1869年1月中旬，董誌原的回民軍聽說左宗棠將清軍兵分多路向西各自推進，彼此相距遙遠，便決定先發製人，將其各個擊破。回民軍分兵攻打鄜州、洛川等地，主力則全力西攻隴州。同時，董福祥部也聯合甘肅的回民軍攻打綏德，李雙良等部則襲擊清澗與延安。
劉鬆山全軍從永寧渡過黃河，抵達綏德。他派遣易德麟、章合才與成定康部先繞向西邊，攻打大理川，吸引敵軍注意力，他自己率領主力在綏德、清澗等地迎戰綠林軍。劉鬆山率軍一天內攻破一百多座壁壘，斬殺六千多人，俘虜三千多人，解散民眾二萬人。劉鬆山令成定康所部回師防守綏德，分兵兩路追殺，從懷遠折向南麵，抵達安定。然後，又繞到西邊，抵達靖邊。董祥福的軍隊望風挫敗，一萬多人戰死，餘部全部奔向靖邊的鎮靖堡。劉鬆山部沿途釋放幾萬難民，俘虜五千多人。
左宗棠得知捷報後，寫信給劉鬆山，向他表示祝賀：
雄師所指，如勁風埽籜，擒斬解散，各以數萬計，不但榆邊內外，即可肅清，而官軍易客為主，全股可期殄滅。貴軍門威略高遠，機神敏速，雖王壯武當年，何以過之！
劉鬆山率部緊追不舍，乘勝一路追至鎮靖堡。劉鬆山的大軍兵臨城下時，董福祥之父惶恐不已，決定率部投降。劉鬆山赦免了所有的降軍。董福祥和李雙良等人聽說後，也對劉鬆山心悅誠服，相互勸告，率十多萬人投降。劉鬆山選拔其中的精銳千餘人改編為董字三營跟隨征戰，並對鎮靖堡一帶無家可歸，被迫成為\"土匪\"者加以招撫，於是榆林和綏德全部平定。
新年過後，郭寶昌、劉端冕與魏光燾等部接連出擊，幾次大敗回民軍。至此，陝西東北部的戰事大致平息。
回民軍因屢戰屢敗，於是決定集中力量，對清軍來一次反攻。他們集結三四萬部隊，占據正寧的南原和北原，企圖先進攻邠州和三水，然後再合力打下秦州。
黃鼎偵知消息後，一方麵派總兵徐占彪率領二千人扼守牛家堡，另一方麵自己則率領大軍一路跟蹤回民軍。不料就在黃鼎率隊跟蹤回民軍的途中，幾千名回民軍的騎兵驟然殺到，黃鼎鎮定自若，他稍稍整理隊形，然後下令拔隊迎擊。
回民軍見狀反身而走。黃鼎率部一直追到白吉原，回民軍首領餘彥祿、馬正和等人率主力分十路迎擊，黃鼎令部隊分頭接戰。不久，追擊部隊從四麵彙合，結為方陣，向前推進，槍炮齊發。回民軍遭到重創，漸漸撤退。副將馳入回民軍陣內，斬殺將領，回民軍失勢潰逃。雷正綰和張嶽齡分路攔截，回民軍餘部撤向宮河。
在此期間，老湘營有四營發生兵變。
當初劉鬆山從永寧率部渡河時，在永寧軍用渡口開設糧局，後來從綏德前進，又分兵留守綏德，逐次遞運，直達靖邊。軍士們輪流往返，散布在幾百裏之間，哥老會會黨趁機進入軍營，煽動軍心誘發嘩變。
3月25日，老湘營中的哥老會會黨煽動官兵，並劫持四營襲入綏德州城。此時劉鬆山駐紮在靖邊，安撫投降的回民，聽說部隊嘩變，火速從瓦窯堡折向南邊，抵達清澗，派部將曹義勝先進綏德城。中軍聽說統兵大將將到清澗，心中大喜，乘夜殺死一百多名會黨，被脅迫的軍士群起綁縛叛卒，將他們馳送清澗。由於劉鬆山采取了斷然措施，再加上一部分官兵的自覺抵製，這件事便暫時告平息。
然而，不久之後，兵變又再次發生。哥老會成員丁玉龍糾合營勇突入清軍楊店軍營，殺死將領高連升，脅迫各營全部嘩變。第二天，桂錫楨率部會合周紹濂部迎戰叛軍，殺死幾百人，叛軍先後有兩千多人投降。當晚，回民軍也殺到山河鎮，劉倬雲令軍士假裝叛卒，將回民軍招來，予以重創。不久，各部都將反叛者捕到。左宗棠下令將帶頭反叛者77人處以磔刑，並作《祭高勇烈公文》，以祭奠高連升。