英國設在喀什噶爾偽王城的公使館，得知阿古柏自殺後，當天就拔旗閉館，全員逃跑。
阿古柏自殺的消息一經庫爾勒傳出，阿古柏集團各股殘餘匪徒即刻分崩離析，開始各尋生存之路；其子伯克?胡裏表麵雖鎮定自若，內心已是恐慌至極。大局漸定，南疆收複在望。
獎賞聖諭分別遞進肅州及新疆各軍營。
諭曰：“左宗棠自督師以來，屢克名城，調度有方，實堪嘉尚。劉錦棠出奇決勝，允協機宜，加恩賞戴雙眼花翎。”
聖旨隨後又對提督譚上連、餘虎恩等出力員弁上百人給予嘉獎。左宗棠接旨的當天特意給劉錦棠寫了封祝賀信，祝賀朝廷對他的破格天恩。
劉錦棠僅僅被賞戴了雙眼花翎，這有什麼可祝賀的呢？晚清時期的花翎雖不值錢，但雙眼花翎可不是什麼人都可以賞戴的。對外官而言，你首先必須是立有大功的總督、將軍、巡撫、都統。四種職位以下的所有領兵大員，立功以後，隻賞戴單眼花翎。對宗室而言，隻有貝子、貝勒、郡王、親王可以賞戴雙眼花翎。曾國藩、曾國荃兄弟收複金陵以後被賞戴了雙眼花翎，因為曾國藩是兩江總督，曾國荃則是浙江巡撫。左宗棠收複嘉應，殲滅太平天國汪海洋部，也被賞戴了雙眼花翎，因為左宗棠是福建浙總督。金順被賞戴雙眼花翎，首先他是將軍，加之是滿族，含有豐犒舊族之意。而劉錦棠既非總督，又不是將軍、巡撫、都統，僅僅是三品的京卿，卻也被賞戴了雙眼花翎，不僅近世無有，大清立國兩百餘年，也就他一個。
七月中旬，劉錦棠指揮各路人馬由托克遜鼓行西進，追殲阿古柏殘匪，十日後，到達開都河。
狠毒的阿古柏殘部，為阻止官軍西進，竟喪心病狂地命令匪兵炸開都河堤壩，以達到水淹官軍的目的。
劉錦棠傳命各營涉水而過，很快進入喀喇沙爾，旋命一營兵勇快速修複開都河堤壩。收複喀喇沙爾的當日，劉錦棠隻留少許員弁處理善後，親統大軍直取庫爾勒。攻克庫爾勒後，劉錦棠正要乘勝前進，不期官軍糧車卻被伯克?胡裏所劫。各軍頓時陷入困頓之中。
劉錦棠一麵穩定軍心，一麵聯絡當地百姓為官軍籌思辦法。百姓感其誠，遂帶領官軍尋找阿古柏守軍的地窯藏糧，一日竟得數萬斤，危機頓消。
九月十二日，劉錦棠統軍收複庫車；十五日收複拜城；十八日收複阿克蘇；二十日收複烏什。七日之內，連克四城，這是劉錦棠在新疆創造的第三個奇跡，劉錦棠本人從此後也被當地百姓讚譽為“飛將軍”。
伯克?胡裏率殘部狼狽奔逃，幾無喘息之機。
左宗棠在《窮追回夷連複阿克蘇、烏什兩城請獎恤出力陣亡各員弁》折中這樣寫道：“此次官軍浩蕩西征，一月馳驅三千餘裏，收複喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什四城，南疆八城已複其半。”又說：“前矛既銳，後勁仍遒，戎機順迅，古近罕比。東四城既克，和闐、葉爾羌、英吉沙爾、喀什噶爾西四城分攻合剿，自有餘力。”
奏折拜發之後，未及聖旨下達，劉錦棠已於同年十一月十三日，率兩路大軍抵達阿古柏偽汗國的王城——喀什噶爾城下。
伯克?胡裏等匪部，見官軍從天而降，不敢與之交鋒，竟慌忙率殘部從後城門逃遁，旋進入俄國境內。越四日，劉錦棠率軍抵達葉爾羌。守敵聞官軍將至，竟然棄城先逃。
劉錦棠留羅長祐領一營人馬安撫當地百姓，料理善後，自己則率軍徑奔英吉沙爾。英吉沙爾守敵見官軍突至，慌忙在城頭豎起白旗請降。
劉錦棠將英吉沙爾降眾料理完畢，沒有繼續進軍，而是統率本部人馬返回喀什噶爾休整，蓋因時令已到漫天飛雪的最惡劣季節，大軍不宜長途奮進。
聖旨正在這時遞進肅州，旨曰：“左宗棠奏官軍追剿逆回，連複阿克蘇、烏什兩城一折。官軍進規新疆南路，自克複喀喇沙爾、庫車各城後，經甘肅西寧道劉錦棠督率所部，疾馳西進，自九月十五至二十等日將安集延各股跟蹤追剿，迭獲勝仗，殺賊以數千之計，連複阿克蘇、烏什兩城，就撫各回不計其數，師行迅利，大振軍威，仍命左宗棠飭劉錦棠穩慎進取，將伯克?胡裏等逆擒獲，速蕆大功。此次官軍整旅西征，於冰霜凜冽、彌望戈壁之中，一月馳驟三千餘裏，收複喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什四城，南疆已複其半，諸將士踴躍用命，自應量予恩施。劉錦棠著開缺以三品京堂候補，提督譚拔萃，著交部照一等軍功例從優議敘……”
這道聖旨意味著，新疆即將全境收複。