事實上，在以前的軍務大事上，左宗棠一直是這麼做的，唯有這次，在涉及曾氏兄弟根本利益的大事上，左宗棠似乎出於\"瑜亮之爭\"的複雜心態，並沒有這樣做。在獲得了幼天王下落後，他選擇了繞開曾國藩立刻直接奏報朝廷。
收到左宗棠的奏章後，慈禧太後勃然大怒。她萬萬沒想到素稱老實厚道忠心耿耿的曾國藩居然敢撒彌天大謊如此欺君罔上。於是她降下嚴旨，沉重切責曾國藩。這道諭旨的語氣可謂是空前的嚴厲，不僅指責曾國藩以前的奏折\"茫無實據\"\"全不可靠\"，而且還表示要嚴懲曾國藩\"防範不力\"的部下。
不要說慈禧主政以來，對曾國藩一直是客客氣氣，就是對曾國藩不太感冒的鹹豐皇帝，也從來沒有說過這樣的重話。曾國藩的自尊心受到了空前打擊，聲譽也大大跌落。
其實，曾國荃克複江寧之後，清廷疑忌之心就已加重。當得知幼天王脫逃的情況之後，清廷更是借題發揮，要求對責任人從嚴參辦，就更加清楚地擺明了一副借此事對曾氏兄弟實行打壓的態勢。
這時候，事情已經十分明顯。曾國藩此前的奏報與事實是有差異的，有這麼多線索反映幼天王已經逃逸，曾國藩本應認真對待，檢查一下真相究竟如何，但是，他根本不去考慮自己的奏報有可能失實，而是再三辯解，理直氣壯地采取了另外一種做法。在8月30日的奏折中這樣回複：
臣初聞金陵克複，亦深慮極大之城，必多竄逸之賊，湖熟追殺盡淨之說，臣亦不敢深信！迨臣至江寧小住經旬，距克城已逾二十日，而附近如溧水、句容、丹陽、高淳、東壩、建平各防之將，各縣之官，並未稟報有賊匪竄過之事。......
臣再三推詳，由金陵至廣德，縣縣有兵，層層密布。其中如駐句容之劉銘傳，駐溧水之王可升，駐建平之李榕，駐東壩之鄭魁武，皆曉事不欺之人，又奉嚴防逸賊之劄。若謂洪福瑱僅帶零賊，剃發潛遁，此數處者，或不知之。若賊眾至二三千之眾，而謂此數處一無聞見，既不截剿，又不稟報，此事理所必無也。
曾國藩既然如此辯解，左宗棠不能不作答複，於是，針對曾國藩的奏折，他也在隨後的《杭州餘匪竄出情形》中作了這樣的回答：
頃準曾國藩抄送七月二十九日複奏洪福瑱下落一片，內稱杭州克複時，偽康王汪海洋、偽聽王陳炳文兩股十萬之眾全數逸出，未聞糾參，此次逸出數百人，亦應暫緩參辦。臣竊有所未喻也。當臣軍肅清浙東時，軍威頗壯，杭城守賊無多，本可速克，比因皖南賊勢鴟張，不得已調劉典分軍赴皖助剿，而臣駐嚴州以資兼顧，其攻富陽及杭城者，僅蔣益灃一軍及水師數營，又正疾疫繁興之時，兵力更薄。此機一失，首逆陳炳文、汪海洋紛紛踵至，賊數始多。
自富陽克後，賊悉力守杭城、餘杭。維時臣戰餘杭，蔣益灃戰杭州，屢次破壘獲勝，臣奏兩城賊勢窘促，並未以賊數眾多為言，每與交戰，逆賊多不過一萬數千而止，迭次奏報甚詳，尤堪複按。其所以持久而後克複者，實由杭、餘兩城中間相距六十裏，我軍未能合圍，賊占地勢，攻守之難易懸殊也。
曾國藩稱杭城克複，十萬之眾全數竄出，所謂十萬全數，果何據乎？兩城之賊於二月二十三夜五更竄出，陳炳文啟杭州武林門而竄德清，汪海洋出餘杭東門而竄武康，官軍皆於黎明時入城，臣前此奏報克複兩城時業經詳細陳明，並無一字稍涉含糊。夫以片時之久，一門之狹，而謂賊眾十萬從此逸出，殆無是理！此固不待辯而自明者也。
至湖州之賊，如黃文金、李遠繼、楊輔清等，皆從江西、皖南而來，此外蘇常丹句嘉興諸賊亦麇聚於此，最後則李世賢大股一並竄入。陳炳文、汪海洋之竄德清、武康也，李世賢實迎護之。
杭、餘兩城之北數十裏，處處皆為賊守，非可一攻即下，觀於武康、德清之複，兩城在克複旬日之後，可見賊數之多不在杭、餘兩城也明矣。李世賢與陳、汪兩逆既入湖城，賊數自有增無減，李世賢由湖州、廣德、績溪竄徽州，旋由婺源竄江西，賊數十五六萬，其時曾國藩有皖南諸城岌岌之奏。
陳、汪兩逆窺浙軍赴歙南小川，遂由白際、馬金諸嶺翻入浙境，又經浙軍迭次截剿，其竄入江西者尚數萬計。厥後與李世賢合並，其黨之或分或合，更無從知。曾國藩殆以陳炳文降數之多，謂均從杭州竄出乎？臣閱鮑超抄示陳炳文降書諸頭目姓名，多非杭州舊有之賊也。
至雲杭賊全數出竄，未聞糾參，尤不可解。金陵早已合圍，而杭、餘則未能合圍也。金陵報殺賊盡淨，杭州報逆首實已竄出也。臣欲糾參，亦烏得而糾參之乎？至若廣德有賊不攻，寧國無賊不守，至各大股逆賊往來自如，毫無阻遏，臣屢以為言，而曾國藩漠然不複介意。前因幼逆漏出，臣複商請調兵以攻廣德，或因厭其絮聒，遂激為此論，亦未可知。
然因數而疏可也，因意見之弊遂發為欺誣之詞，似有未可。臣因軍事最尚質實，故不得不辯。至此後公事，均仍和衷商辦，臣斷不敢稍存意見，自重愆尤。