從最表層的現象來看，在戰後的民主政治改革中，自由民主國家中的公民社會沒有實現完全獨立的地位，其自治是有限度的，公民社會的興衰仍係於政府的政策選擇，在公民社會與政治國家的博弈中，後者往往處於優勢地位。比如，在“9·11”事件之後，西方各國的公民社會活動在政府“反恐怖主義戰爭”的口號下受到限製，全球公眾對布什政府出兵伊拉克的反抗也並沒有能夠阻止這一行動。同樣，近年來一些發展中國家或地區的公民社會獲得了某種程度的自治權，但是尚未實現真正的獨立，公民社會的活動受到各種政策的規製，其自主性難以發揮。在一些權威主義國家中，公民社會甚至可以以“由上至下”的方式發展壯大。東亞的民主化實踐就是很好的例證，尤其是新加坡和馬來西亞。總之，無論是在西方還是在東方，正如菲利普·施米特在談到第三次民主化浪潮時所指出的，國家機關的政策對於公民社會諸部門的能力與範圍有著特定的影響，或者如有學者所言，“任何一個公民社會都可能被任何一個國家創造、支持、操縱和鎮壓，並有可能被誤導，離開政治權力的中心。”全球公民社會雖然跨越國界活動，似乎能夠不受主權國家的約束，但事實上，所謂的“全球公民”首先是一國內部的“國家公民”，國際非政府組織和社會運動也是存在於國際社會這個大背景之下，並且，國際非政府組織通常接受國家、國際組織和跨國公司的資助，兩者之間存在著複雜的交易關係，這直接影響到全球公民社會作用的發揮。雖然許多例證表明全球公民社會能夠影響民族國家、國際組織和跨國公司的某些決策，但是，這種影響一般是在它們願意接受的範圍之內，這種範圍是根據利益來劃定的，一旦超過其利益的底線，它們就會置全球公民社會的倡議於不理而自行其是。而且，在當前的全球治理結構中，與國家所擁有的巨大的政治實力和公司所擁有的巨大的經濟實力相比，全球公民社會屬於弱勢的一方，它所依靠的僅僅是道德權威和知識權威，力量十分有限。因此，全球公民社會所申張的勞工階層、貧困和邊緣人群的利益往往難以在政策製定過程中充分反映出來。更加引人注意的是，全球公民社會雖然喚起了人們對於一種古老的直接的、大眾的民主的向往，但它們自身也沒有能夠擺脫“民主赤字”的困擾。
從全球公民社會的內部關係來看。首先，發達國家公民社會組織包括全球公民社會組織的規模高於發展中國家。據統計，包括誌願者，非營利組織雇員占總就業人口比例在西歐為10.3％，其他發達國家為9.4％，拉美為3暢0％，中歐為1.7％，其他發展中國家水平更低。再如，得到1999年華盛頓西雅圖世界貿易組織理事會認可的738個非政府組織中，87％是來自工業化國家。南北非政府組織在規模上的差異直接影響著它們對國際事務的發言權，通常南方非政府組織難以對北方政府形成有效的壓力，卻又較容易受北方非政府組織政策傾向的影響。其次，全球公民社會組織是一種自願的結合，其領導人通常非經特定的程序選舉產生，而是由該領域中有聲望的人擔任，盡管選舉並非民主的唯一特征，但若缺乏選舉，民主則不完整。並且，在全球公民社會內部，那些作為領導人的社會活動家和積極分子同普通成員之間，在所擁有的知識、信息和其他資源方麵存在巨大差異，這些不可避免地導致了公民社會中的“精英主義”，知識權威和道德權威取代政治權威獲得了對普遍公民的控製權。再次，大多數全球公民社會組織的內部並沒有民主治理和問責的體製，而且全球公民社會組織特別是國際非政府組織大型化以後，領薪的專職人員所占比例不斷增加，內部科層化程度逐步提高，出現了官僚組織所具有的文牘主義、人浮於事、程序煩瑣、效率低下等通病。最後，全球公民社會遠未形成一個和諧統一的共同體，地區差別，種族、民族、宗教、文化差距以及各種極端主義的意識形態等，像一道道鴻溝，把不同的公民社會組織分裂開來，並使他們之間產生誤解、仇恨、對抗。這些都使得全球公民社會呈現出“碎片化”態勢，並使公民社會呈現出黑暗的一麵。
從全球公民社會的外部關係來看。首先，全球公民社會與民族國家政府、私營部門之間的關係不甚明朗，它對後者有著相當大的依賴性，依靠它們提供生存和發展的製度空間以及資金援助，因而，全球公民社會都未能較好地處理其自身政治化和商業化的問題。一方麵，許多發達國家的非政府組織成為推行西方自由民主的政治製度和自由主義經濟製度的排頭兵，而發展中國家的非政府組織又常常難以擺脫“二政府”的形象。另一方麵，由於全球公民社會在資金來源上日益依賴於服務性收費，出現了所謂的商業化傾向，這種傾向使真正有需要的貧困和邊緣化群體難以享受其提供的服務。如果全球公民社會不能克服其政治化和商業化傾向，那麼，麵對普遍的、認為它不夠民主的質疑，它將難以自圓其說。