曾國藩也為營救左宗棠而積極努力。鹹豐帝將此案交湖北正考官錢寶青審辦，錢寶青是曾國藩的門生，於是曾國藩以師座身份，請他設法緩解。因為曾國藩、郭嵩燾、胡林翼、潘祖蔭等人的大力相助，左宗棠才沒有被逮捕。而潘祖蔭奏本中的一句\"國家不可一日無湖南，而湖南不可一日無左宗棠\"今日則早已廣為人知。
鹹豐皇帝的重臣肅順也接受了其幕賓王闓運的說項，到鹹豐皇帝麵前為左宗棠說情。此時官文也在窺視京師的風向，因此也未敢對左宗棠加以處置。
\"樊案\"的實質，正反映了滿族地方要員與新崛起的漢族地方勢力的重重矛盾。在太平天國起義後，身居要位的滿族貴族對太平軍的勇猛攻勢束手無策，恰恰是以漢族地主勢力為代表的湘係集團的興起，使清王朝得以支撐東南危局。因此，盡管曾國藩、左宗棠等人並沒有得到官府的實職，卻能獨立操縱戰事，而身為總督的官文則隻能成為陪襯。所以，官文等人便借此事大做文章。
左宗棠深為遭此謗陷而痛感官場的險惡，經過此事之後，左宗棠打定主意準備再次進京參加為鹹豐皇帝三十華誕而特開的\"恩科\"會試。他還打算以此次北上會試之機，直陳於朝，在鹹豐皇帝麵前剖白此事原委。於是他辭別湖南巡撫駱秉章，薦劉蓉入湘幕，從而結束了他的第二次幕賓生涯。
鹹豐十年，就是1860年，是鹹豐皇帝三十整壽，這年三月特開所謂\"萬壽恩科\"，增加一次會試。左宗棠一直以未中進士，不能從\"正途\"入仕為憾事，因此離開湘撫幕府後，即想赴京應試。
十年正月，左宗棠從長沙啟程北上，女婿陶桄隨他同行。渡過洞庭湖後，風雪很大，他踏雪而行，於二月二十六日，就是3月18日，抵湖北荊州。三月初三日抵襄陽，雪仍未止，泥深沒踝，行程艱難。在襄陽，安襄鄖荊道毛鴻賓麵交他一封胡林翼的密劄，止其北行。信中說官文\"方思構陷之策，蜚語滿都中\"。
左宗棠聞訊，感到進退維穀，他寫信給好友郭崑燾說：
密信言\"含沙者意猶未慊，網羅四布\"，足為寒心，蓋二百年來所僅見。杞人之憂，曷其有極。側身天地，四顧蒼茫\"，\"帝鄉即不可到，而悠悠我裏，仍畏尋蹤\"。
既然去京師有危險，回家鄉又怕\"尋蹤\"， 思前想後，他覺得棲身軍旅也許可以避禍。左宗棠在寫給朋友、時任荊宜施道的李續宜的信中表示：\"將就滌老（指曾國藩）及麾下作一小營官，學戰自效。\"
這時，湖北的湘軍已經東進攻克了安徽的太湖與潛山。曾國藩在宿鬆駐軍，胡林翼則在英山駐軍。他們商議分三路收複安慶。曾國藩和胡林翼也催促左宗棠過去參與決議。左宗棠過漢口之後，乘船順江而下。第二天晚上抵達蘭溪。然後登岸，行走了一百八十裏山路，到達英山，進入胡林翼大營。數日後他辭離英山，到達宿鬆曾國藩大營。曾國藩對左宗棠的到來大表歡迎，並加以慰勉。