不管怎樣，梶原景時是被流放了，但他並不甘於就此沒落，先是退回自己的領地築城固守，然後又率其族人上京去，打算向後鳥羽上皇申訴。幕府內部權力鬥爭，偏要捅到朝廷去，這不是自己找死嗎？於是上京途中，梶原一族遭到幕府武士的追殺，盡數覆滅。
梶原景時之死，給將軍賴家敲響了警鍾，他仿佛從景時的屍體後麵看到了母親北條政子的身影，於是決定扶持比企氏以製約北條氏。比企氏的家督比企能員本是源賴朝乳母比企尼的外甥，在賴朝被流放伊豆以後，比企尼多次派人給自己的乳兒送衣送食，賴朝待她如同自己親生母親一般尊敬，比企能員也就因為這層關係得到重用。後來能員的妻子又做了源賴家的乳母，而其女若狹局也嫁給了賴家，並且生下兒子一幡。
因此緣故，源賴家想要對抗母係的勢力，就不得不依靠妻係，鐮倉幕府兩代外戚就此展開了殊死搏鬥。一開始是比企氏略占上風，但到了建仁三年（1203年）八月，身體一向不好的源賴家突然得了重病，他自知將不久於人世，害怕死後北條一黨擁立弟弟千幡，殺害自己兒子一幡，就下令封千幡為關西三十八國的總地頭，而封一幡為關東二十八國的總地頭。
在賴家想來，我給千幡偌大賞賜，母親大人您總該滿意了吧，而我同時也給兒子二十八國地頭職，他有地盤在手，你們也就無法動他。然而這種分明是分裂幕府的舉動，別說北條氏不答應，連比企氏也無法接受。比企能員來向賴家進諫，賴家對他講出了自己心中的憂慮，比企能員就說：“如果擔心北條氏胡為，不如趁此機會流放他們，怎能因此自亂陣腳，使天下二分呢？”
這個還沒有具體執行步驟的計劃卻被北條政子探知了，政子大驚失色，決定先下手為強，於是以舉行藥師如來供養儀式為賴家祛病為藉口，招來比企能員，當場將其處斬。能員死後，其子比企宗員率一族郎黨固守將軍嫡子一幡所住的小禦所，沒想到北條氏根本不管一幡死活，派兵猛攻，最終小禦所在大火中化為灰燼，比企一族和年僅六歲的一幡全被燒死。
鬥垮政敵以後，北條氏立刻逼迫已經萬念俱灰的源賴家出家隱居，把將軍之位傳給其弟千幡，也就是源氏的第三代將軍源實朝。次年（1204年）七月，被幽禁在伊豆修禪寺的源賴家慘遭殺害。
●北條執權的誕生
比企一族滅亡，幕府政權被徹底掌握在北條氏手中，然而其後不久，北條氏內部也開始了爭權奪利的鬥爭。且說北條氏原本出自平氏，正因為如此，當年平清盛把源賴朝流放伊豆，才放心大膽地派北條氏家督時政去監管他。
然而北條時政不僅沒有好好地監管賴朝，反而把女兒政子嫁給賴朝為妻，並且諸事都聽從這個源氏出身的女婿的安排。到了治承四年（1180年）四月，源行家給賴朝送來了以仁王的令旨，要他起兵討伐平氏。賴朝一開始還想先觀望一段時間，不著急做出頭鳥，但隨即聽說源賴政造反失敗，賴政父子和以仁王全都被殺，平清盛下達了討滅諸國源氏的命令。事到如此緊急關頭，不由得賴朝不動手了，而北條時政也很清楚，一旦女婿被殺，自己也難免受到牽連，於是隨同起兵。
因為起兵過於倉促，所以源賴朝才會在石橋山被平氏的大庭景親殺得隻身逃亡。當時北條時政帶著兒子宗時和義時奮戰斷後，宗時英勇戰死，直到確定賴朝已經逃得無影無蹤以後，時政和義時才轉身逃亡。
