中山艦事件發生後，周恩來立即帶了四名衛士去造幣廠見蔣介石，路上巡邏的士兵見是周主任，都沒有阻攔他。到了造幣廠門口，隻見門口排列著許多士兵，個個端著刺刀，如臨大敵。以往周恩來去見蔣根本不需要通報，今天卻不同了。他剛走到門口，一個軍官走過來，“啪”地敬了個禮說：“校長有令，任何人不得擅入。請周主任稍候，我進去通報一聲。”
周恩來在門口等了好一會，不見那個軍官出來。再看看那些士兵，個個臉色鐵青。周恩來一陣心寒，一種不祥的預感掠過心頭。但被捕的那些共產黨員的安危扯著他的心，即使是赴湯蹈火，他也得闖闖這閻羅殿。
正在周恩來等得不耐煩的當口，那個軍官出來了，把手一攤說：“周主任，請！”周恩來隨即帶了四名衛士跟著軍官走進去。剛走幾步，忽然嘩啦一聲，一下子擁出十幾個全副武裝的士兵，把槍口對準周恩來和衛士，大聲喝道：“不許動！”隨即繳去了衛士的槍。周恩來怒斥他們：“我以東征軍政治部主任的名義命令你們，快把槍還給我的衛士。”那個帶他們進來的軍官陪著笑說：“周主任不要誤會，這也是校長的意思。”周恩來正要發脾氣，蔣介石的警衛連長金佛莊從裏院走出來說：“周主任，請你不要生氣，這是不得已的事。校長正在辦公室等你呢，請走吧。”周恩來知道士兵們是奉令辦事，和他們再講也沒有用，見了蔣介石再說，便急步向蔣介石的辦公室走去。
蔣介石正在屋裏等他。一看他進來，連忙招呼：“周主任，請坐。”又吩咐衛士泡茶。周恩來搖搖手說：“不要泡了。請問蔣校長，你為什麼要逮捕李之龍和共產黨員？”蔣介石把手往下按按說：“周主任，不要這麼大火氣嘛，你聽我解釋。”蔣介石故作親熱地朝前湊湊說：“今天的事和共產黨沒有一點關係，這都是娘希匹汪精衛搞的名堂。我先把李之龍他們集中起來，是為了避免他們上汪精衛的當，這也是為貴黨好啊！你今天來了，也別出去了，就在我這裏住上一天，看汪精衛還能造你的什麼謠。”周恩來抗議說：“你是要軟禁我？”蔣介石“這個”“這個”地哼了幾句說：“不要說那麼嚴重嘛。棉湖一戰，你幫了我，我是信得過你的。現在外麵亂得很，我有責任保護你。”說完叫來衛士，吩咐說：“你們送周主任休息。要好生伺候，不許怠慢。”
就這樣，周恩來被送到造幣廠的一個豪華客房軟禁起來。直到晚上，蔣介石才跑過來看他。一進屋就說：“周主任，好了，事情搞清楚了。貴黨總書記陳獨秀給我發來電報，說這件事完全是一場誤會，國共兩黨還要精誠合作。”周恩來說：“什麼誤會？這完全是你借右派來打擊共產黨。我對此表示抗議。”蔣介石說：“不要這樣嘛，這是誤會，咱們一起吃飯去吧。”周恩來問他：“你既然連連說是誤會，那些關在造幣廠的共產黨員什麼時候放？”蔣介石說：“就放，就放。不過事情既然到了這個地步，我希望共產黨員從第一軍和黃埔軍校退出去，以免再發生誤會。”周恩來反駁說：“黃埔軍校和第一軍都是國共合作的武裝。你要共產黨員退出去，是不是要和共產黨分裂？”蔣介石一聽慌了，忙解釋說：“不要誤會，不要誤會。我是非常尊重貴黨的。我不止一次在軍校講演說過，誰反對共產黨那就是反對我，是反對革命。我怎麼會和貴黨分裂呢？我隻是擔心若這樣下去，軍心不穩，指揮不統一。你還記得吧，第二次東征途中，胡宗南和陳賡為了一點小事吵起來，結果兩黨軍人在餐廳裏用餐具打鬥。這樣下去怎麼得了？”周恩來說：“我沒有忘記，第二次東征途中，當改編的第三師兵敗如山倒的時候，是陳賡把你從陣地上背下來，救了你的命。你現在屁股剛坐穩，就把第一軍的共產黨員抓起來，你對得起誰？”蔣介石聽了，似有所動，“這個”“這個”地支唔了幾句，下令把關在造幣廠的共產黨放了，把繳的槍還給周恩來的衛士。
