如欲仍開押店，隻好小做。張汶祥遂租房屋開張，迎接妻嫂羅王氏帶伊子女同來新市。嗣該處土棍以違禁私開，屢向訛詐，遂致本利俱虧，張汶祥貧極愈忿。七年二月間，至杭州，訪知時金彪在巡撫衙門當差，暗喜。即往見時金彪，托其謀求衙門差使，並未告知別情。時金彪以巡撫已升浙閩總督，無從代謀差使，因念舊情，留在署中款待兩日。張汶祥未能下手，仍回新市。
八年八月二十六日，張汶祥訪聞馬新貽調任兩江總督，即托言訪友行至江寧。探知時金彪已隨升任藩司李宗羲進京，正慮無由到總督署內，瞥見督署牆上貼有每月二十五日考課武弁榜文，以為得計。九月二十五日，張汶祥至箭道窺伺，見總督散時標下多人擁衛，又慮棉衣護體，未敢妄動。心中暗計，俟來年夏間衣衫單薄再圖下手，於是又回新市。
九年四月間，張汶祥暫在陳澱甲等鋪內幫忙。至六月初九日，由新市上船，初十日下午至蘇州搭換船隻，十一日開行，十八日抵江寧，十九日進城，先住朱定齋客寓，待至考期往箭道窺探情形。後又輾轉挪至周廣彩飯店，暗將小刀磨利。七月二十五日張汶祥早往等候，時因天雨改遲一日。及二十六日卯刻，前督臣馬新貽在署右箭道演武廳校射，向準應課武弁隨帶夫役，並許眾人出入觀看。至巳刻馬新貽校畢，從演武廳後步行，由西角門回署。張汶祥在角門外偏南立待，適有前督臣馬新貽同鄉武生王鹹鎮跪道求幫，即經武巡捕葉化龍等攔問。馬新貽仍向前走，甫至西角門口，張汶祥即拔身帶小刀，乘眾不備，口內呼冤。用刀猛力撲戳，致傷前督臣馬新貽右肋近下。前督臣被傷聲喊，差弁方秉仁上前立將凶犯張汶祥拿住，奪獲凶刀。中軍副將喻吉三聞信，帶同差弁將該犯捆縛。馬新貽救治無效，至次日身故。據方秉仁拿獲張汶祥時，該犯有“養兵千日，用在一時”之語。屢經執此語嚴鞫，該犯堅稱實因常受龍啟諸人幫助，令伊代朋友複仇，即為自己泄恨。該犯前曾受人恩惠，既經龍啟等指令報仇，故當時被獲時說出此語，實無另有主使及知情同謀之人。該犯家內貧苦，並無存蓄，業經前次委員查明該犯到江寧後，日用隻錢數十文，亦經客店供晰。臣等再三研訊，該犯所供堅執如前，業經熬審二十餘日之久，該犯屢次絕食，現已僅存一息，奄奄垂斃，倘旦夕殞命，轉得幸逃顯戮，自應迅速擬結。
查律載，謀殺製使者斬。律注雲“決不待時”。又，謀反大逆者，淩遲處死，若女許嫁已定，歸其夫。又，例載，反逆案內子孫實係不知謀情者，無論已未成丁，均解內務府閹割，發往新疆給官兵為奴。又，同治九年奏定續纂條例內開例內載明，應發新疆等處者，俱改發極邊足四千裏充軍，係為奴人犯到配後，加枷號六個月。又，容留外省流棍者，照勾引來曆不明之人例，發近邊充軍。又，奏定續纂條例內開，住戶開設煙館，照開場聚賭例治罪，應杖一百徒三年。又，不應為而為事理，重者杖八十各等語。
此案張汶祥先經私開小押代賊消贓，後複隨發逆打仗竄擾數省，迨幸免後，又聽從海盜行劫。嗣因伊妻羅氏為吳炳燮謀妻，業經斷還，乃以未得追給銀錢，敢於馬新貽在浙撫任內閱邊時，攔輿妄控，欲借呈詞聳準傾陷吳姓。馬新貽因非重情不為收審，本屬照例辦理。該犯輒懷恨在心，繼以感受龍啟等資助，膽敢允許為夥賊泄怨，甘犯法紀。至巡撫出示禁止小押招人開張典當，尤為便民之計，亦複因怨成仇。漏網餘生複萌野性，業已兩次陰謀行凶，未經得便，仍敢潛至江寧窺探總督校射已畢，常步行回署，遂混入署旁箭道乘間逞凶，將前督臣馬新貽刺傷殞命。若按謀殺製使律，擬斬應決不待時。該犯曾隨發逆打仗，又敢刺害兼圻大員，窮凶極惡，誠如聖諭實屬情同叛逆，自應按謀反大逆律問擬。張汶祥應即照謀反大逆淩遲處死律，擬以淩遲處死。恭候命下，即將該犯綁赴市曹，明正典刑，以彰國法而快人心。
