(三)蛋白質的鑒定
傳統蛋白質的鑒定包括Ⅳ端測序、c端測序、相對分子質量測定、等電點測定等，而蛋白質組學研究的對象為大規模的蛋白質，因此，需要高靈敏度、高通量的蛋白質鑒定技術。生物質譜被認為是大規模、高通量進行蛋白質結構鑒定的首選工具，生物質譜用於蛋白質鑒定主要有兩條路線：一是通過肽質量指紋圖譜（peptidemassfingerprinting，PMF）和數據庫搜索匹配，選擇基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜儀（MALDI-TOF-MS）；另一是通過測定樣品中部分肽段二級質譜信息和數據庫搜索匹配，選擇電噴霧串聯質譜儀（ESI-MS/MS）。常用於蛋白質鑒定的數據庫搜索軟件有Mascot、Peptide、Search、MS-Fit、ProFound、MOWSE等，為了獲得精確的鑒定結果，還需要將幾種鑒定技術聯用。
動物藥藥材來源廣泛，資源豐富，藥用動物物種從單細胞動物到動物跨度大，種類繁多，而即使是同一物種，也因其所處發育階段、生理條件、棲息環境等不同，使得動物藥藥材中的蛋白質組成不盡相同，各有特點。應用現代分離純化手段使得從動物藥中不斷獲得新型活性蛋白質、多肽變得可能，然而單一活性蛋白質、多肽與整體動物藥之間的關係問題，以及具有不同活性、不同功效、不同靶向性的蛋白質、多肽之間的相關性等問題，將是動物藥研究人員必須麵對的問題。因此，針對動物藥的研究急需合理可靠的方法體係對其進行綜合評價。黃春洪等利用雙向電泳和二維色譜有效分析了尖吻蝮蛇蛇毒蛋白質組和生物活性。蛋白組學技術在研究蛋白質、多肽等複雜體係方麵有其獨到之處，必將會給動物藥的研究帶來良好的應用前景。