從此義尹將軍就被控製在細川高國和大內義興手中，純屬傀儡，受盡了欺壓。他一怒之下逃出京都，流亡到近江甲賀郡，被勸回京後於大永元年（1521年）再度出走和泉。這回細川高國再也不勸他回來了，改立足利義澄的兒子義晴為幕府將軍。
幕府將軍成為守護們手中的傀儡，可以隨意撥弄，可以隨意廢黜和改立，然而一直到末代將軍足利義昭以前，並沒有一個強大的守護勢力能夠擁著一位將軍長居京都，他們總是和周邊勢力打來打去，時勝時敗，一旦勢力退出京都甚至消散，則所擁立的將軍也就走到了末日，這真是可悲的現象。不過，這也確保了毫無能量的幕府將軍可以繼續存在下去，等到真有一個龐大勢力能夠久居京畿，縱橫四方，無人能擋，則室町幕府的運數，也就接近尾聲了。
●家臣和素浪人的抬頭
岔開話頭，咱們先說說權傾洛中，人稱“半將軍”的細川政元。此公乃是東軍統帥細川勝元的嫡子，勝元死時，政元年僅九歲，但已經表現出了他非凡的聰明才智。文明十八年（1486年），二十一歲的政元出任幕府管領，他在這一高位上一直呆到永正三年（1506年）。期間，消滅政敵畠山政長，廢黜將軍足利義材（義稙）而擁立傀儡足利義高（義澄），實際把握了幕府的實權。
權臣擅自廢立幕府將軍，這真是上下顛倒的真正亂世了。細川政元把持幕政，同時控製了幾乎整個近畿和四國，當真是威風凜凜，天下不作第二人想。可是這樣一位豪傑，卻天生怪癖，迷上了一些荒誕不經的修驗道。
在《細川兩家記》一書中，記載了細川政元的奇行。他主要修煉的，乃是“飯繩之法”和“愛宕之法”，據說修行成功以後，神通仿佛天狗，可以騰空而起，甚至在天上飛行，而且傳說確實有人看見他在半空中站立過（天曉得！）。這位權傾天下的“半將軍”在迷上邪法以後，每日必要齋戒沐浴，口唱咒文，做出諸般醜態。為了修煉的順利，他完全戒絕女色，甚至不允許任何女性靠近他的身邊。
政務之暇，政元開始考慮遊方全國，尋找修練的捷徑。因為他不近女色，所以沒有子嗣，於是過繼了三個養子——澄元、澄之和高國。三個養子為了奪取細川家督的繼承權，不斷明爭暗鬥，細川氏從此分裂。永正四年（1507年）六月，細川政元在入浴的時候，被細川澄之派係的香西元長刺死，享年四十二歲。
政元死後，細川澄元在家臣三好氏的輔佐下，攻滅弑父的澄之，正式繼任細川家督。然而不到一年以後，受排擠的細川高國在大內義興的幫助下攻入畿內，驅逐足利義澄，複立足利義稙——曾用名義材、義尹等。澄元麾兵與戰，大敗而走阿波，最後老死於彼方。
細川高國也學他老子的榜樣，最終廢義稙將軍而立足利義晴。義稙被追到淡路，隨即死在那裏。不過高國本人也沒落到什麼好下場，他因為聽信讒言，逼死了家中執事香西元盛，大永七年（1527年）二月，香西元盛的兄弟柳本賢治攻入京都，細川高國奉著義晴將軍走逃近江。高國先後求救於伊勢北畠氏、出雲尼子氏、備前浦上氏等有力大名，想請他們發兵襄助自己奪回京都。享祿四年（1531年）六月，細川高國、浦上村宗與細川澄元派的三好元長在攝津四天王寺展開大戰，最終村宗戰死，高國自殺。
三好元長乃是細川澄元的家臣，澄元死後，元長輔佐其子晴元殺回洛中，並擁晴元為幕府管領——從此三好氏就掌握了京都的實權。然而到了元長之子三好長慶的時代，三好氏的實權卻又落在了家臣鬆永久秀手中，久秀縱橫畿內，自稱“幕府執權”。這是下剋上的第三層表現，那就是家臣甚至陪臣執國柄，舊的守護大名紛紛沒落，他們的家宰、執事、守護代們甚至守護代的家臣們就此得到了出頭之日，架空或者驅逐主家，最終成長為新的戰國大名。
再舉一個例子，尾張國的守護本是斯波氏，但後來權力被其家臣織田氏所篡奪，上四郡守護代織田信安和下四郡守護代織田廣信將尾張一分為二。信安有個侄子名叫織田信秀，他出仕廣信成為下四郡守護代家的三奉行（事務官）之一，憑藉出色的政治手段和赫赫戰功逐漸架空織田廣信。到了信秀的兒子織田信長時代，終於滅亡兩家守護代，統一了整個尾張國。
其實新的戰國大名來源很多，除了舊的守護大名的轉化（多在遠國），守護大名家臣、陪臣的崛起外，還有一些所謂的“素浪人”，也一步登天稱霸一方——這是下剋上的又一層表現。所謂素浪人，就是指失去主家的流浪武士，他們靠著出仕新的主家，建功立業而逐漸發達起來，其中的代表人物就是北條早雲。