等到丈人、女婿、小舅子重新會合在一起，時政向賴朝建議說，不如渡海前往安房國，號召當地的三浦、和田、千葉等豪族一起舉兵，那時卷土重來，勝利可期。賴朝聽取了時政的建議，這才有了以後的富士川大勝，以及更以後的鐮倉幕府。
等到比企氏滅亡，北條氏完全掌控了幕權以後，因為政見的不同，北條氏內部逐漸分裂成兩個派係，一為“先妻派”，即北條時政元配所生的北條政子、北條義時，以及二人的妹夫畠山重忠，二為“後妻派”，即時政和其新妻牧之方，以及牧之方的女婿（也是源賴朝的猶子，即不更改苗子的養子）平賀朝雅。其實後妻派的核心人物，應該說是平賀朝雅，源實朝還沒有子嗣，如果他死去或退位的話，最具備繼承人資格的就是朝雅，朝雅很想排除重臣合議，重振將軍的權威。而相對的，先妻派代表了廣大禦家人的利益，希望共同支撐幕府這座大廈，而不讓那些沒經過戰陣的二代目、三代目去胡作妄為。
兩派爭奪權勢的導火索，就是畠山重忠的被殺。且說元久二年（1205年），在牧之方的安排下，將軍源實朝決定娶後鳥羽院的寵臣坊門信清之女為妻。北條時政委派同族的北條政範進京迎親，畠山重忠的嫡子重保作為護衛隨行。當時平賀朝雅擔任京都守護，他設宴款待政範一行，但在宴會上，朝雅和畠山重保卻起了口角，幾乎大打出手。
深究這次口角的根源，當時平賀朝雅的領地在武藏國的東南部，而畠山重忠任武藏守，領地在武藏國的西北部，本來兩家中間隔著比企氏的領地，比企氏滅亡後就連在了一起。因領地糾紛而喧嘩吵嚷，本在情理之中，然而此事被告到鐮倉，牧之方想藉此機會削弱先妻派的勢力，就以謀反的罪名處死了畠山重保。受此牽連，當年六月，畠山重忠也被北條時政頒下了追討令，他在趕赴鐮倉申辯的途中，在武藏二俁川遭到北條士兵的圍攻，奮戰不敵，自殺而死。
畠山重忠之死，使得政子、義政姐弟意識到，若不搶先下手將老爹擊敗，將會後患無窮。於是在兩個月後（當年閏七月），他們揭發出牧之方企圖謀殺源實朝，擁立平賀朝雅為新將軍的陰謀（天曉得），逼老爹和老爹那個權力欲旺盛的新老婆回伊豆老家去隱居，然後將平賀朝雅斬首於京都。
其實作為女性來說，北條政子的權力欲絲毫也不遜色於牧之方，她從賴朝死後就出家為尼，但一直操控著幕政，擔任將軍的“後見”（監護人），人稱“尼將軍”。在她的支持下，兄弟義時替代老爹成為政所別當，和大江廣元同掌政務，不久後又消滅了從賴朝建基鐮倉開始就一直擔任侍所別當的和田義盛，兼管侍所。鐮倉幕府中央的三大機構，北條義時把握住了兩個，於是設立“執權”的名號，成為幕府實際上的統治者。
●上皇反亂
三代將軍源實朝娶了前權大納言坊門信清的女兒為妻以後，宮方和武方的關係看似非常親密，因為坊門信清本是後鳥羽院生母七條院的弟弟，是本院最親近之人，宮方很想依靠這段婚姻，把京都和鐮倉聯為一體。
一心想恢複皇族權力的後鳥羽院以為時機來到，於是向源實朝提出種種要求，諸如幕府停止向各地派駐地頭等等，想要逐步將權力收歸中央。實朝本人倒並不想違逆本院的意思，然而實際掌握幕府權力的並不是他，北條政子和時政毫不猶豫地駁回了本院的請求。
