動物藥是我國醫藥寶庫的重要組成部分，是中藥三大來源之一，其傳統研究思路以中醫理論為指導，重點研究臨床應用等相關方麵，主要包括：本草考證、資源調查、基源鑒定、動物藥化學、加工炮製、藥效研究、品質評價等，而動物藥基礎理論研究相對較少，如動物藥成分分離純化研究、效應物質基礎研究、藥效機理研究、代謝動力學研究等。動物藥作為動物的器官、組織或代謝產物，其來源、組成、成分與植物藥大相徑庭，動物藥研究是中藥研究領域特有的分支，是具有獨特體係的學科，因此采用目前相對較成熟的植物藥研究思路去探索動物藥的道路是很難走通的。動物藥研究起步較晚，動物藥的係統研究整理工作始於20世紀60年代，基礎薄弱，存在較多空白，加之傳統動物藥研究理論不完善，符合動物藥研究特色的方法學尚未建立，如何合理有效的借鑒現代技術手段也不明確，盡管如此隨著生物領域技術的發展，現代生物技術已逐漸廣泛應用於動物藥研究領域，並取得了可喜進展。動物藥中除了含有氨基酸、核酸、甾醇、生物堿等小分子物質外，含有大量與生命活動密切相關的蛋白質、多肽、酶等成分，常用動物藥中的蛋白質和多肽類成分具有抗凝抗血栓、抗腫瘤、抗炎、免疫調節等功效，這些成分可能正是動物藥主要物質基礎所在。對於中藥動物藥的分離純化方法，不能采用傳統中藥植物藥的研究方法，而應將現代生化分離技術引入動物藥的研究，並加以充分利用。生化分離技術主要包括：色譜分離、電泳分離、沉澱分離、膜分離等技術。
(一)色譜分離技術
色譜分離技術包括凝膠過濾色譜、離子交換色譜、反相色譜、親和色譜等。對於生物大分子的分離，隻使用單一的色譜方法很難將待分離物質完全分離，通常將幾種原理不同的色譜技術組合起來以獲得理想的純化效果。Cao等利用凝膠過濾、離子交換、製備型反相色譜法從東亞鉗蠍蠍毒中分離純化了Mar-tentoxinI、Martentoxin、BmKAngM1等多肽。Zhen等利用丙酮分級沉澱、超濾、凝膠過濾色譜等方法從鯊魚軟骨中分離純化得到一種新型抗血管生成多肽。Guan等利用陽離子交換、凝膠過濾色譜從梅花鹿茸中分離得到具有抗肝纖維化作用的新型多肽。魏金榮等采用一步親和色譜法分離純化了白眉蝮蛇蛇毒中的降纖酶，得到的降纖酶純度高達99％以上。
(二)電泳技術的應用
電泳技術是一種廣泛使用的蛋白質和核酸分離分析技術。凝膠電泳是一種傑出的分析手段，是蛋白質純化過程中重要的監測手段。通過電泳可以準確簡便的比較大量樣品，並獲得蛋白質圖譜。將兩種基於不同分離原理的電泳方法進行組合能夠大大提高分離效果，如雙向電泳。電泳技術多用於生物大分子的分析，而難用於製備，生物大分子的分離製備一般首選色譜法。目前電泳技術已經廣泛應用於動物藥的鑒定研究。利用動物藥藥材中的不同組分具有不同的電荷特性，在同一電場下泳動距離存在差異而實現鑒定。史克莉等利用SDS-PAGE技術對3種蜂王漿、牛血清蛋白、金錢白花蛇、烏梢蛇、鹿蹄筋、炮製前後的蠍子進行了鑒別分析。毛細管電泳可減少電泳擴散，速度快，靈敏度高，分辨率強，在多肽、蛋白質、核酸、手性化合物等生物活性物質的分離中顯示出廣闊的前景。蔡梅等采用毛細管區帶電泳法建立了河豚毒素的測定方法，方法簡單、準確、方便、取樣少。古今等應用高效毛細管電泳技術鑒別了冬蟲夏草及其偽品，方法簡便、快速、準確，可作為冬蟲夏草及其偽品的有效鑒別方法。
(三)其他分離技術
沉澱分離、膜分離、離心分離、泡沫分離等技術作為常用生化分離製備手段的必要補充在動物藥研究中的應用同樣重要。