周恩來見援救共產黨員的目的已經達到，就告辭走了。蔣介石望著他氣昂昂的身影，感慨地想到：英才啊，英才！為什麼傑出的人才都跑到共產黨裏去了呢。過了一個多月，他在國民黨二屆二中全會上提出整理黨務案，要求共產黨員不要跨黨，但可以退出共產黨，保留國民黨黨籍。他本想通過這個辦法把周恩來、蔣先雲、陳賡、聶榮臻這些黃埔軍中的共產黨員都拉到國民黨內來，今後好為他所用。他估計許多共產黨員會這麼做的，俗話說識時務者為俊傑嘛，現在誰不想抱住蔣校長這棵大樹好乘涼。沒有想到，此案一出，黃埔軍中的四百多名共產黨員“嘩啦”一下子都退出了國民黨，連他最信任的黃埔高材生蔣先雲也不要國民黨的黨籍了。這使他感到非常失望，也叫他可怕。他恨恨地對黃埔軍校教育長張治中說：“都退出了好嘛，娘希匹，他們總會有後悔的一天。”
整理黨務案後，周恩來再不能擔任第一軍的黨代表了，專門主持中共兩廣區委軍委的工作。這時，兩廣已經統一，國民革命軍即將開始北伐。獨立團團長葉挺忙著出征前的準備工作，他的團將擔任北伐軍的先遣工作。收拾停當後，他正準備和家人聚聚，因為後天部隊就要開拔了。正在這時，門外閃進一個人影。葉挺驚喜地迎上去說：“周主任，我還沒有去看你呢，你倒先來了，請坐。”周恩來搖搖手說：“不要忙活了，我想和你們團的黨員幹部見見麵，你看方便嗎？”葉挺連連答應：“方便，方便。我們本來就受兩廣區委的領導嘛！”說著命令副官把連以上的共產黨員找來。人員到齊後，周恩來站起來說：“同誌們，你們心裏明白，我們這個團是唯一由共產黨領導的武裝。革命沒有革命軍隊不行，以後我們還要建立更多的由黨直接領導的隊伍。我希望你們奮勇作戰，打出威風來。”大家聽到這裏都鼓起掌來。女傭端上酒來，每人拿了一杯。周恩來舉杯祝酒：“祝你們克複武漢，飲馬長江，幹！”說完一飲而盡。軍官們也都一口喝下了這杯送行酒，相繼離去。周恩來又和葉挺談了一會兒。忽然兩廣區委的女同誌陳鐵軍跑來，氣喘籲籲地說：“你快回去吧，鄧大姐肚子疼得要命。”周恩來一驚，忙與葉挺告別，趕回家去，把鄧穎超送到醫院。醫生仔細地作了檢查後，告訴他們說：“太太沒有什麼病，吃幾片藥就好了。太太腹中的胎兒是橫位，恐怕將來難產，這倒要非常注意。”周恩來點點頭，扶著鄧穎超回了家。
鬥轉星移，眼看著到了1926年底。北伐軍自7月中旬在廣州誓師北伐後，一路勢如破竹。葉挺獨立團更是能征善攻。汀泗橋、賀勝橋一戰，葉挺團如鋒利的尖刀，率先突破軍閥吳佩孚的陣地，為殲滅吳軍主力立下了首功，接著又率先登上武昌城頭，克複武漢。這期間他接到了周恩來的信，按信中的批示，擴編了獨立團，把兩廣區委派來的許多共產黨員安插到獨立團裏去。周恩來得到這些消息後非常高興，他以葉挺獨立團為基礎建立共產黨領導的紅色軍隊的計劃正在實現。但是一想到上海陳獨秀、彭述之、張國燾等中央領導成員的妥協退讓，又感到一種沮喪。正在這時，陳獨秀來信要周恩來去中央擔任組織委員和軍事委員。這是中央的命令，他不得不執行，可是鄧穎超怎麼辦？她正懷著孕，將來還可能難產。鄧穎超看出了他的不安情緒，寬慰他說：“你放心地走吧，這裏還有媽呢，還有鐵軍他們。”周恩來到此，也沒有好的辦法，隻好安排了一下家事，便登上了去上海的輪船。這一走就是三個月，音訊全無。直到1927年3月下旬，上海發生了第三次工人武裝起義占領了上海，鄧穎超才知道周恩來去上海是為了組織這次起義。起義成功了，鄧穎超感到很高興。可是接著她又從報紙上看到蔣介石調二十六軍進駐上海的消息，不禁為周恩來的安全擔心起來了。北伐以來，蔣介石收買流氓，在九江、安慶搗毀左派領導的黨部和總工會，打死打傷共產黨員多名。攻下南昌後，又擅自把北伐軍總司令部遷到南昌，與武漢的國民政府對抗。現在他又把上海的革命軍隊調開，專門把由軍閥部隊收編的二十六軍調駐上海，肯定沒安好心。