後鳥羽院一怒之下，心說你既然不肯歸權，我就自己來幹，他先逼迫親幕府派的關白藤原兼實下台，然後又插手本該由幕府掌握的守護的補任權。這種種行為遭到了鐮倉方針鋒相對的反彈，隻可憐了夾在中間的實朝將軍，他甚至一度想親率六十名隨員出訪宋朝——反正幕府大事也不需要我說了算，不如去休——因為新建大船不能在鐮倉附近下水方才作罷。
到了承久元年（1219年）元月，將軍源實朝前往鐮倉鶴岡八幡宮參拜，卻就此一去不返，遭了刺客的毒手——刺殺他的乃是他的親侄子，也就是二代將軍源賴家的遺子公曉。源賴家被害後，公曉在祖母北條政子的撫養下長大，因為深信父親之死乃是叔父源實朝的陰謀，所以找機會刺殺了實朝。當時還有謠言說，其實是北條義時煽動公曉謀害幕府將軍的，因為將軍最近的所作所為，頗有靠攏宮方，出賣禦家人集體利益的傾向。
源實朝被刺殺了，凶手公曉及其兄弟禪曉也隨即被捕處死，源氏幕府的血脈就此斷絕——源賴朝殺光平氏，殺光自己的兄弟，他可料不到自己也會有絕後的一天吧？按照日本傳統的家族製度，血源並不是最重要的，如果家族血緣斷絕，那就從別家過繼一個來擔任家主，隻要維持家名不墮，家業不毀就行了。於是執權北條義時希望挑選一位皇子來繼任將軍，這樣可以使幕府的威信不降反升。
據說北條政子和後鳥羽院之間曾有過約定，如果將軍家斷嗣，就由後鳥羽院派一位親王來入鎮鐮倉。可是後鳥羽院趁此要挾幕府，重提停派地頭的事情，在再次遭到拒絕後就推翻前議，堅決不肯讓皇族入繼鐮倉了。在後鳥羽院想來，幕府不肯讓步，則自己派親王去鐮倉也無法控製武士們，使他們屈服，反倒是送給了他們一個合適的人質，這又是何苦來哉？
北條義時無奈之下，隻好退而求其次，去向攝關家求告，最終商定由九條道家（兼實之孫）的第三子、年僅二歲的三寅就任新的幕府將軍。這個叫三寅的孩子的外祖母是一條能保和源賴朝的妹妹所生，七拐八繞也算是沾了點源氏的血脈，就這樣，新將軍繼承了源氏代代相傳的賴字，稱為九條賴經。
幕府最終放棄了迎接一位“宮將軍”的努力，轉而向攝關家求援，這使後鳥羽院更為憤怒。於是承久三年（1221年）四月，後鳥羽院命令順德天皇讓位給年僅四歲的懷仁親王，隨即於次月發動政變，派遣手下武士突襲消滅了京都守護伊賀光季。初戰勝利，後鳥羽院得意洋洋，自以為得到上天庇佑，於是頒發院宣，號召全國武士都站出來討伐幕府執權北條義時。
得知這一重大消息後，北條義時非常驚慌，因為雖然擁護宮方的人數不多，但是如果天皇親征，當禦輦出現在敵陣前麵時，幕府方的武士勢必要摘掉頭盔、扯斷弓弦，跪拜降伏。到那時，戰不能戰、退不能退的尷尬局麵便會出現，召集起來的部隊縱有百萬，也要一哄而散，甚至因為形勢所迫站到敵人一邊去。
當天，北條義時、大江廣元以下所有在鐮倉的禦家人都被北條政子召集到了一起。在眾人到齊後良久，政子才緩緩走出，她流著淚動情地向禦家人們講起了過去武士被貴族象狗一樣呼來喝去的悲慘命運，講起了先將軍賴朝率領武士們披荊斬棘、建立起鐮倉幕府的光輝業績，指出武士隻有團結在幕府周圍才不會再次淪為貴族的奴婢。在場的禦家人都感動得哭泣了起來，最後大家橫下一條心，決定為了保衛自己的政權而和朝廷血拚到底。