DNA是生物群體細胞中的遺傳物質，具有遺傳穩定性，代表了該種群的基本遺傳特征，對其標記，製定出其正品的標準DNA指紋圖譜，為鑒別不同類別中藥提供了方便快捷的方法。DNA指紋圖譜技術（DNAfingerprinting）是利用聚合酶鏈反應（polymerasechainreaction，PCR）從不同生物樣品中人工合成特定DNA片段，而這種DNA片段的大小、數目因不同生物而異的原理進行的。隨機引物擴增多態性（randomamplifiedpolymorphicDNA，RAPD）、限製性內切酶酶切片段長度多態性（restrictfragmentlengthpolymorphisim，RFLP）是以PCR為基礎發展的靈敏度高、操作簡便快速的方法。RAPD由Williams等在1990年發明，是一種遺傳標記方法，其原理是用隨機序列的9～10個核苷酸的引物，對基因組的DNA進行PCR擴增，再進行電泳分離和溴化乙錠染色。多態性的產生由互補核苷酸引物的堿基差別形成。RFLP是由於不同個體的等位基因之間堿基代換、重排、插入、缺失等引起的，限製性內切酶能把很大的DNA分子降解成小片段，所產生的DNA片段的數目和長度反映了限製性內切酶的切割位點在DNA分子上的分布。於超等用RAPD方法對康定蟲草、人工蟲草及蟲草發酵菌絲體進行指紋圖譜的研究，為不同蟲草的品質和藥效差異提供了分子依據。唐曉晶等建立蘄蛇藥材DNA分子標記鑒別方法，完成了蘄蛇及其7種常見混淆品的高特異性PCR鑒別。王晶娟等對蜈蚣、全蠍、僵蠶、土鱉蟲、蟬蛻進行了PCR擴增和18srRNA基因測序基礎上的對切酶鑒別的初步研究。