孔子晚年能順利歸魯，得益於他的弟子。
魯哀公七年，吳與魯在於鄫會盟，魯國被迫進獻厚禮，吳國還要求魯國的執政大臣季康子去朝見，幸虧子貢從中交涉，才免受屈辱。第二年，吳國攻打魯國，又是以有苦為首的七百勇士誓死抵抗，才打退吳兵。魯哀公十一年，冉求率領“季氏之甲”擊退齊軍，立了戰功，深得季康子賞識。冉求極力向季康子推薦孔子。季康子便派人帶了重禮迎孔子回國。
孔子回魯以後，魯哀公和季康子以“國老”之禮相待，並向他請教治國之道。但季康子的施政方法卻與孔子的政治思想完全相悖。季康子對魯國盜賊眾多表示擔憂，向孔子求教如何治“盜”，孔子卻說：“如果你自己沒有貪欲，那麼即使給予獎賞也不會去偷盜。”這實際是諷刺季康子的窮奢極欲。
魯哀公十四年，齊國發生了一件大事，國相田常殺死了齊國君王簡公。以下犯上，以臣弑君，這是孔子最不能容忍的大逆不道。所以他拜見了魯哀公，請求出兵伐齊。但魯哀公卻說：“齊強魯弱，怎麼能去討伐呢？”讓他去找執政的季康子商量。
季氏由於在內政外交上均與孔子政見不和，又經常受到孔子的批評和諷刺，當然不會理睬孔子。
孔子由於一再在政治上遭受冷遇，在晚年便把全部精力用在文化教育事業上，努力搜集和整理古代文獻，作為教授弟子的課本。
孔子時期，周室衰微，禮樂敗壞，《詩》、《書》等典籍殘缺不全。孔子追溯夏、商、周三代的禮儀製度，重新編成《書傳》，上起唐堯、虞舜之時，下至秦穆公時期，按曆史時序排列史事。考察了夏、殷以來禮製增減的情況後，孔子說：“從此之後，即使過了百代，禮製的增減情況都可以把握，不外乎是文彩和質樸的交替。周朝借鑒夏、殷兩朝的禮製而確定自己的禮儀製度，真是豐富多彩啊。我遵從周朝的禮製。”《書傳》、《禮記》都是孔子編訂的。
古代留下來的《詩》有上千篇，孔子刪去重複的部分，選取可以用於禮儀教化的篇章，共三百零五篇，所以《詩經》又稱“《詩》三百”。孔子將這些詩全部配樂，禮樂製度從此才得以稱述，使得王道完備，六藝齊全。在編著《詩》時，孔子闡發了他的文學觀念：《詩》三百，一言以蔽之，曰：“思無邪。”這既符合統治階級的正統思想，又規定了中國整個封建社會的文學創作方向，另外，他還提出“興、觀、群、怨”的詩學理論，闡釋文學的社會功能，對後世具有很大的啟發作用。
孔子晚年喜好《易》經，反複研讀，以至於“韋編三絕”，就是把串竹簡的皮繩都磨斷了三次。作為《易》的組成部分的“十翼”，即解釋經文的傳文，有人說是孔子所作，有人說是後人假托孔子之名作的，但都與孔子有關。
《春秋》本是魯國的編年史，孔子對其進行加工訂正。據說在寫作《春秋》時，孔子該寫就寫，該刪就刪，連子夏等人都不能插嘴。孔子說：“後世人知道我孔丘是因為《春秋》，而怪罪我孔丘也是因為《春秋》。”
可以說，在先秦時代所有的學派和學者當中，孔子在保存、整理古代文獻方麵，作出的貢獻最大。他對保存中華民族的古代文化遺產，具有不朽的功績。這些文獻，如《詩》、《書》、《禮》、《樂》，後來都被孔子作為教學內容傳授給弟子。然而厄運並沒有放過他。孔子六十九歲那年，他的獨生子孔鯉死了，老年喪子，乃是一大哀事。第二年，孔子最喜愛的弟子顏淵也死了，孔子悲痛不已。再下一年，在衛國當官的子路在宮廷鬥爭中被株連，慘死於衛國政變。
《四書》書影
杏壇
位於孔廟大成門與大成殿之間甬道正中，原為孔子舊宅教授堂遺址，宋時將此堂舊址“除地為壇，環植以杏，名曰杏壇”。整個建築玲瓏典雅，為孔子從事教育活動的重要標誌。
《五經》書影
《大易粹言》十二卷
獨子和兩個心愛的弟子相繼死去，使孔子在感情上遭到重大打擊，他在子路遇害的次年，就在悲痛的境遇中病倒了，從此一病不起。
一天，他強撐著，拄著拐杖到戶外散心，子貢來看望他。孔子深情地說：“賜，你怎麼來得這麼晚啊？”接著又歎息著唱道：“泰山就要崩塌了！梁柱就要折斷了！哲人就要凋謝了！”一邊唱一邊潸然淚下。接著，他又對子貢說：“天下失去常道已經很久了，沒有人能遵循我的主張。夏人死後棺木停放在東麵的台階，周人死後棺木停放在西麵的台階，殷人死後棺木停放在廳堂的兩柱之間。昨天傍晚，我夢見自己坐在兩柱之間受人祭奠，我本來就是殷人啊。”七天後，孔子與世長辭。
孔子享年七十三歲，於公元前479年去世。
孔子逝世後，魯哀公致以表示哀悼的誄詞，然而這些身後榮辱對孔子又有何意義？