聯合國開發計劃署2001年7月9日發表了當年的“人文年度發展報告冶，從中可以看出，自1983年人類首次獲得轉基因作物以來，全球基因作物的種植量直線上升。報告談到：轉基因穀物的種植麵積從1996年的200萬公頃增加到2000年的4400萬公頃，其中98%分布在美國、加拿大、阿根廷。報告認為：這種基因改良的穀物能夠抵抗幹旱、害蟲、疾病，在減少影響全球8億人口的營養不良現象方麵，可謂“功不可沒冶。而且，“生物技術為邊緣生態領域提供了唯一或最好的選擇工具。冶該報告也坦率承認，轉基因糧食可能破壞生態係統，它們可能把自身的基因傳遞給相關物種，比如討厭的雜草，從而產生所謂“超級雜草冶。另外，它們也會對其他植物甚或動物產生意想不到的危害影響。報告最後意味深長地說，對轉基因生物的辯論不應該僅僅由富國的自然保護主義者來推動。推想其中大意是：富國的富商利用高技術贏利，而自然保護主義者從自身安全考慮；貧窮國家會暫時得到好處（如價格相對低廉的糧食），但如果發生任何“不測冶，受害最大的也是他們。
緊接著，法國科學家2001年7月25日在媒體披露：他們已經發現大約41%的玉米、小部分油菜、大豆等常規穀物的種子含有轉基因成分，而且常規食品含有轉基因物質的現象並不僅限於我們所研究的種子。現在常規穀物的種子或作物含有微量轉基因物質的可能性已經成為現實冶。這就是說，轉基因作物已經開始大規模“入侵冶其他作物，可以預測在不久的將來將不存在嚴格意義上講的“天然冶常規作物、食品。為此，法國有關部門不得不出麵“安撫冶民眾，但也隻能說食用這些穀物生產的食品對消費者造成的危險“可能性非常小冶。無獨有偶，早在2000年底，德國科研人員就發現，從飼喂3種轉基因作物飼料的雞身上，分別檢測出了3種轉基因的功能片段。他們提出，特殊食品的安全性考慮應該置於其他考慮之上。而轉基因作物的致命弱點就是安全性問題。過去曾經認為，轉基因作物具有較強的抗害蟲和病菌能力，因而減少殺蟲劑使用，對環境利大於弊。但是現在，它存在的安全上的潛在危險，極大地動搖了這種看法。不過，轉基因遇到的麻煩還不僅僅是安全問題。
就在“大豆事件冶引發人們正為安全問題辯論得不可開交時，英國權威的《自然》雜誌刊登美國科學家的報告。科學家在報告內稱：他們首次發現轉基因作物產生的殺蟲毒素（BT）可由根部深入周圍土壤。他們種下BT轉基因玉米25天後發現，BT毒素通過根部滲出物進入周圍土壤，並保持了很強的活力，仍能殺蟲。但是這些毒素也能助長害蟲的抗藥性，而且對土壤生態環境產生長遠的負麵影響。這一點和普通殺蟲劑的負麵影響沒有本質區別；被人們請來“幫忙冶的病毒基因，也可以“為害一方冶。此前，美國權威的《科學》雜誌和歐洲其他一些刊物，也報道過兩例“轉病毒外殼蛋白基因冶植物導致病毒突變、新病毒株係形成的事件。
一些科學家還清醒地提出了安全以外的問題：轉基因技術的實用性有限。
如果認為轉基因“無所不能冶、可以“無所不用冶，那就大錯特錯了。一個極其普通的道理是，事物有內因和外因兩個方麵，內因是基礎，外因是條件，內因通過外因才起作用。轉基因是“內因冶，它首先得和外部環境結合，否則將毫無“用武之地冶。簡單一點說，鹽堿地裏長出的作物天然具有抗鹽堿的基因，但這是環境通過自然選擇、適者生存而產生的；如果把抗鹽堿基因轉移到其他脫離鹽堿環境的作物上，它能否有用是值得懷疑的。比如，中國北方2000年“轉基因抗蟲棉冶抗蟲性能明顯降低，轉基因“無力回天冶就是一個明顯的例子。人們本來希望這種轉基因棉花的種植會大大減少農藥的使用，從而保護土壤等生態環境，但結果“大失所望冶。原因在於，轉入作物中的抗蟲基因固然有用，但是也有限；最後使用多少農藥主要取決於環境。