胡漢民的用意是不使權力集中在國民政府主席或行政院長手裏，而要使主席與各院長權力相平等。但強調國民黨中央具有至高無上的權力，利用國民黨中央執監委員會限製軍人專政，當然也包括蔣介石在內。由於胡漢民在國民黨內處於重要地位，他會成為中央執委會的常委之一。這樣他就可以使用手中的職務和一部分行政權力，發展自己的勢力。
其他派係認為，胡的主張對他們利多弊少。雖然取消政治分會對實力派不利，但胡的主張分散了蔣介石的權力，他們也分到一份利益，可以防止被蔣介石獨吞，因此願意接受胡的方案。
蔣介石認為胡的方案不僅不能限製他，反而會掩護他的獨裁。因為所謂黨權，實際是軍權支配一切。隻要不動他的軍權，不愁大權獨攬。至於五院製的政府組織法，在他看來隻不過是種形式，手握軍權，這些政府機關不難對付。同時，蔣介石還想利用這次組織政府的機會，實現他的“削藩策”，對各實力派的首領加官進爵，調到中央供職，然後進行編遣裁兵。所以蔣介石積極準備在“雙十節”國慶前，公布任職名單，借節日歡慶勝利之氣氛，“杯酒釋軍權”。這樣，國民黨各派係抱著對五院製各取所需的態度達成妥協。
１０月３日，國民黨中央執行委員會常務會議通過了《訓政綱領》和《中華民國國民政府組織法》。又在１０月８日選出南京政府委員名單，即：蔣介石、胡漢民、蔡元培、戴季陶、王寵惠、馮玉祥、孫科、陳果夫、何應欽、李宗仁、李濟深、楊樹莊、閻錫山、林森、張繼、張學良等十七人。
各院、部的組成名單：國民政府主席蔣介石；副院長馮玉祥；立法院長胡漢民，副院長林森；司法院長王寵惠，副院長張繼；考試院長戴季陶，副院長孫科；監察院長蔡元培，副院長陳果夫。
行政院的各部部長名單：內務部長閻錫山，外交部長王正廷，軍政部長馮玉祥，財政部長宋子文，交通部長王伯群，鐵道部長孫科，工商部長孔祥熙，農礦部長易培基，教育部長蔣夢麟，衛生部長薛篤弼。又任命李濟深為參謀部參謀總長，何應欽任訓練總監察部總監，李宗仁為軍事參議院院長。10月10日晨8時，蔣介石帶領五院長在南京中央黨部宣誓就職。同時敦促各任職人員立即到南京供職。
蔣介石就職國民政府主席的當天，美、英政府帶頭發來賀電。日本政府毫無表示。一些國家和駐華公使也發來賀電“支持中國新體製的起步”。
蔣介石看到隻有馮玉祥一個人來開編遣會議，於是叫國民黨中央宣傳部頒發《整理軍事宣傳標語要點》，大力宣傳整理軍事的重要意義和必要性，是實行訓政的先決條件，從事建設的前提，是“綏靖地方，革除人民痛苦”的保證，是“預備外交的後盾”等等。總之，把整理軍事說成是解決國民黨一切矛盾的唯一方法，呼籲各軍事首領“在編遣會議上團結起來”，並要求全國都支持召開編遣會議。
蔣介石的宣傳起到了作用。各地報刊發表了許多文章、評論，支持整理軍事。一些富商大賈，從有利於他們的生財之道出發，以申訴廣大民眾受兵之苦為名，要求統一整編軍隊，打破軍事割據。各實力派的首領頂不住上下的壓力，隻好都跑到南京去開編遣軍隊的會議。
蔣介石取消政治分會的企圖未能實現，“削藩”的計謀受挫之後，又施“調虎離山”之計，力促馮玉祥、閻錫山、李宗仁等到南京供職，使他們脫離所轄地區和所部軍隊，進而奪掉他們的軍權。為此，他首先在馮玉祥身上下功夫，讓馮充當一隻帶頭羊，於是他以盟弟的身份，投馮之所好，進行說服。
蔣介石深知馮玉祥強烈要求廢除不平等條約，便對馮說：“北伐完成，是辛亥革命後的第一次真正統一。為了一新國際耳目，隻有各集團軍總司令齊集首都，共同建一個新的中國，那時列強不能不承認，這才有力量廢除不平等條約。”
蔣介石知道馮玉祥樂於接受恭維，接著又說：“這樣的新中國由我們手裏建成，在曆史上是多麼光榮的事件！可是隻有大哥您才有這種高瞻遠矚，旁的人見不及此。所以希望大哥首創入京供職，把軍、政等權統一於中央。以後中央的事務，我當一切聽大哥的。隻有大哥先到了南京，接受了中央的職務，閻、李他們便不敢不來，大一統的新中國等於是大哥造成的！”
蔣介石更知道馮玉祥軍餉欠缺，又把話題轉向部隊待遇上來：“曆年來第二集團軍太苦了，那是因為還未統一，財政沒有辦法，以後部隊都是國家的，大哥隻要到了中央，絕對辦到一律平等待遇，第一集團軍吃什麼，第二集團軍也吃什麼！”
蔣介石真的給馮部補助了一些軍餉。
馮玉樣被蔣介石的甜言蜜語和軍餉補助打動了，他一麵規勸部下不要隻重視地盤，一麵接受了行政院副院長和軍政部長職務，並到南京供職。此時，馮玉祥既和蔣介石有矛盾，防範蔣介石消滅異己，又幻想能夠和蔣合作共事，保持和鞏固自己的地位及軍事實力，這是他接受蔣介石引誘的思想基礎。
蔣介石的目的達到了，第一、二集團軍平等待遇的許諾也就不算數了，但他有托辭：
“國家雖然統一了，財政的統一和收入的增加，還要經過一個相當的時期。大哥的軍隊訓練有素，紀律是好的，多年不發餉也不兵變；我的部隊複雜，不發餉就會發生事故。因而還要委屈第二集團軍一個時期。”
馮玉祥聽了這些不是理由的理由，自然不太高興，但又感到似乎也有一定道理，不一定是蔣有意說了不算，自己是軍政部長，能夠了解軍需的實際情況，根據情況的變化可以隨時調整軍餉等。然而，事態的發展使他發現自己上了當，原來他這個軍政部長是塊空招牌，軍政部所屬的軍需署署長是蔣的親信，竟然拒絕他調閱賬目，隨時調整軍餉的打算根本無法實現。
蔣馮之間的矛盾與裂痕，到了編遣會議召開之時，便更加尖銳和明朗了。