左宗棠上折提出：“礦務須由官辦，但官辦不若包商開辦，故須官辦開其先，商辦承其後。”
左宗棠決定利用自己的有生之年，盡可能多地為國家辦幾件事。
同年八月十七日，大清國駐俄國頭等公使、伊犁談判全權代表崇厚，在俄國與俄外務部大臣吉爾斯，就索還伊犁一事，簽訂了條約。因簽署地在俄國的裏瓦幾亞，又稱《裏瓦幾亞條約》。該條約共十八條，另有《璦琿專條》、《兵費及恤款專條》以及《陸路通商章程》十七條。該條約主要內容為：一、中國僅收回伊犁城，但俄國割去伊犁西麵霍爾果斯河以西、伊犁南麵特克斯河流域和塔爾巴哈台地區齋桑湖以東的土地；二、俄國可在蒙古及新疆全境免稅進行貿易；三、中國向俄國賠償兵費五百萬盧布（折合白銀二百八十萬兩）。另外還有擴大通商路線，開放鬆花江，在嘉峪關、烏魯木齊、哈密等處增設領事等條款。
當崇厚與吉爾斯簽訂的這個條約通過聖旨的形式發到肅州後，左宗棠未及讀完，已是氣得須發怒張，渾身亂抖，口裏大罵道：“崇厚誤國！崇厚誤國！我要上折，崇厚簽的這個條約，是賣國條約！是坑害國家的條約！朝廷不能允準！若批準這個條約，伊犁九城將不複存在，國家受害大矣。”
左宗棠說到做到，很快拜發《複陳交收伊犁事宜折》，堅稱：“諭旨允行，則實受其害，應設法挽回，以維全局。”
左宗棠已打定主意，如果朝廷當真批準這個條約，他就回京當麵向慈禧太後陳述自己的不同意見，用武力收複伊犁。
左宗棠之後，又有兩江總督沈葆楨等一些督撫上的奏折，認為：“俄人要挾太甚，應將崇厚所議作罷。”
但大學士直隸總督李鴻章等少數人卻認為：“先允後翻，其曲在我。”同意允準崇厚所簽之約。李鴻章最擔心的是“釁由此開”。
在接旨的當天，李鴻章曾對盛宣懷說過這樣一句話：“簽約又毀約，各國均無成案。如果俄國聯絡西洋各國發難於我，我大清如何招架得了啊！”
李鴻章的折子遞進京師，馬上便招來一片罵聲。
一時間，大清國上空，奏折、條陳往來飛舞，公說公理，婆說婆理，各不相讓，吵得幾近天翻地覆。
不久，左宗棠又接一旨：“通政使司由劉錦棠補授。”
同年十一月初五，左宗棠收到聖旨。因為崇厚即將回國複命，朝廷命左宗棠對南北二疆預先做出布置。聖旨雖未具體說明是否批準崇厚所簽之約，但左宗棠憑感覺意識到，自己的折子起了作用。
左宗棠所料不錯，他的折子的確起了決定性作用。因為就在聖旨發出的同時，總理衙門秉承慈禧太後的懿旨，照會俄國駐華公使館，以崇厚與吉爾斯所簽之約“未經請旨”、“多有違訓越權之處”、“事多窒礙難行”為由，宣布該條約為無效條約，不予批準。
很快，大清國朝廷又公告中外，宣稱：“將崇厚革職，定斬監候。已將其押回京師，俟秋後問斬。另詔授駐英、法兩國公使曾紀澤為出使俄國欽差大臣，重與俄國就交收伊犁一事談判訂約。”
朝廷很快又給左宗棠下旨，怕改約不成，由此大開釁端，命左宗棠對武力收複伊犁做出具體軍事部署，同時任命劉錦棠幫辦新疆軍務。聖旨又命左宗棠轉飭關外劉錦棠、金順二軍，密切關注駐伊犁俄軍動靜，以防不測。
此時已是光緒六年（公元1880年）的四月中旬，左宗棠已經六十八歲。接到聖旨的時候，左宗棠已在肅州病倒多日。此次病倒，除舊病複發外，又添了咯血一症，他現在每日都在靠人參支撐著精神。他已將自己的壽材做好，而且已經漆過了三遍。鑒於長子孝威的前車之鑒，他盡管幾次發病，但在給兒子及張氏的信中，卻不敢說一詞。他怕兒子們得知他病重的消息後，一起跑來看視他。孝威因為來蘭州一趟而過早夭逝，成了他終身的憾事。他已經失去了一個兒子，不能再讓其他兒子重蹈覆轍了。他盡管每晚都能夢見自己的兒子，可他不敢過深思念他們。老友已大半作古，也該輪到他了。但因伊犁的事一直不見結果，他就此死去，卻又委實放心不下。他已抱定一個信念，就算硬撐，他也要撐到伊犁從俄國人的手裏要回來的那一天。