蔣介石在編遣會議上目的沒有達到，與桂係的矛盾卻發展到一觸即發的地步。蔣當時最恨桂係，首先要對它開刀。
蔣桂之間的矛盾，最早公開於１９２７年寧漢合流，逼蔣下野。其實，自１９２６年，廣東國民政府北伐時，已埋下了不和的種子。
北伐期間，國民黨政府不願解決桂軍軍餉，令桂係將領紛紛不滿。但是，桂軍作戰很勇敢，１９２６年１１月，桂係第七軍從湖南、湖北轉戰江西、江蘇、浙江一帶，所向披靡。在戰爭中，桂係的軍隊實力不斷得到壯大，同時，桂軍的威信在增高，擴張的野心也在膨脹。
隨著勢力逐漸地強大，北伐中，任北伐副總參謀長的白崇禧對蔣介石一味壓製桂軍，偏袒第一軍十分不滿。因此，馬口之戰勝利後，他自作主張，把戰利品分給一軍、二軍、三軍、六軍，蔣介石很不高興。
不久，桂係成為國民黨政府中舉足輕重的一支軍事政治力量。軍事上，１９２７年初，北伐軍兵分三路東進，主要目標是安定江浙，占領上海。很快，上海由白崇禧率領的東路軍一部攻占，同時，李宗仁也率領左路軍進占合肥，形成了對南京的捍衛之勢。政治上，桂係變成了蔣介石“清黨”和發動“四?一二”反革命政變的直接參與者與實施者，他們的政治野心得到了刺激。
１９２７年４月以後，桂係暗中與武漢汪精衛密謀，聯合倒蔣。在８月１２日召開的中央執監委員會議上，對蔣介石辭職，白崇禧得意地說：“革命是大家的事，蔣走了很好，我們大家聯合起來，做革命工作，少了他，我們一樣可以做。”桂係“逼宮”成功，第一次顯示出了強大的實力，大有問鼎中原之意。
１９２７年９月１５日，南京國民黨政府成立第二屆特別委員會，桂係又是其中最重要的一支力量，並且掌握了軍權。不久，又出爾反爾，排擠汪精衛。為此，汪精衛在一次會議上公開責問李宗仁：“在九江時你是支持在南京召開四中全會的，現在蔡元培、李石曾、張靜江都拒絕到南京參加會議，為何突然出現這種局麵？”
李宗仁回答說：“大家都不讚同，我有什麼辦法！”
擠走汪精衛，接著，他利用馮玉祥的支持，１０月２０日，以南京國民政府軍事委員會的名義下令討伐唐生智。給唐定的罪名是：“乘大舉北伐之時勾結張作霖，陰謀破壞黨和政府統一，把持財政，剝削人民，擅增軍隊，竊據湘鄂皖省政府，在清黨後又用共產黨員。”
１１月１５日，討唐西征軍占領武漢，唐生智出逃，唐軍被桂係改編。李宗仁聯合程潛，占領湖北、湖南，打通了南京通往廣西的通道。汪精衛見自己被孤立，坐不到第一把交椅，便跑到廣州另立山頭。南京政府的中樞大權真正落到桂係手中了。
本來，桂係以為執掌大權可以為所欲為，發號施令，沒想到他們卻遇上令人頭疼的麻煩。蔣介石雖下野，但他的實力並沒有消亡，確是“虎死雄風在”。擁護他的浙江省、江蘇省和南京特別市的國民黨黨部聯名通電，否認特委會，指責李宗仁、汪精衛等人破壞黨的組織，違背二次決議精神。
抵製桂係勢力態度最強硬的是江浙財閥。
蔣介石在台上的時候，一方麵給這些財閥們以諸多實惠，使他們有暴利可圖；另一方麵蔣介石經常使用高壓政策，恐嚇、毒打、綁票等下流手段都用上，誰要是不認購國債，不捐獻軍費，誰就會家無寧日，別想經營。所以江、浙、上海的財閥都忍氣吞聲，老老實實地向政府捐資。
桂係掌握政權後，孫科政府既無與財閥們的利害關係，也缺少強硬手段。所以，蔣介石原來每月預算為２０００萬元，孫科隻能籌到８００萬元左右。不僅軍餉成問題，連政府公職人員的工資也難以按期發放。
軍隊、政府開始人心不穩了。孫科政府計劃向上海銀行界借１００萬大洋。但是，遭到上海交通銀行和中國銀行的拒絕，孫科既氣惱又尷尬。後來，白崇禧多次周旋，最後才借到６０萬元大洋。
１９２７年１１月１０日，正當桂係在積極擴大地盤的時候，蔣介石從日本回到上海，很快，汪、蔣又坐到一起，決定打破桂係勢力專權的局麵。