在市場經濟體製下，國有企業一般是為了實現某種公共政策目標而形成的一種特殊企業，其存在與彌補“市場缺陷”有關，大多是在外部性較強或自然壟斷性很強的行業，政府為達到某種政治或社會的特殊目標，才通過舉辦和經營少數具有特殊功能的國有企業，這種企業的運作和管理不是由一般的公司法來規範的，而是通過特殊的政治程序和行政法規來約束和規製的，這種性質也就決定了國有企業一定的特殊性。中國國有企業的產生並非隨意的，而是為推行重工業優先發展戰略的目的服務的，它的產生是一種內生性製度安排的結果。如國有企業本身一樣，國有企業的管理體製也是按照相同的經濟發展邏輯內生形成的，它伴隨著國有企業的發展而形成了不同時期的不同體製模式，也就形成了國有企業不同形式的治理結構。
相對於按照現代企業製度進行改革的國有企業，相對於進行產權製度改革後的民營企業而言，在90年代中期之前的國有企業可以說是戴有沉重的體製枷鎖的，在這種體製背景下的企業治理結構存在明顯的局限性。盡管有學者指出，國有企業的很多問題根本不能以委托代理理論來解釋，因為，委托代理關係在國有企業中是不適用的，但筆者認為在傳統體製背景下，一旦國有企業經營者被任命為企業的廠長經理，他實際上就充當了一定意義上的全民企業的代理人。因此，為了便於分析，剔除對比分析中體製環境因素，筆者將國有企業的經營者仍然假定為一個個人理性的委托代理關係中的代理者。在一個充分競爭的市場環境之下，企業之間由於競爭，通過價格杠杆相互交易生產要素、生產資料和產品，達到資源的優化配置，從而在社會層麵形成一個平均利潤或稱平均成本，在企業微觀層麵形成另一個平均利潤，兩者的差額即為企業的贏利水平，也就是利潤率。而這個利潤率直觀地反映企業的經營狀況，也就是說，企業經營狀況的充分信息將通過這個利潤率得到充分反映。
由此，在存在市場競爭的條件下，通常可以企業的經營績效來對企業的代理人進行考核，此時經營者和所有者的激勵是相容的，在利益關係上兩者也是一致的。但是，為了實現建國後重工業優先發展的經濟發展戰略，我國市場的產品價格和生產要素價格都出現不同程度的扭曲現象，造成了市場環境的非競爭狀態，因而也就無法形成一個可供企業參考的社會平均利潤率，那麼，每個企業的利潤水平也就不能充分反映企業經營的好與壞，也就不能把企業的利潤率作為衡量企業經理人員的考核指標。在缺乏一個有效考察和監督國有企業經營的充分信息指標條件下，要獲取企業的相關經營狀況信息，其費用是十分高的。這使得所有者和經營者之間的激勵不相容成為一個難以解決的問題，而責權的不對等也會進一步加強這種傾向。具體而言，主要體現在以下幾個方麵：①在兩權分離情況下，企業所有者和經營者的利益通常是不一致的，即由於委托代理關係的形成，自然產生了所有者和經營者之間激勵不相容的問題，即兩者的目標值不一致。國家的目標值是盡快擴大重工業的規模，加速重工業進程，而企業以及經理人員的目標值則是擴大企業規模，增加個人工資收入等。②所有者和經營者責任不對等，由於缺乏有效的可供考核和監督的充分信息指標，使得經營管理人員無需承擔企業經營不善的惡劣後果，最多不過是個人名譽、財產或自由的喪失，這與所有者或委托人的資產相比就顯得十分不對稱。③兩權分離使得所有者和經營者存在明顯的信息不對稱問題，即經營者由於直接參與企業的實際經營，擁有更多的關於企業經營過程收入和費用的真實信息，而作為所有者，由於未參與而導致信息欠缺，處於信息劣勢，要獲取同等信息，需要支付高得多的成本。
因此，這種信息不對稱進一步加劇了激勵不相容問題，進而使經營者可以低成本地侵犯所有者利益。上述問題在傳統的製度環境下，唯一的解決途徑就是控製企業的經營自主權，即不能讓國有企業擁有經營自主權，也就是說，為了最大限度地減少國有資產被侵蝕和剩餘被流失的機會，唯一可行的治理辦法就是最大限度地剝奪國有企業的經營自主權。在這種傳統的微觀經營機製和局限性頗大的企業治理結構條件下，造成了我國國有企業以及工業經濟激勵不足和生產效率低下的弊端。①由於企業沒有生產經營自主權，利潤不能成為反映企業經營的充分信息，成本也就不再是可以用作經營效率比較的指標，通常還可以通過討價還價來不斷調節成本的高低。因此，在短缺經濟的條件下，產量成為首要的企業經營狀況的考核指標，絕大多數企業也自然采取一種以高成本換取高產量的做法，最終導致企業的生產不計成本，盲目擴大生產規模。②由於企業沒有生產決策自主權，企業自身並不直接麵向市場需求，產品根本不愁沒有銷路，因此也無法感受到消費者對產品品種和質量的需求變化。在這種毫無壓力和競爭的情況下，企業沒有足夠的動力來改進產品的質量，也沒有足夠的動力來降低產品的成本、提高企業的生產效率，也就是說技術創新是不重要的。長此以往，造成的結果是企業的技術進步緩慢，技術水平落後，產品質量降低等。③由於是短缺經濟狀態，加上中央的計劃經濟分配體製，企業為了追求高產量，以便得到上級考核時的認可，所有企業都把很大的精力花費在爭取盡可能多的生產資料、原材料和能源上，因此造成了我國國有企業原材料大量庫存的局麵。④由於國有資產的產權天然屬於人民，而眾多的人民又無法直接通過自身權利的主張來實現國有資產的產權收益。因此，國有企業通常需要由國有資產的代表機構來具體行使。