一、新約既立，改弦更張
清廷的腐敗無能和投降賣國政策導致大片國土淪喪，特普欽雖為此痛心疾首，但身為朝廷命官他也隻能接受現實。在正式簽訂中俄《北京條約》前，清廷即已將條約內容告知特普欽，令其有所準備。特普欽經研究後認為，江省與俄羅斯之間的新邊界雖然漫長，但其北部以黑龍江為界，西部呼倫貝爾地區則未作改變，仍以額爾古納河為界，情況比較明晰。如今既然已明定條約，沙俄殖民當局官方主導的挑釁和侵略行為當會有所減少，短時期內雙方開戰的可能性很低，江省的邊防壓力也隨之減輕，之前以軍事鬥爭準備為出發點所製定的一些政策，自然也需要調整，而首當其衝的就是此前廣泛興辦的防俄團練。
興辦團練確實在前一階段的對俄鬥爭中起到了相當明顯的功效，可同時也牽扯了黑龍江地方當局的大量精力和財力，並且極大幹擾了邊疆各族人民的正常生產生活，在隨著國界劃定，軍事衝突的危險暫時平息，而與沙俄當局的小規模邊界糾紛長期化、常態化的新局勢下，這一政策就顯得不合時宜了。此外，1861年1月20日（鹹豐十年十二月十日），清政府成立了總理各國事務衙門，英法沙俄等列強也相繼在北京派駐公使，這標誌著帝國主義侵華的日益加劇，但同時也是中國近代外交的開端。1861年8月，鹹豐皇帝於憂憤交加中在熱河病逝。隨後，以慈禧太後和恭親王奕為首的密謀團夥發動了辛酉政變，奪取了政權。新的滿清朝廷被曆次對外戰爭的慘敗嚇破了膽，同時為了借助於外國先進武力將國內的人民起義盡快鎮壓下去，采取了與西方列強“和好”的外交策略，這就要求其必須承認並履行與列強簽訂的所有不平等條約。這些來自上層的變化，更從根本上決定了特普欽製定對俄策略的調整方向。
鹹豐十年（1860年）十一月，特普欽根據實際情況，首先解除了鄂倫春族各部落的巡防義務，令其返回各自原先的生活區域，“照舊捕打貂皮，以期無誤明年應進貢皮，而與該牲丁等生計亦有裨益”。鹹豐十一年（1861年）二月，特普欽聽取了副都統愛紳泰的彙報，認為黑龍江沿江一線的各屯餘丁兼顧農業生產和團練操防負擔過重，且近來連年歉收，人民生活困苦，決定將各屯團練以及駐防璦琿城的數百名預備兵“一並歸耕，以裨農業而裕生計”，而將邊防重任主要交由在編正規軍負責。如此一來，部隊人數不敷調遣，特普欽又核查了中俄劃界後的具體情況，經向清廷報告，自乾隆年間以來一直實行的，每年派出清軍巡查格爾畢齊河口，及每三年巡查格爾畢齊河源及大興安嶺的事務，因上述地點現已劃歸俄羅斯界內，隻得取消，往後巡查邊界，清軍改赴額爾古納河口。至於對精奇裏江（今俄羅斯結雅河）、西林穆丹河（今俄羅斯謝烈姆劄河）、紐勒們河（今俄羅斯布列亞河）流域的巡邏，盡管其所在地已經劃入俄羅斯境內，但鑒於江北中國村屯的存在，以及中國東北邊疆少數民族曆代棲居於此，故仍照舊進行。
此後，圍繞居住於江北的中國各族人民的權利、地位、國家歸屬，以及對中俄《璦琿條約》中規定的清政府對江北中國村屯行使管轄權的解釋，中俄政府間針鋒相對的外交鬥爭持續了相當長時期，甚至於鄂倫春民族為每年按例進貢皮毛前往北岸捕獵，依約應不受幹擾，俄方也堅決拒絕中方關於前往收貢的文件中出現任何諸如索貢、頒賞等顯示臣屬地位的內容，直到清廷妥協，改為隻以承辦貂皮為由，並領俄方所開執照，方才罷休。而清軍對黑龍江北岸地區的巡邏，則一直持續下來。自特普欽之後，曆屆黑龍江將軍於同治十年（1871年）、光緒三年（1877年）、光緒五年（1879年）三次關於巡查黑龍江左岸精奇裏、西力木迪和牛滿諸河道情形的呈文均在理藩院的文檔中有案可查，直到1887年遭到俄軍無理攔截後，方才中止。而在此之後，俄國移民遂大肆侵占曆來劃歸中國村屯耕種的土地。清政府派遣官員前往調查，江北“各旗屯之男女老少，已載道來迎，曆訴苦情，呼冤求救”，結果仍無濟於事。
