“承和之變”的過程是這樣的：據說七月十日，恒貞親王的親信春宮坊帶刀舍人伴健岑秘密走訪了阿保親王，請求共同奉東宮遠走東國，以應對即將到來的亂局。阿保親王乃是平城天皇之子，當年平城、嵯峨兩位天皇對立，平城天皇在藤原仲成和藥子的煽動下，也曾想前往東國號召兵馬，以擊敗反對勢力，阿保親王很可能也參與了謀劃。三十二年一晃眼就過去了，年已五旬的阿保親王早就沒了當年的雄心壯誌，於是把伴健岑的陰謀密奏給嵯峨上皇的皇後橘嘉智子，嘉智子皇後隨即通知仁明天皇和藤原良房。
七月十五日，嵯峨上皇駕崩，兩天後，伴健岑與東宮的另一名親信但馬權守（權為額外派員之意）橘逸勢同時因謀反罪而遭到近衛府的逮捕，經過審判後，分別被流放到隱岐和伊豆去了。親信被捕，主公不能說毫不知情，恒貞親王匆忙上書請罪，並請求辭去東宮。仁明天皇好言安撫，說你與此事無關啦，不必擔憂。
兩位上皇既然先後去世，仁明天皇感覺壓在肩膀上的大山已經傾垮了，他也一心想立自己的兒子為皇嗣，豈有愛於恒貞親王？隻是好不容易碰上或者說設計了這一謀逆案件，東宮辭位則案件必然終止，若不預先深入挖掘，豈不是很可惜嗎？
到了二十三日，仁明天皇和藤原良房的挖掘工作終於完成了，於是廢黜恒貞親王的東宮之位，同時將東宮妃的父親大納言藤原愛發、中納言藤原吉野、東宮大夫文室秋津等六十餘人全數貶職或流放。藤原愛發是良房的叔父，藤原吉野出自式家，他們都是恒貞親王派的實力人物，經過此次事件，全被良房一舉鏟除了。
其實關於伴健岑等人的密謀，除了大保親王的告密外，並沒有足夠確實的證據，退一步說，就算證據確鑿，那也未必真與恒貞親王有牽連，再退一步，就算這一切全都經過恒貞親王首肯，前往東國也似是避禍，而非謀反。但這一切都已經不重要了，重要的是藤原良房利用這個機會，順利地踢開重重絆腳石，把自己外甥道康親王扶進了東宮，更給自己鋪平了邁向權力中心的道路。當年八月，他因功晉升為正三位大納言，848年又升任右大臣。
嘉祥三年（850年）三月，仁明天皇去世，道康親王繼位，是為文德天皇，立惟仁親王為東宮。這位惟仁親王，其實體內有四分之三的藤原氏血統，他的母親明子就是藤原良房之女。與皇室的親上加親，使良房於857年被任命為從一位太政大臣，總攬朝綱。
外戚當政，在日本曆史上並不罕見，但最終把太政大臣之位從皇族手裏奪過來的，第一個是惠美押勝，第二個就是藤原良房。良房是第三個非皇族的太政大臣，前麵除了惠美押勝外，還有法王道鏡，不過那個兩人的權力並不穩固，最終不是被殺就是被流放，藤原良房想要將榮華富貴代代相傳下去，還有很長的路要走呢……
●應天門之變
文德天皇在位八年，猝然辭世，東宮也就是藤原良房的外孫惟仁親王繼位，是為清和天皇。這位清和天皇被立為東宮的時候才九個月大，登基時也年僅九歲，什麼都還不懂呢，朝政完全由外祖父良房說了算。
天皇雖然還小，藤原良房已經在為他物色妻妾了，人選當然都來自於藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宮中，然後，又瞄上了長兄藤原長良的女兒高子。不過這位高子據說已經有了情人，堅持不肯進宮。
高子的情人，乃是號稱當時第一風流美男子的在原業平。在原業平是平城天皇之孫，被賜“在原”氏而降為臣格，他擅長做詩，格調高雅，廣受平安京內貴族女性的仰慕。據說在原業平曾經帶著高子私奔，可是沒能跑了，最終還是被堵截了回來。高子隨即被送入宮中，在原業平則被遠遠地流放到東國去。然而這未必是個哀傷而動人的愛情故事，因為傳說在原業平一生中先後與三千三百三十三位女性締結情緣，徹頭徹尾是個花花公子。
拉回來再說清和天皇，他的年號是貞觀，和我國唐太宗的年號相同。貞觀八年（866年）閏三月十日夜間，太極殿前的應天門突然起火，連兩側的棲鳳樓和翔鸞樓也一並被火海吞沒。這或許隻是一場天火，並沒有人為因素存在，不過朝中各派卻藉著這個因頭開始互相攻訐，最終導致了一場大清洗。
當時朝中重臣除藤原良房外，還有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，還有世代豪門伴氏、紀氏（823年以後，大伴氏避大伴皇子之諱而改稱伴氏），以及從皇子降為臣格的源氏兄弟。首先，大納言伴善男告發縱火犯乃是左大臣源信和中納言源融，並且與藤原良相商議，調左中將藤原基經前往逮捕源信。
藤原基經本是藤原長良之子，過繼給藤原良房做養子，他當然要把此事向良房彙報，聽取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，請他先派幹員前往責問源信，源信當然矢口否認，於是這件事就此擱置下來。
