由此可見，左宗棠此時在漢回矛盾以及\"剿\"\"撫\"問題上有著獨到而深刻看法。
左宗棠部從樊城啟行後，於7月15日翻越函穀，曆經艱辛終於抵達潼關。此時，左宗棠各部每天都有戰事。劉鬆山部正會同蜀軍黃鼎部在蒲城攻擊西撚軍。皖軍郭寶昌部也從洛河趕來會師。聯軍在富平昌寧村重創撚軍。
此戰失利後，撚軍分頭襲擊保安和安塞。甘肅清軍胡世英部駐守延安，無法抵禦撚軍的鋒芒。從慶陽進入陝西東北部的撚軍占據北山董誌原、黃龍山，從洛川進入澄城、韓城、郃陽，遊騎兵抵達朝邑。
左宗棠聞訊，派遣楊和貴、周紹濂、周金品各部渡過渭水，以阻擊試圖進入北山的朝邑回民軍。在他看來，撚軍遠遠要比回民軍強大，用兵的次序，應該是先平定撚軍，再來對付回民軍。對於回民軍，應當利用其內部的矛盾，分別進行攻擊和安撫。於是，他命令山西清軍嚴密扼守黃河東岸，防止西撚軍偷渡；令劉鬆山、郭寶昌部改道，從富平奔赴蒲城，抄到撚軍前方；楊和貴等部從三河口返回，扼守華州；劉端冕部和劉典部從藍田進軍臨潼；劉效忠部轉移到涇水西岸；高連升部從藍田進駐鹹陽南岸。各部都要憑河紮營，以期將撚軍壓迫到涇水與洛河之間，加以殲滅。
8月，劉厚基部進攻安塞的回民軍，在橋扶峪取得大勝，回民軍首領張幅滿溺水身亡，李雄安等三十多人被殺。失利的撚軍趁著清軍各部尚未集結，決定向西攻擊臨潼和三原，悄悄渡河進入鹹陽。
左宗棠聽說撚軍再次渡過涇水，親自率領大軍進駐臨潼，隨後又趕赴涇西，召集各部將領開會，令黃鼎部防守涇河西岸，劉效忠部扼守耀州山口，調劉典、高連升部開往高陵，劉鬆山、郭寶昌部開往富平。此舉旨在縮小包圍圈，就地消滅西撚軍。
撚軍見清軍大舉進逼，知道很難渡河南下，於是趁著狂風暴雨奔赴白水進山，與占據著整個北山的回民軍會師，劉鬆山請高連升和劉典兩部在山外紮營，自己率部西進同官和耀州，企圖逼迫起義軍出山，與山外部隊夾擊。
左宗棠認為，撚軍主力已向東南奔赴宜川，如果劉鬆山部西進，那麼韓城和澄城兵力空虛，撚軍必然南下，抄襲湘軍後背。左宗棠特別擔心的是，宜川瀕臨黃河西岸，如果冬天冰橋形成，撚軍便會趁機進軍山西。於是，他令總兵李南華率部扼守韓城神道嶺，令劉鬆山和郭寶昌各部沿黃河從北麵攔截撚軍，令高連升、劉端冕部與劉鬆山等部合力攻擊。
不料，同官回民軍突然掩殺回來，在大賢村斬殺壽春鎮總兵李祥和。宜川的撚軍主力部隊順勢長驅北上，襲擊延長。
到11月中旬，撚軍攻占延川，北奔葭州。慶陽的回民軍則從延安出兵，攻占綏德。於是撚軍又回師綏德，與回民軍會合。這時，撚軍從南向北縱擊一千多裏，回民軍從西向東，橫掃一千多裏，陝西清軍和外省援陝清軍，具有作戰能力的不到五萬人。
左宗棠見鳳翔告急，又分出渭河防禦兵力西進，扼守鳳翔。黃鼎部繞過靈台，前往鳳翔，聽說河、狄回民軍正在攻打汧陽，急忙率部進戰，參將徐占彪部陷入回民軍陣內，被回民軍重創，折損三千人，敗退扶風。
回民軍攻打岐山，未能攻下，於是全軍奔襲鳳翔。楊和貴部正在城東阻擊，大批回民軍從扶風與岐山殺來，抄襲楊和貴部後背。楊和貴下令炮車結為圓陣，四麵抵抗，他自己率領精騎衝突回民軍的中堅。大戰一天，斬殺回民軍兩千多人。戰到黃昏，黃鼎部趕到，兩下夾擊，再次將回民軍挫敗。回民軍從東北川口撤進山內。
與此同時，楚軍譚玉龍部在邠州與三水接連擊敗回民軍，邠州和鳳翔稍稍平靜。劉典與高連升部也屢次戰勝北山的回民軍。但回民軍剛剛撤走，又回頭殺來，未有了局。不久，回民軍派出一萬人乘虛向耀州推進，劉端冕率部馳達楊家店，大破回民軍，窮追三天，斬殺了兩千多人。
就在湘軍與回民軍大戰之時，西撚軍已經抄小路南下，抵達黃河岸邊準備渡河。山西駐防的清軍由於黃河尚未結冰，已經將河防各部向北轉移，而左宗棠先前請求增募的部隊也沒有到位。不曾料想，大風驟起，氣溫驟降，一晚上冰橋就已經形成。等到劉鬆山與郭寶昌率部趕到河邊時，才發現西撚軍已在前一天從宜川龍王辿踏冰東過黃河，抵達山西的吉州與鄉寧。
得此消息，山西大震，巡撫趙長齡和按察使陳湜都被清廷治罪。左宗棠急調喜昌率騎兵取道孟津渡東奔澤潞，令河南清軍馬德昭部從潼關防禦解州和運城，保護鹽庫，自己向清廷請求進入山西指揮軍事。
此時東撚軍的勢力已經衰微，清廷根據形勢令宋慶、程文炳、張曜各部分道赴援山西河北，同時令左宗棠兼管這些部隊。而此時甘肅東部的回民軍都在涇州集結，企圖再次攻入陝西境內。左宗棠令譚玉龍和黃鼎兩部分道出兵長武，阻擊涇州的回民軍；令楊和貴部防守渭河以北；令周紹濂、劉端冕、周金品各部從郃陽與澄城取道河濱，趕赴宜川以西，阻遏回民軍東進。