在一係列政策調整中尤為重要的是，特普欽通過總結清廷喪失黑龍江以北、烏蘇裏江以東國土的慘痛教訓，認識到東北地區的開發滯後是其麵對侵略者無力抵抗的根本原因，遂於鹹豐十年（1860年）七月，出於防範沙俄殖民者進一步向東北腹地擴張，以及緩解江省財政壓力的考慮，上清廷《開墾折》，提請放墾呼蘭一帶荒地，獲得允許。而對呼蘭一帶招民屯墾的經營，也成為特普欽主政吉林、黑龍江數年中對東北地區經濟發展所作出的最大貢獻。此舉實際上宣告了自清初以來東北封禁政策的終結，不僅在經濟上也在政治上開啟了黑龍江與內地逐步一體化的進程，產生了極為深遠的曆史影響。
二、明槍暗箭，應對有方
俄方對中方是否執行條約中對自己有利的規定一貫斤斤計較，對己方俄國移民越界跑到中國領土上大肆侵占，卻睜一隻眼閉一隻眼，不聞不問。等到中國官員經過實地核查後提出交涉，仍麵對確鑿證據百般狡賴，敷衍塞責，不肯履行條約義務。
鹹豐十一年（1861年），就有俄國居民越界，渡江到雅克薩（今俄羅斯阿爾巴津諾）對岸江中夾心灘（今古城島）一帶中國領土墾荒種地。被中方發現後，黑龍江副都統衙門派人與俄方交涉，俄方官員滿口答應要監管移民，禁止其違約占地，並立下字據。可第二年夏，俄國移民又在原處種地50餘坰（東北地區一坰約合15市畝），不僅如此，還在阿奇夏納地方又占地40餘坰，清軍前去幹預，對方竟倚仗人多阻攔，並聲稱是俄國官員命令其在此耕種。
待中方拿著之前的字據去找俄酋布多戈斯基對質，他竟然推脫不知，又借口江北山多，故其上司允許移民前往南岸耕作，此事他也無法做主雲雲。如此厚顏無恥，實屬罕見。特普欽得知沙俄殖民者鯨吞我國百萬平方公裏土地後竟仍欲壑難填，以至公然違約，蠶食侵占我國黑龍江以南領土後，十分氣憤，向布多戈斯基提出嚴正交涉，俄方理屈詞窮，不得不答應今後“再不違約越界耕種”，並另立字據。就在中方“往返查辦之際”，“而俄人已將禾稼收去，亦認稱該酋已經剳飭嚴謹，下年不複耕種”，可見其自亦知理虧。
經曆此事後，特普欽提高了對俄國移民越界占地的警惕性，向清廷指出“自額爾古納至黑河口三千餘裏，江左俄屯處處，連接不斷。而江右一帶，多屬曠地，並無人居。每年派員上下迎查，即遇有越界耕種之事。與之理論，決不聽從，欲即平毀，則彼眾我寡，橫行攔阻，且未便以微事與之啟釁”，今年此事雖然了結，但難保明年俄方不會重施故技，故而一方麵由黑龍江方麵加強巡查，嚴防死守，另一方麵應由總理衙門出麵交涉，不可等閑視之。果不其然，此後俄方一直就此類事件與中方屢起爭端，更至引出江中夾心灘歸屬問題。除占據黑龍江南岸耕地外，俄國移民在額爾古納河以東的呼倫貝爾地區也大肆越界滋擾，偷割牧草，蓋房建屋，率生事端。至於零星俄國移民非法越境打獵等等，更是層出不窮，屢禁不止。
