蔣介石原計劃１９２９年１月１日召開國民黨第三次代表大會。可是，剛剛成立的“空前統一與團結”的國民政府，就顯出了很不團結、不統一。編遣會議不但未達預期效果，反而激化了各派係間的矛盾。桂係已經在暗中進行武力倒蔣行動。蔣介石在這種情況下，要通過召開全國代表大會的形式，達到獨攬黨權的目的，不但困難重重，也將促使矛盾更進一步激化。
這時的國民黨已呈現出四分五裂的狀態。以汪精衛、陳公博為首領的“改組派”，其基本隊伍是大革命時期一部分國民黨左派，及其他出身於中小資產階級的知識分子。它的全稱是“中國國民黨改組同誌會”，是反蔣派中人數最多、成份複雜、但影響也是最大的一個派別。他們擁護汪精衛為領袖，鼓吹再次改組國民黨。在連年不斷的混戰和國民黨內部幾次大規模的反蔣風潮中，都沒有離開改組派的魔影。以孫科為靠山，以鍾天心、湛小岑等為發起人，由中產階級知識分子出身的國民黨員組成的“再造派”，認為國民黨已經處在危機之中，必須“再造一番”。他們反對改組派，擁護胡漢民為國民黨領袖。此外，國民黨內的老右派集團——西山派，也一直在進行活動。以上這些派別的共同特點是：擁護蔣介石的“清黨”反共，反對蔣介石的獨裁。說穿了就是要爭得國民黨的領導席位。還有一些小組織，也在與蔣介石作爭權的鬥爭。
蔣介石欲獨攬政權、軍權，必須獨攬黨權。因為國民黨“統一”全國之後，即為訓政時期開始，《訓政大綱》規定：在訓政時期，“由中國國民黨全國代表大會代表國民大會，領導國民行使政權”。國民黨中央執行委員會政治會議，“指導監督國民政府重大國務之施行”，修改及解釋國民政府組織法。這就是“以黨治國”，也就是黨權是至高無上的權力。召開第三次全國代表大會，是蔣介石奪取黨權的關鍵步驟，欲獨攬黨權，必須由蔣介石一手包辦國民黨三大。但國民黨派係林立，使他不能為所欲為。因而蔣介石又使出渾身解數，開始掃除障礙。
國民黨內追隨蔣介石的基本隊伍，是國民黨右派。蔣介石的親信，是出自同鄉、同事、同族、同學、同門這五種人之中。蔣介石利用師生關係建立自己的黃埔軍人嫡係，以控製軍隊；利用同鄉、同門的關係，建立以陳果夫、陳立夫為首領的ＣＣ係，以控製黨權。在籌備召開三大的過程中，蔣介石依靠、指揮他這支基本隊伍，開始了一係列掃除、打擊反對派的活動。
蔣介石對爭奪黨權是很有經驗的。1926年5月他製造《整理黨務案》，打擊共產黨，借機竊取了一部分黨權。1927年4月他提出“清黨”，屠殺共產黨人並從他控製的地區把共產黨員全部驅逐出國民黨。這次他故伎重演，又提出《整理各地黨務案》，以達到奪取國民黨全部黨權的目的。不過他這次打擊的對象不是共產黨，而是國民黨內的反對派。
蔣介石與陳果夫掌握國民黨中央的組織部，在整理各地黨部時，派去建立黨部的工作人員大多是ＣＣ係分子。在進行黨員重新登記時，凡不是擁蔣分子，便以“共產黨嫌疑”之名不給登記，凡願跟隨蔣介石，不問其是否有黨籍或被開除黨籍者，均授意他們到指定地點去登記。企圖用這種辦法，把國民黨變為清一色的擁蔣派。
為了操縱國民黨第三次代表大會，國民黨中央第一八七次常務會通過決議，出席三大的代表不用選舉辦法產生，而一律采取圈定與指派的方式。