北條早雲出身不詳，傳說本名為伊勢新九郎盛時（或名長氏、盛定），乃是備中豪族伊勢氏的後裔（傳統說法則為毫無根基的獄卒出身），後來成為駿河國守護今川義忠的門客，靠著將其妹嫁與義忠為正室（即北川殿，傳統說法則為側室）而逐漸升格為重臣，並領富士郡的知行官。義忠死後，其子今川氏親與同族小鹿賴滿爭位，盛時因為幫助氏親（他的親外甥）擊敗賴滿取得了家督之位，而被封為駿河興國寺的城主。
延德三年（1491年），關東堀越派內亂，伊勢盛時向今川氏借得一支兵馬，趁機突入並以奇跡般的速度，殺死堀越公方政知之子茶茶丸，平定了伊豆國。
據傳，盛時曾與重臣六人夜宿三島神社，議論曆史與現實。盛時說：“昔年源平二氏共立朝廷；保元、平治之亂，源氏衰弱，平氏掌權；治承、養和年間，源氏重新抬頭；源氏三代而亡，平的北條氏代之治理天下；北條氏傳了九代而滅，源的足利氏取得了勝利。由此可見，武家政權是天命由源平二氏輪流執掌的。而鐮倉的持氏殿下去世後，關東實權掌握在上杉氏手中，上杉出於藤原氏，他們有什麼資格成為武家領袖？！”
盛時宣稱自己出於平氏，企圖代上杉氏統治關東。當夜，他做了一個奇怪的夢：廣瞀的平原上有兩株巨大的杉樹，一隻小老鼠在啃杉樹的樹根，啃著啃著，竟然膨脹起來，化作一條斑斕猛虎。盛時認為夢中那兩株杉樹，就是指的關東山內、扇穀兩上杉氏，而小老鼠，就是生於壬子年屬鼠的自己——這是上天預示，他要代上杉氏而興，成為關東新的統治者。
伊勢盛時，後來冒稱北條氏（一說其子氏綱開始冒充），出家入道後，法號早雲庵宗瑞。他就是小田原北條氏（也稱後北條氏）的始祖北條早雲，新的關東霸主——瑞夢竟然應驗了。
●下剋上和一元統治
以上所述，都是在統治階級內部的下剋上風潮的表現，其實下剋上更有一層含義，那就是平民百姓紛紛揭竿而起。且說從兩畠山氏爭亂到“應仁之亂”，京畿附近頻繁爆發戰爭，百姓不堪其擾，於是文明十二年（1480年），丹波、山城、大和、播磨等地同時爆發一揆。尤其在京都地區，大群農民和手工業者為反對新設的七處關卡而憤然起義，進而襲擊奈良地區，燒毀了興福寺的十三重高塔。
文明十七年（1485年），大和農民發動一揆，以“大和國總百姓等”的名義請求“德政”，要求免除拖欠的年貢。同時山城國也爆發一揆，要求對峙的兩畠山軍隊移往別處交戰。其實這些一揆的參與者並不僅僅是農民，也有很多國人在其中起著舉足輕重的作用。
當年十二月，山城國南部三十六名國人代表一揆勢力向幕府提出訴求，此後這三十六人即共同管理山城國南部，並且驅逐幕府派駐的守護。這一狀況一直延續了整整八年，才被幕府和守護大名們鎮壓下去。
整個戰國時代，類似的一揆此起彼伏。一揆分很多種名目，前麵提到過，以農民為主體的暴動，稱為土一揆，此外，以國人為主體的暴動稱為國人一揆，最著名、影響力最大的，則還有一向一揆。
一向一揆是由佛教淨土宗的分支淨土真宗（即一向宗、門徒宗）所領導的暴動。一向宗因為簡化修行法門，提倡口念佛號即得往生，因此在室町中後期廣為傳播，信眾深入鄉村和偏遠地區，人數極為驚人。這些有了虔誠信仰，並且往往也有牢固組織的一向宗信徒們一旦鬧起事來，規模和聲勢都與別種一揆不同，事實上，雖然沒有爆發全國性的一向一揆，卻很有我國漢朝末年到處都是張角信徒、黃巾戰士的架式。
一向一揆的總後台是攝津石山的本願寺，就本願寺本身來說，它逐漸發展成為一方割據勢力，有兵有糧，寺廟也造得很碉堡一般，除了頭子都是和尚，偶爾唱唱佛號外，與別的戰國大名沒多大區別。本願寺也經常煽動與自己不和的戰國大名領內眾信徒發起一揆，不過隻有真正與農民切身利益相關，這種一揆才具備最可怕的聲勢和破壞力。
一向宗最盛行的地區是畿內和北陸地區。文明三年（1471年），本願寺法主蓮如上人親往北陸傳教，使得這一地區的信徒數量大增，農民、僧侶和國人在宗教的旗號下結合起來，反抗守護大名的統治。雖然蓮如號召信徒要遵守本分，不得抗繳年貢，不得輕蔑神佛，但他所埋下的火種躥出熊熊火焰，他自己卻是撲滅不了的。