此外，俄羅斯殖民當局還就中俄《北京條約》中規定的允許兩國交界地區人民免稅貿易一項大作文章，醞釀陰謀，試圖扳倒因為在主政吉林、黑龍江期間，立場堅定地維護國家領土主權，不為威逼利誘所動，與沙俄侵略者進行了爭鋒相對的鬥爭，早就被穆拉維約夫等侵略頭目視為眼中釘肉中刺的特普欽。鹹豐十一年（1861年）正月，清廷軍機處接到俄方呈文，指控特普欽和愛紳泰不守和約，不準邊界俄國移民與中國居民貿易，竟蠻橫要求中方將黑龍江將軍、黑龍江副都統撤換。清廷接報後，雖明知俄方無理，“黑龍江未與俄國通商，斷無遽將該將軍等更換之理”，但麵對侵略者咄咄逼人的氣勢，驚魂未定的清廷不敢怠慢，連忙督飭特普欽等，要求一切涉俄事務，務必遵照合約辦理。
特普欽接到軍機處來函後，對俄方指控感到莫名其妙。原來，自從簽約以後，黑龍江已按條約規定辦理邊境貿易，可是俄國移民因為歉收缺糧，從中國居民處大量換購糧食。可中國一側糧食同樣歉收，“即豐收之年僅敷本地食用，並無餘量可售。兼以本年秋收歉薄，若令農商貪圖厚利，任意買賣，則窮戶無處購米，勢必乏用”，故而僅對米麵交易一項有所限製，其他雜貨之類，一概任由兩國邊民貿易。鹹豐十年（1860年）十一月三十日，就曾有沙俄官員借邀請中方官員赴海蘭泡觀賞除夕文藝節目之機，向愛紳泰就限購糧食問題提出過抗議。特普欽得知後經反複斟酌，已指示愛紳泰要遵照條約行事，如確有餘糧，應準予貿易。沒想到俄國人小題大做，包藏禍心，竟然鬧到軍機處，以此為由要求中方撤換疆臣。此事後經總理衙門等出麵與俄方協調，總算平息下來。然而陰謀失敗以後，俄方仍就擴大通商範圍一事與中方於數年間糾纏不休。實際上，俄羅斯殖民當局以通商為名要求到黑龍江、吉林腹地活動，無非是企圖借機偵查當地情形，探知連接兩省水路要衝及通往中國內地之交通路線，以為其進一步侵略預作準備。對此等伎倆，特普欽了然於心，故而能防微杜漸，阻其得寸進尺，再生吞並之心。
三、鐵麵無私，整頓邊防
麵對頻繁發生的俄國移民越境事件，特普欽除了將製定邊防措施的指導思想由準備軍事鬥爭轉移為平時對頻繁小規模滋擾的監察防範，也著重加強了對邊防隊伍的管理。除了黑龍江南岸地區以外，呼倫貝爾地區也與俄羅斯隔江而望，“與俄夷接壤邊卡最多”，設有“防範俄夷卡倫十二處”，然而“地界遼闊，且距省較遠”。特普欽對此處的邊防工作十分重視，再三勸誡主管此地邊防事務的副都統銜呼倫貝爾總管珠勒格納等，須認真督飭所屬官兵，認真巡防，不可稍有懈怠。可此人仍不思振作，玩忽職守，每月彙報邊情總稱邊卡無事。對此特普欽當然不能輕信，黑龍江一線沙俄移民頻頻滋事，何以在呼倫貝爾地方就能嚴守界約？遂派人明察暗訪，至鹹豐十一年（1861年）秋接到彙報，果然該處亦有俄國移民越界活動。對此特普欽嚴厲斥責了珠勒格納等人，命其交代實情不得隱瞞。
事實敗露，珠勒格納不得不交代俄國移民越界侵占的嚴重情況：“距巴彥珠爾等五處卡倫百八十裏至五六十裏，有夷人越界偷割羊草，或二三百堆至五六百堆不等，並有偷挖地窨七處。”特普欽指示按照條約規定與俄方交涉，並交代了黑龍江沿岸地區處理此類事務的慣例，命其照辦。可珠勒格納卻放縱俄國人將所偷割羊草全數搬走，豈非令其食髓知味，再生侵占之心。