該犯之子張長幅即幅糠，上年獲案時年甫十一，現年十二歲，年幼無知，實係不知謀情。應如原審所擬，照反逆案內子孫實係不知謀情者，無論已未成丁，均解內務府閹割，發往新疆給官兵為奴例，擬即解送內務府，俟閹割後發往新疆為奴，仍照奏定條例改發極邊足四千裏充軍，係為奴人犯到配後，加枷號六個月。惟張長幅年甫十二，尚未成丁，應請於到配後，從寬免其枷號。該犯之女寶珍、秀珍，均許嫁已定，亦不知情，應如原擬照律各歸其夫。該犯所供，世代單傳，別無親屬，亦無財產，應行知河南原籍，查明辦理。
時金彪前在巡撫署內當差，張汶祥至杭州聞知，到署相訪，欲窺便行刺。時金彪並不知情，惟撫署重地容留兩日，事雖未發，情不可恕。把總時金彪亦應如原審所擬，革去把總，比照容留外省流棍，照勾引來曆不明之人，發近邊充軍例，擬發近邊充軍。該犯雖係把總，並未食俸，應照常人一體辦理，即行發配。周廣彩開張歇店，不知別情，惟未能查明來曆留張汶祥住店存身，致釀禍變，亦應如原審所擬，如容留外省流棍照勾引來曆不明之人，發近邊充軍罪上減一等，擬杖一百，徒三年。朱定齋，張全與張汶祥來店，即令找保，後雖因無保辭出，究已容留數日，應與送張汶祥投店之柯春發，均如原擬照不應重律，各擬杖八十，折責發落。劉學充當督署轎頭，因訛賭革退，乃複開設煙館，按開設煙館照開場聚賭例，罪止滿徒。該犯複指引王鹹鎮跪道求幫，適在凶徒乘機行刺之先，雖訊無同謀情事，究屬玩法。劉學應請照開設煙館於開場聚賭滿徒例上加一等，擬杖一百，流二千裏，到配折責安置，所有軍流徒罪各犯，即由犯事地方定地發配。武生王鹹鎮已經前督臣馬新貽兩次幫給錢文，並不即時回籍，又複聽劉學指引，跪道求幫，雖訊不知情，殊屬不安本分，亦如原擬革去武生，免其發落。陳養和被賊裹脅後，隨乘間逃出，應照不忘故土乘間來歸例，免其治罪。羅王氏係張汶祥妻兄之婦，因代管子女與該犯同居，不知謀情。律無同居外親無服婦女緣坐之文，應與王張氏均毋庸議，俟案結後，飭令回籍。續獲之武定幗、姚安心訊無別情，並與訊無不合之家丁張榮，均無庸議。軍犯陳澱甲、徒犯王星三，仍解交原配安置。張汶祥之凶刀衣物等件，案結後收存縣庫備查。海盜龍啟等，業經行文浙省密拿，仍請旨飭下浙江巡撫，一體嚴拿務獲另結。
至初審原奏聲稱，督標中軍副將喻吉三、武巡捕官葉化龍、唐得金，差弁方秉仁、劉雲青、朱信忠、潮枝桂、冉雄彪、蔣金鼇、王長發、費善樂等，本有捍衛稽查之責，惟突遇凶匪行刺，力難保獲。盡先守備方秉仁首先拿獲凶犯，守備劉雲青、把總朱信忠、武生潮枝桂幫同獲犯，功過尚足相抵，請免置議。提督銜記名總兵前署督標中軍副將喻吉三，督同隨弁登時將凶犯捆縛，武巡捕官花翎盡先遊擊葉化龍，因攔問求幫之王鹹鎮，以致趕救不及，酌量情形，擬請將喻吉三革去提督銜，降二級調用，葉化龍降二級調用，武巡捕把總唐得金、差弁千總費善樂、馬兵冉雄彪、王長發、蔣金鼇均請斥革，以示懲儆等語，應仍如所擬懲辦。除全案供招谘送軍機處備查，並分谘刑部存案外，所有臣等會同複審仍照原審定擬緣由，是否有當，謹恭折由四百裏馳陳，伏乞皇太後、皇上聖鑒。
