同治十三年（公元1874年）初，經過充分的準備，早已覬覦我國台灣的島國日本，以琉球船員在台灣被當地人殺害為借口，悍然發動對台灣的戰爭，隻用三晝夜便將台灣占領，其進軍之速大出朝廷所料。日本此次雖隻派兵三千，但船堅炮利，士兵手裏的器械精良，極有戰鬥力。
這件事最後雖然仍然通過外交談判得以解決，但大清國不僅允給日本恤銀十萬兩，還對日本軍隊占據台灣期間所有修道、建房等件，償銀四十萬兩，並承認日本此次侵台是保民義舉。日本侵台事件，無意中顯示了日本海防的強大，也暴露了大清國海防的薄弱。
而就在總理衙門與日本反複交涉期間，左宗棠以餉源頓涸，奏請允借洋款三百萬兩，以支西征大局。又上《附陳開屯實在情形》及《嵩武軍進駐哈密墾荒》二片。
日本侵台事件發生後，左宗棠又連續兩次上書總理衙門，就總理衙門籌議海防一事，條陳自己的意見。
左宗棠指出：“此次倭奴窺犯台郡，西洋各國先未與聞，其竟以相告，示其無他，似近情理。然島族性情貪詐傲狠，不可深信。倭人既舍其舊俗，變其衣冠，以從西人，西人安之素矣。謂此次陰助之者，僅花旗一起，未必盡然。”又說：“輪船已成十五號，洋防可固。更得勁卒萬餘，以次航海繼進，陸路亦有把握。維此事肇端雖在一隅，而事體事關全局。”
很顯然，左宗棠對日本之患還沒有深刻的認識。而朝廷對左宗棠奏請借洋款以及上書總理衙門等事，均未給予答複。
問計
此時的慈禧太後，正在反複思考李鴻章所上的《籌議海防折》，無法顧及左宗棠。
李鴻章是大學士、直隸總督、北洋通商大臣，涉及海防，朝廷自然對南、北二洋的態度格外重視，李鴻章也自然最有發言權。
李鴻章此次上《籌議海防折》竟達一萬餘字，可見是經過深思熟慮的。李鴻章在折子中一共向朝廷提了六點建議：
一、門戶洞開，江海已成我與各國公共之地，必須加強海防；二、向西歐強國購買鐵甲戰船成立大清自己的艦隊；三、把用於西征的款項移給買船加強海防上；四、新疆不複，於肢體之元氣無傷，海疆不防，則腹心大患愈棘。腹心大患主要針對的是日本；五、抓重點建設。就眼下國家的財力，既要加強東南萬裏之海防，又要收複新疆，恐怕做不到；六、暫時放棄塞防，重點加強海防。
李鴻章上折不久，兩江總督、南洋通商大臣李宗義，也就加強東南海防一事拜上一折，所論與李鴻章基本相同。隨後，福建船政大臣沈葆楨、署福建巡撫丁日昌、福建浙總督李鶴年、署河道總督喬鬆年以及江蘇巡撫吳元炳等人，也紛紛上折，主張專注東南海防及目前急務。日本突然侵略台灣一事，給東南沿海督撫的印象太深刻了。
針對專注海防之論，慈禧太後會同恭親王與一班在京的大學士、軍機大臣，反複議論了兩個月有餘，終覺專注海防，就此放棄新疆，似有欠妥之處。
慈禧太後為穩妥起見，令軍機處給各省督撫遍發詢旨，同時亦將李鴻章等人的折子悉數抄閱，讓大家共同討論，“妥籌密奏”。
詢旨遞進蘭州，左宗棠把李鴻章、李宗義等人的奏折全部閱看一遍，很快便形成自己的觀點。他讚成李鴻章提出的加強東南海防之議，但對移塞防之餉作海防之餉一說，卻持有不同的看法。
他把劉錦棠傳至蘭州，並會同一班幕僚，決定好好籌議此事。兩宮太後的懿旨卻在這時快速遞進來：年僅十九歲的同治皇帝駕崩了！
左宗棠一麵布置靈堂，一麵傳命全城文武官員成服到總督衙門拜祭，又劄飭各州縣衙門，國喪期間嚴禁飲酒作樂等事，以維國體。
國喪期間，地方公事雖照辦不誤，但一些督撫上奏的折子，凡與國喪無關的，自然就要拖後了，這也是成例。
很快又有懿旨下來，宣布新皇帝登基，仍由兩宮太後垂簾聽政，國號為光緒，定明年為光緒元年。
這新皇帝年僅四歲，也不是同治帝的兒子，是鹹豐帝之弟醇親王奕譞的兒子，因同治帝無後，由慈禧太後做主，將其過繼給鹹豐帝為子，繼入大統。