特普欽得知後，建議清廷將如此玩忽職守之邊防官員嚴肅處理，指出百萬平方公裏領土被沙俄吞並，曆代主管官員都難辭其咎，如今“茲當立法之初，合約已定，即剔除積弊，加意嚴防，尚恐重蹈覆轍，倘不加詳慎，再將右岸地方任意偷越，勢必又無底止。乃該總管等於邊界事務漫不經心，致令到處越界，偷割羊草如許之多，前既形同聾聵，任由卡員怠惰偷安，縱容偷越，仍複按月結報。迨經嚴飭查出，詳示辦法，又複任令將遺剩羊草搬回，並不令其毀棄，實屬辦理草率已極！”請示清廷將珠勒格納革職查辦，並將玩忽職守的其他邊防官員一並嚴懲。特普欽對待主權問題的認真態度，得到了清廷的鼓勵，珠勒格納隨即被革職，並由特普欽保舉“精明幹練，並熟悉外國情形的”稱職官員接任。
但是，盡管珠勒格納等人受到了嚴厲處理，清軍邊防官兵仍時有疏防懈怠及對俄交涉不善，對此類事件，特普欽都親自過問，予以糾正。同治二年（1863年）三月十二日，俄羅斯方麵的邊防軍官等四人，攜帶槍械越過中方阿普該圖卡倫深入呼倫貝爾地區，竄往呼倫鄂汗一帶活動，被清軍巡防官兵發現後，不聽勸阻，直到三月十六日才返回俄方一側。特普欽得知後，對邊防官兵未能阻攔、截回俄方人員十分不滿，予以斥責，並將主要責任人革職，命令接替之前被處罰的珠勒格納署理呼倫貝爾總管的那爾胡善與俄方就此事進行嚴正交涉，此外還請示清廷，提議通過總理衙門行文俄羅斯駐京公使，促其監督俄方認真履行條約，不得任由無頒給照人員越界。豈料那爾胡善因對條約內容不熟悉，對此事的重要性認識不夠，在與俄方交涉時，竟被俄方借口條約規定的邊境貿易條款搪塞過去，沒有據理堅持要求俄方承認違約，就含糊簽字換文，了結此事。特普欽收到彙報，嚴厲批評了那爾胡善等人的糊塗做法，指出條約中對邊境貿易隻規定有免稅一條特權，且往來貿易必須持有執照，否則不僅貨物沒收充公，還要依約抓獲遣返。隨即責令那爾胡善等必須就此向俄方辨析明白，並奏請清廷將其交部議處。特普欽當年練兵防俄時，曾親自向清廷舉薦那爾胡善“久曆戎行，明白諳練”，“與之麵商一切，深合機宜”，委之以防俄重任。珠勒格納被罷黜後，也是特普欽保舉那爾胡善署理呼倫貝爾總管，但當那爾胡善辦事不力，有損國家主權的時候，特普欽能不“避嫌遠怨”，以大局為重秉公處理，在烏煙瘴氣的晚清官場中實屬難能可貴。
同年六月，俄國人又在額爾古納河岸喀拉爾河口附近，越界修建“水磨板房一座，現在磨麥。又順喀拉爾河有搭蓋柳條窩鋪三處”，並發現兩道越界車轍痕跡。特普欽聞訊即指令中方主管人員約見俄方官員，據理力爭，使其將磨坊、窩棚等全部拆除焚毀，並保證不再有類似行為。事後特普欽將實情谘報總理衙門核辦。
此外，同治三年（1863年）二月二十五日，特普欽接到呼倫貝爾總管報告，得知上年十月，有伊萬等六名俄羅斯人越境捕獵，晚間借宿於清兵富寧額等家中，不料所乘馬匹被竊，當時曾向中方守卡官兵那蒙阿等求助幫忙尋找，並答應事成之後給予報酬。這起事件比前次更為嚴重，中方有關人員不僅是疏於防範，而且知情不舉，還與俄方越境人員私下來往，特普欽認為必須“嚴審究辦”。經特普欽“督率刑司各員逐一嚴訊”，方查得實情，原來伊萬等六人於十月二十五日晚借宿於清兵富寧額及那蒙阿鄰居朱朗阿家中，恰好色清額、莫哈拉二人正在那蒙阿家中坐客，三人遂經密謀盜竊伊萬等人馬匹，認為其違約偷越邊境，即便被盜也不敢告官。