左宗棠令其分道進海澄、漳浦，以攻漳州府南。十六日，郭鬆林聯合高連陞、黃少春擊敗李世賢之軍。十八日，李世賢屢攻清軍漳州以北營壘，均被擊退。左宗棠再調劉明燈五營取道福州，由興化、泉州赴安溪，增加進攻漳州兵力，他本人也於四月十五日抵福州，就近督戰。
四月中旬，淮軍郭、楊兩部，左軍王德榜部分別在漳州南麵和西北擊敗太平軍，合圍漳州府城。二十一日，黃少春、王德榜會同郭鬆林、楊鼎勳擊殺太平軍萬餘，俘虜三四千人，一舉攻占已由太平軍堅守七個月的漳州府城。李世賢等出西門，向西南方向敗走。二十二日，劉典、王德榜等又占領府城西北的南靖。
三月下旬，劉典、康國器分路進攻汪海洋部。四月中旬，汪海洋南走廣東大埔，因遇廣東清軍阻擊，折回閩南。汪海洋會同李遠繼合兵七萬，分七路進攻汀州府永定縣，清軍設伏獅龍嶺，並以抬槍射擊，獲勝。翌日再戰，康國器仍分三路以抬槍應戰，汪海洋再敗，撤向西北，據上杭、中都一帶。此役，康國器以八千之眾擊敗太平軍七萬人，主要仰仗抬槍之力。左宗棠對康國器以少勝多，予以嘉獎。
李世賢撤出漳州後，即退向閩、粵交界的平和縣，王德榜、高連陞、黃少春等緊追不舍，太平軍傷亡頗眾。四月二十七日，淮軍郭、楊兩部攻占漳浦縣城，次日，又入雲霄廳。五月初一日，再取福建東南端的詔安。初二日，劉典、康國器等在永定縣塔下大敗李世賢，太平軍損失幾萬人，世賢隻身逃脫。
隨著戰局不斷變化，左宗棠的指揮部也步步前移，四月二十九日，至興化，五月初四日，抵泉州，初十日即達漳州。十一日，高連陞等又在閩西南上杭擊敗汪海洋，迫其走武平。至二十一日，汪部太平軍已由福建折入廣東境內，二十二日，占領廣東鎮平縣（今焦嶺）。
李世賢軍敗永定後，也潛往鎮平，投靠汪海洋。左宗棠一麵下令緊追，一麵派康國器統所部五千人入粵夾擊。同治四年閏五月二十三日，就是1865年7月15日，汪海洋與康國器交戰失利，退回鎮平。左宗棠命高連陞、黃少春、劉清亮等距鎮平數十裏處紮營，汪海洋則在鎮平城外分壘三十餘壘，收稻積穀，為久守計。左宗棠的部署是：
以康國器、關鎮邦攻鎮平東南；高連陞、黃少春、劉清亮嚴扼閩、粵交界的武平邊境，堵住太平軍北上之路；劉典、王德榜兩軍則分屯福建南部的上杭、武平，作為第二道堵截線，並飭粵軍扼鎮平西南，準備把汪海洋部緊緊困在鎮平，然後一舉消滅。
六月二十八日，李世賢逃至鎮平，幾天後竟被汪海洋派人刺殺。在此危難之際，太平軍內部還不能和衷共濟，竟自相殘殺。這樣，太平軍餘部的悲慘結局就不可避免了。七月十三日，由江西至廣東參戰的\"霆軍\"鮑超部提督婁慶雲在鎮平大招擊敗佑王李遠繼。汪海洋集中兩萬兵力攻高思，康國器埋伏精銳於山嶺間，用抬槍轟擊太平軍，汪海洋左腕受傷，全軍大亂。
清軍在廣東嘉應州地區集中了來自閩、粵、贛三省的部隊，急需統一指揮，協調作戰。清廷於八月十三日采納了前護江西巡撫沈長紱的建議，命左宗棠入粵督師，節製廣東、江西、福建三省各軍。八月十四日，汪海洋施誘敵之計，引高連陞、康國器窮追至嘉應州城西南的興寧山中，伏軍八千人突起，擊斃高連陞部數千人，高軍大將關鎮邦授首，康軍亦亡精卒數百。
經此戰，高、康兩軍均受沉重打擊，而汪海洋也得以攻入江西境內，但終因連戰不利，被迫於二十八日再入粵境。九月初三日，攻占和平縣，十八日，自和平東進，於二十一日一舉攻克嘉應州城，就是後來的廣東梅州梅縣區，這也是太平軍占領的最後一座州城。汪海洋於城外建土城、望樓為死守計。他這樣困守孤城，無異於坐以待斃。