然而事情並沒有就此結束，到了當年八月三日，備中權史生大宅鷹取突然向朝廷告發，說伴善男、伴中庸父子才是真正的縱火犯。朝中因此攻訐又起，人人自危，清和天皇就於十九日正式任命藤原良房為攝政，命其徹查此事。
藤原良房通過拷問伴善男的家臣生江恒山、伴清繩，而號稱掌握了確鑿的證據，開始藉此大肆排除異己。九月二十二日，判決大納言伴善男、右衛門佐伴中庸，以及伴善男的家臣紀豐城、伴清繩、伴秋實共五人為縱火主犯，應處斬刑，減罪一等，沒收財產後流放到邊遠地區，另有十名從犯也陸續被處以流放之刑。
經此事件，累世名門的大伴氏和紀氏都被徹底從朝廷中驅逐出去了，而藤原良相、源氏兄弟的勢力也受到了重大打擊，藤原良房、基經父子的權勢更為穩固。但更重要的是，前此攝政之位隻授與皇後或東宮，從此落到了人臣手裏。攝政就是“總攝庶政”之意，此後藤原氏的家長在天皇幼年時出任攝政，天皇成年後稱為關白（“諸事關白”之意），逐漸成為不成文的傳統。
藤原良房死於貞觀十四年（872年）九月，被諡為“忠仁”，他的權力由其養子藤原基經繼承下來。藤原基經也不是一個善主，876年，清和天皇退位，傳位給年僅九歲的東宮貞明親王，是為陽成天皇，陽成天皇乃是藤原高子所生，基經作為天皇的舅舅，更加權傾朝野。
元慶六年（882年），陽成天皇十五歲，舉行了元服禮（成人禮），然而據說這個孩子很不成器，成天飛鷹走馬，耽於玩樂，甚至打開裝神器的箱子，抽出草薙劍來舞弄。藤原基經屢次勸說，這個外甥就是不肯稍微象點人樣，於是灰心喪氣後逼迫天皇寫下“朕近身發數病，動多疲頓，社稷事重，神器叵守，所願速遜此位”的話，於884年二月宣布退位。
藤原基經的這種行為，也頗類似於我國西漢的權臣霍光廢黜昌邑王劉賀，可見其權勢就算比不上霍光，也相距不遠了。而至於中國的昌邑王和日本的陽成天皇，所作所為是否真如史料記載的那麼不堪，可就完全無從考證了。
此後，藤原基經力排眾議，擁立“容止閑雅、謙恭和潤”同時也財政狀況拮據、到處舉債的時康親王繼位。時康親王是仁明天皇的兒子，史稱光孝天皇。光孝天皇在位僅四年就病死了，他沒立東宮，還把二十九名子女全部降格，下賜源氏，最終也是在藤原基經的策劃下，立其第七子源定省為東宮，隨即將其扶上天皇寶座，是為宇多天皇。
●學問之神菅野道真
宇多天皇一度被降格為臣籍，無疑內心是存在著一定自卑感的。繼位後他曾路過陽成院，被迫退位的陽成上皇竟然羞辱他說：“當今聖上，原來曾是我的家奴呀。”在這種心態影響下，宇多天皇當然不敢對扶他上台的藤原基經說半個不字，雖然登基時已經成年，依舊把政務全部委托給基經，說“萬事巨細，百官已總，均關白太政大臣（藤原基經），然後奏上”——這就是關白稱號的由來。
然而換個角度來觀察，宇多天皇此舉未必出於完全的心甘情願。他在位第二年（888年）的六月，下詔請藤原基經“以阿衡之任為卿之任”，把他比作中國古代的賢相伊尹（傳說伊尹曾被尊為“阿衡”）。然而藤原基經見了此詔卻大為光火，他認為“阿衡”隻是一個尊號而已，並無實權，表示說既然天皇心有此意，那我就幹脆辭職，什麼也不管好了。他這一撂挑子，宇多天皇可嚇壞了，趕緊懺悔和解釋，但是基經不依不饒，堅持要天皇罷免起草詔書的親信橘廣相。關於“阿衡”是否有權的爭論持續了整整半年，藤原基經也就罷工整整半年。
寬平三年（891年），藤原基經去世。宇多天皇立刻重用橘廣相，以及當年敢為橘廣相辯護的菅原道真，任命道真為藏人頭，以與藤原基經之子藤原時平分庭抗禮。六年後，宇多天皇讓位給年僅十三歲的敦仁親王，自己出家仁和寺潛心撰寫回憶錄《寬平遺誡》，自此以後，天皇退位出家，就被尊稱為“法皇”，宇多法皇是日本曆史上第一位法皇。
敦仁親王登基後，史稱醍醐天皇，他年歲還小，難免會受權臣的撥弄，已經升任右大臣的菅原道真就因此遭到藤原時平的誣陷，說道真打算擁立自己的女婿、宇多法皇的第三子齊世皇子為天皇，醍醐天皇於是右遷菅原道真為太宰權帥。作為太宰府的名額外主官，其實這個職位也不算小了，但終究遠離京都，遠離開統治中心，這使得滿腔報負，想要做一番轟轟烈烈大事業的菅原道真大為憂憤，遂於兩年後（903年）客死在九州。
據說宇多法皇在聽聞菅原道真被貶之事後，匆忙驅車前往內裏，想要勸說醍醐天皇收回成命，然而內裏各門都已被藤原時平的親信守把住了，不放法皇進宮。宇多法皇悵然離去，從此專心研究佛學，再不管塵世之事——藤原氏權勢之盛，也由此可見一斑。
菅原道真是日本古代著名的書法家、詩人和學者，他曾跟隨遣唐使團西渡，具有相當高的漢學素養。886年，他被任命為讚岐守，在偏遠的南海道目睹了貧窮百姓的艱難生活，寫下很多傳誦後世的詩篇。也是在讚岐守任上，他寫了《奉昭宣公書》，勸說藤原基經放下執念和恩怨，專心國事，據說藤原基經看了此文後有所覺悟，停止罷工，也不再堅持要宇多天皇嚴懲橘廣相，使延續整整半年的朝廷風波暫時得以平息。