得手之後，又碰巧伊萬等人二十六日來央求那蒙阿等幫忙尋找，後又遷延日久，方有俄方官員跑到中方巡卡總管處控告，特普欽當即下令嚴懲涉案清軍官兵，根據中俄《北京條約》第十條，各照本國法律計贓定罪，不管賠償”，將那蒙阿、色清額、莫哈拉等“革去馬甲錢糧，銷除旗檔”，並以盜竊罪處以枷號、杖責等處罰。對伊萬等越境俄國偷獵者的違約行為，則請示清廷由總理衙門照會駐京俄國公使，由俄方官員按本國法律治罪，並將查獲的馬匹等贓物，依慣例交由俄國邊界哨所查收，簽字換文以備核查。整個處理過程可謂有理有節，令俄方無話可說，也得到了清廷的讚賞。
四、據理力爭，麵斥俄夷
沙俄自從竊得我國東北邊疆百萬平方公裏土地後，其貪婪欲望未曾有一日滿足。《北京條約》簽訂以來，沙俄殖民當局一直以通商為名糾纏中方要求開放內陸交通，借以窺伺黑龍江、吉林腹地，卻總在特普欽那裏碰釘子，通過指控所謂違約將其扳倒的陰謀也沒能實現，遂決定尋機與這位黑龍江將軍當麵交涉，一探虛實。
早在鹹豐十一年(1861年）正月二十二日，特普欽就收到署黑龍江副都統愛紳泰的報告，得知海蘭泡的沙俄頭目阿斯拉木幅曾前往璦琿與其會晤，聲稱俄酋布多戈斯基有緊要公文必須麵交黑龍江將軍，特來借用驛馬，經再三勸阻，仍堅持己見，定要在本月二十六日啟程。特普欽反複思量，感到此事從無先例，不知沙俄又有什麼陰謀，一切應穩妥為上，既要阻遏其野心，又不能令其找到借口，徒增麻煩。於是經過研究中俄《北京條約》第十一條的相關內容，其中規定，俄方函件，均需由黑龍江副都統轉交，並不允許俄方派員遞送。又複查中俄《天津條約》第二條之規定，如有重大事件需協商，俄方使節應由恰克圖故道或海口進京。總之，俄方要求是沒有條約依據的。經充分研究，特普欽即飭令愛紳泰向俄方說明情況，要求其依慣例將公文交由黑龍江副都統轉交，並保證絕不延誤。而所謂俄酋親往麵交一說，則以不符合條約規定，予以婉轉勸阻。此外，特普欽還清醒地意識到，俄方此舉的實際目的是偵查黑龍江腹地的內陸交通情況，其包藏禍心，路人皆知。
而穆拉維約夫本人早在1857年就已經供認，“我認為，如果我們被迫對中國人使用武力，那麼，阿穆爾將是我們的主要作戰基地。在璦琿登陸，從那裏有幾條平坦大道，穿過人煙稠密的地區，通向南滿和北京。希爾科夫斯基對這一帶以及從祖魯海圖通往這一帶的道路都非常熟悉。有機會可向他了解一下，並令他把所有這些情況都探聽得更加詳細些”。特普欽在向清廷彙報此事時寫到：查黑龍江城（璦琿）距省（齊齊哈爾）八百餘裏，中間驛路，每站相距百八十裏不等。除每站丁戶寥寥數家外，別無村屯。其餘地麵，概皆曠無人居。若被其深悉邊地情形，倘生覬覦之心，更難防範。且吉林、盛京均有與該國交涉事件。若此路一開，準其由本省驛站行走，勢必要求無厭。
設欲從此路進京，則盛京、吉林均需準其經過，尤屬大有關係。”一方麵指出了防範沙俄偵查東北腹地的必要性，另一方麵也是在提醒清廷注意東北地區人煙稀少、開發滯後的現狀不能滿足抵抗侵略的現實要求，希望清廷能夠支持他當時正在主持的招民屯墾、開發黑龍江的工作。二月初二，經愛紳泰彙報，已經向海蘭泡俄國官員表明了中方態度，俄方沒有再堅持由布多戈斯基親赴齊齊哈爾，但仍不肯將公文交由愛紳泰轉遞特普欽。清廷也對特普欽的處理感到滿意，特別予以嘉獎。此事就此告一段落，但令人沒想到的是兩年多之後俄國人又舊事重提。