再，臣鄭敦謹於拜折後，即率同隨帶司員回京複命，合並陳明。謹奏。
複審凶犯刺殺馬新貽的緣由仍舊按照原先所擬分別定案折
為會同複審凶犯行刺緣由，請仍舊按照原先擬定的罪名以及案內犯事人員按照律令分別定案事，恭折會奏，請求聖上鑒察。
內閣抄出同治九年十一月初二日所奉的上諭：“魁玉、張之萬所奏審明謀殺總督使臣匪犯，情節較重，請依照謀反案擬刑，並將在此案中的所有犯事人員分別確定罪名一折。據奏折所說，凶犯張汶祥曾投長毛，又勾通海盜，因為馬新貽先前在浙江巡撫任內剿辦南田海盜時殺戮他的夥伴很多。又因為他的妻子羅氏為吳炳燮勾引誘騙出逃，他曾在馬新貽巡視邊地到寧波時攔轎呈遞狀子，沒有獲得受理，該犯心懷怨恨。恰好在逃海盜龍啟等人，又煽惑張汶祥，說為同夥報仇，也就是為自己泄恨。張汶祥為此話所激，遂答應下來。該犯隨後到新市鎮私自開一個小當鋪，又適逢馬新貽發出禁止私開當鋪的告示，於是本利俱虧，想起先前的仇恨，謀殺的念頭愈加堅決。同治七年八年多次到杭州、江寧，打算找空子行刺，沒有機會下手。今年七月二十六日，隨眾人混進總督衙門，突然衝出人群行凶。再三當麵審訊，張汶祥始終不改口。他招供並沒有別人指使等情況，尚屬可信等等。馬新貽作為總督重臣，突然遭遇此變，案情重大。所說的張汶祥所供挾恨各節以及龍啟等指使情事，可能尚有不實不盡之處。若即照魁玉等所擬定以正典刑，還不足以夠成鐵案，先前已有旨令曾國藩在到任後會同嚴訊，務必獲得實情。著再派鄭敦謹迅速由驛道前往江寧，會同曾國藩將全案人證詳細研究審核，審出實在情形，從嚴懲辦，以伸國法。鄭敦謹所隨帶的司員，也一並迅速就道。”欽此。
臣鄭敦謹在十一月十七日請求訓示後，當即整裝率同隨身所帶的司員星夜迅速就道，因為沿途雨雪阻滯，於十二月二十九日到達江寧，會商臣曾國藩，將全案人證一一傳到。臣鄭敦謹督促司員刑部滿郎中伊勒通阿、漢郎中顏士璋，臣曾國藩下劄委派江安糧道王大經、江蘇題補道洪汝奎會同審訊。先將凶犯素識的陳養和、陳澱甲、王星三，以及與犯同住的妻嫂羅王氏、親戚王張氏，及結案後繼續捕獲的武定幗、姚安心等隔離審訊，詳細推求。對於凶犯張汶祥私通海盜，屢次代海盜銷贓；以及長毛擾亂後，該犯之妻羅氏攜帶資財改嫁給吳姓男人，該犯逃回調查得知後向縣衙控告，縣衙隻將羅氏斷還，沒有追回資財；以及聽說巡撫巡閱邊地，想借上呈詞來達到傾陷吳姓男人的目的，又沒有獲得受理，吳姓男人得逞再次勾引羅氏逃走，以後經該犯追回逼迫羅氏自盡，該犯時常怨恨；後在湖州新市鎮私自開設小當鋪，又虧本關閉；直到同治七年二月去杭州一次，八年九月去江寧一次，九年春間該犯因貧苦無奈，於四五月間在軍犯陳澱甲等人的小鋪裏幫忙，到六月初九日，該犯聲稱想去江寧訪友，攜帶洋銀數元及隨身衣被，即由新市鎮起身前往等等各種情況招供明白，曆曆如繪，至於如何到達江寧，如何行刺，則招供說不知道。