太平軍占領嘉應州城後，康國器疾馳至左宗棠大營獻策。他認為\"嘉應已成困獸\"，\"誠以閩師逼其東，粵師逼其西，連營稍前，合成長圍，然後作塹困之。別布羅遮師，阻其隳突。得三萬兵，三月餉，可聚而殲也。\"
左宗棠接受這一建議，調新任浙江提督鮑超率軍一萬二千人入閩，至武平、上杭，再由廣東平遠徑趨嘉應西北，是為北路；劉典率軍八千人由贛入閩，自永定、大埔趨鬆口，就是後來的嘉應州城東北，攻其東；左宗棠當時真帶親兵營及總兵楊和貴營駐閩南平和縣王官溪，得知情況後，他親率署浙江提督黃少春一軍三千人、福建布政使王德榜一軍二千五百人攻東南；又商調廣東布政使李福泰一軍駐興寧，總兵方耀駐興寧縣東，扼嘉應西麵；再以粵軍記名提督曾敏行、副將鄭紹忠扼南路。
江西巡撫劉坤一也予以配合，令按察使席寶田、總兵劉勝祥兩軍由平遠、鎮平南下。左宗棠決心要在嘉應打一個最後的殲滅戰。
十一月二十九日，就是1866年1月15日，左宗棠至粵東大埔縣，幫辦軍務劉典也率軍從福建永定趕到，左命其前部由鬆口進至嘉應州城東南，與扼州城正東的王德榜部相接；黃少春擋東北，與駐樟樹坪的高連陞部相連，而高部又與駐烏泥坪的康國器軍相望。這樣，東路、東南、東北及北路的月牙形包圍圈已經形成。
十二月十二日，就是公元1866年1月28日，汪海洋在激烈的戰鬥中頭部負傷，次日，卒於州城。餘部由譚體元帶領。十五日，鮑超率\"霆軍\"抵平遠縣，十七日進至州城以西的相公亭，廣東布政使李福泰亦至城西藍口，形成合圍。左宗棠本人亦由鬆口前進，十九日，清軍對嘉應州城的總攻開始，左軍、霆軍、粵軍分七路圍攻。
二十二日夜，譚體元見城已不可守，遂開州城西南門，向群峰陡立的黃沙嶂潰走。四更時，高連陞、黃少春等攻入東門，高連陞、王德榜、康國器各軍均向黃沙嶂方向追擊。二十三日夜，王德榜軍在黃沙嶂左路北溪圍截招降太平軍約四萬人。二十四日黎明，高連陞一軍在大田追上太平軍，招降萬餘人。
鮑超部\"霆軍\"則於北溪白沙壩四麵圍困東平王何明亮部，招降兩萬人，何明亮等七八百人被殺。同治五年正月二十一日，就是1866年3月7日，太平軍偕王譚體元撤退時墮崖受傷，呻吟道旁，被黃少春俘獲，送至左宗棠鬆口行營中，後被殺。總計這一戰役，太平軍餘部陣亡萬餘人，投降五萬餘人。
至此，長江以南太平軍的鬥爭遂告結束。左宗棠於正月下旬返回福州閩浙總督衙署，並因戰功被清廷賞戴雙眼花翎，其長子孝威亦被特賞正六品主事。
於是各部凱旋，回師途中左宗棠作《祭楚湘閩粵忠義將士文》，以告慰亡靈：
維昔祖征，載篩東馳，江西以奠，皖南是毓，蕩平浙水，訖於海睡，逾嬌陸嶺，梅循並規，斬巢域讓，種滅無遺。曰維公等，實左右之，如雷如霆，以張我師。我師還歸，公等莫隨，威尊命賤，遇賽數奇，衝鋒蹈刃，裁體墮肢。自古有死，凜凜須眉。我愧生存，追想涕演。涼月滿庭，南郊淒其。夢痞吞聲，甚矣吾衰！命駕出郭，薄奠陳詞，塗車當靈，以妄塞悲。大白飄搖，恍惚靈旗，素車白馬，赤豹文狸。桓桓毅魄，毋與鬼嬉。繁藻有薦，遍東南維。妥茲英靈，式鑒庶其！
左宗棠立下了大功之後回到了福州，他的夫人周詒端得知消息後，也帶著家人來到了福州與他團聚。左家夫妻父子相見，一時間感慨良多，相擁而泣。左宗棠自從1859年離開家以後，已經有六年多時間，這也是第一次與家人團聚。隻是，這一家人如何也想不到，他們以後的歲月，依然會是這般的離多聚少。