隨著前線傳來的越來越多關於幼天王的消息，他的存在已經確鑿無疑，那麼，曾國藩前麵奏折中所說的，又該如何解釋？曾國藩和他的將領到底有沒有責任？大量太平軍之所以能夠往來自如，全部是因為廣德在他們控製之中的緣故，在這一問題上的失誤、過程和責任，也應該是清清楚楚的，如果繼續辯論下去，肯定會越來越無法招架。於是，曾國藩采取了十分明智的對策，就是再也不發言了。
這年10月，清軍終於在江西擒獲幼天王，他被押解到南昌處以磔刑。從事實上證明了左宗棠所言非虛，曾國藩更陷於難言的尷尬。雙方徹底失和，自此而始，直到曾國藩去世，兩人之間再沒任何私下交往。
此時其他戰場還在一片烽火之中。楚軍蔣益澧部在思溪結紮浮橋，溝通蔡元吉部，到中流時被太平軍攻擊，傷亡幾百人。左宗棠訓斥道：\"雙福橋既難攻下，就應該改圖荻港和袁家彙，進軍長超山，則賊寇必定回顧。那時，蔡元吉部就可趁機殺出。\"於是高連升部改攻荻港，擊破三座軍營。
當晚，太平軍水師將領投降。楚軍水師從太湖抄襲袁家彙，高連升等部繼進。正如左宗棠所料，太平軍果然全軍回援。蔡元吉派遣楊應龍率五百人首先突圍，楊應龍力戰而死。楚軍各部加緊攻擊袁家彙。
當晚，蔡元吉率部涉水突出，兵力損失四分之三。蔡元吉部被圍三十天，糧食吃盡，煮桑樹皮為食，軍士陸續餓死，但無人叛逃。左宗棠念他該部死守，奏請清廷將蔡元吉免罪。
當天，張景渠會同淮軍攻破晟舍。太平軍起初以全力圍攻東埠，而蔡元吉部突圍以後，晟舍又被淮軍所破。於是，太平軍士氣低迷。思溪和雙福橋的太平軍全部撤走，湖州城內的太平軍陸續投降。劉樹元部攻拔升山軍營，高連升部急攻袁家彙。
忽然湖州城內起火，太平軍狂奔而出。楚軍追逼到城下，城內太平軍已經潰散。楚軍急忙繞城西截擊，斬殺二千多人。水師從四麵進入，將太平軍戰船全部燒毀。
楚軍攻克了湖州，楊昌浚部攻占安吉，將太平軍追到孝豐。這時，湖州撤出的太平軍也抵達孝豐。楊昌浚部會同駐軍劉端冕等部追擊。太平軍一並奔向寧國，與廣德的太平軍會師。蔣益澧督率各部沿四安、梅溪殲滅一萬多名太平軍，遣散幾萬人。
左宗棠令衢州和嚴州的黃少春、劉明珍各部，加強邊界防備，調王德榜、王開琳部東返，扼守婺源。左宗棠這時已經意識到，福建還會有很多麻煩在等著他，於是他從海陸兩路調兵遣將，做好了準備。
劉端冕部從寧國追擊太平軍，擊斃了黃文金。太平軍撤至昌化，分兵進軍淳安，其餘部隊西奔績溪。左宗棠派羅大春部從臨安、於潛出兵，扼守昌化。羅大春部到達時，昌化駐軍劉光明部已經與太平軍交手，於是羅大春揮師夾攻，太平軍敗走昱嶺關。進軍淳安的太平軍抵達蜀口，遭到黃少春、劉明珍各部攔擊，太平軍大敗。
楚軍隨後在黃金嶺擊敗太平軍，追逐五十多裏，斬殺六千人，釋放一萬多名百姓。太平軍餘部奔入徽州、歙縣境內。楚軍各部又趕到建口攔截，接收三萬人投降，收繳七千杆洋槍。太平軍餘部分散逃亡遂安、開化。所到之處，都遭到楚軍攻擊，無法喘息。逃出者傍靠江山和常山奔向江西的廣豐。於是，浙江全境戰事平息。
天京的陷落和蘇南、浙江根據地的喪失，標誌堅持了十四年之久的太平天國農民運動已基本失敗。曾國藩、左宗棠、李鴻章等人在鎮壓太平天國的過程中為清政府立下了汗馬功勞。然而，太平軍餘部的頑強抵抗，又成為清朝統治集團麵對著的一個棘手問題。曾國藩與左宗棠也在對待這個問題上鬧得不可開交，互相上奏告狀。
清廷恰好利用這一點，一麵表示\"朝廷於有功諸臣，不欲苛求細故\"，以使左宗棠對清廷感恩戴德，一麵也通過進一步重用左宗棠限製曾國藩的勢力過分膨脹。這樣，在湘係集團中，左宗棠率先敢於同曾國藩分庭抗禮，他們二人的矛盾也從此臻於激化，以致彼此不通音訊。
太平軍餘部從廣東大埔折入福建汀州，又接連攻克龍岩、南靖和漳州。李世賢和汪海洋等將領全部進入福建，閩地的清廷官府大為震驚。於是，左宗棠調林文察部扼守泉州，康國器部增援漳州，令黃少春率四千五百人從衢州進軍延平，令劉典的八千新軍從建昌挺進汀州，令高連升率三千五百人從寧波泛海抵達福州。他的戰略是取遠勢，將太平軍逼到一隅，加以聚殲。
清廷對左宗棠論前後戰功，詔封他為一等伯爵。左宗棠上疏固辭，清廷不準，又賜名\"恪靖\"。左宗棠隨即受命率軍進入福建，速籌進剿。他還上奏請以蔣益澧為浙江巡撫，楊昌濬代理布政使。
當月，左宗棠還上言說：\"兵燹凋敝，如果繼續關厘並舉，無異於竭澤而漁，殘存下來的民眾必定會更加窮困。\"因此，他請求暫緩開關，每年從厘稅收入中抽出十萬兩銀子供給織造。