哀痛不已的左宗棠決定將軍心不穩的高連升舊部加以改編，將這支部隊分解開來分別編入魏光燾和李輝武隊伍。
當劉鬆山的部隊突發兵變時，山西巡撫鄭敦謹和將軍金順等人已經迅速奏報清廷，不過他們將事實大大誇大了。不久，高連升部也發生兵變，朝野震驚。很多朝廷大員都認為左宗棠的整支部隊都處在崩潰的邊緣。禦史宋邦僡上奏說，湘軍已經不能再用於西北作戰，應當遣散他們，就地招募兵員。曾國藩上疏，極力為劉鬆山辯護，力言劉鬆山可靠。清廷下詔詢問左宗棠，左宗棠也表態堅決支持劉鬆山。劉鬆山因而得以保全，才能在日後多立戰功。
此後，左宗棠通過偵查得知回民軍將會把老弱人員遷到金積堡。於是，他當機立斷，下令各部準備好糧草，密切關注回民軍的動向，回民軍一有動靜，無須報告，直接全力追擊。不出左宗棠所料，回民軍果然向驛馬關、三叉河方向移動。當天，雷正綰和黃鼎部偵知回民軍精銳還埋伏在董誌原，於是，他們兵分四路，向三不通推進，又派楊世俊、陳義率二千五百人從小道攻取道蕭金鎮，前往鎮原。
回民軍憑借地勢抵抗清軍的進攻。兩軍交鋒，回民軍的炮石如雨點般落下，清軍騎兵無法前進。黃鼎見狀，指揮步兵從左右兩側越過壕溝，從背後攻擊回民軍。回民軍準備不足，陣腳大亂。清軍全力進攻，回民軍全線潰散。原上的回民軍出來接戰，也被敗軍衝亂，一起狂奔而走。黃鼎等部乘勝追擊，順勢攻下董誌原及焦村、石社、蕭金鎮等回軍寨堡。此役，回民軍大敗，屍骸枕藉，填塞山原，餘部北撤前往西峰鎮。
第二天，黃鼎等部繼續出擊追趕回民軍。追擊途中他們得知回民軍一部從驛馬關前往環縣，另一部則從蒲河川奔向三叉河，於是清軍也相應分兵，黃鼎與馬德順兩部前往環縣，雷正綰、李耀南兩部則前往三叉河。當天經驛馬關，黃鼎與馬德順部在黨家腰嶮前追上回民軍。由於前方有深溝阻擋，回民軍大隊互相擁擠，黃鼎等部又從後麵追殺，大批回民軍都墮入了坑塹之中，軍隊潰散。
不久，雷正綰、李耀南兩部在三叉河追上回民軍，沿途斬殺甚多。追到洪河川時，偵知回民軍已經遠去，才班師返回。此役，解散難民一萬多人，回民軍戰死者多達三萬。慶陽和涇川一帶得以全部平定。
隨即，左宗棠分兵進駐各地，挑選行政官員，招回流亡民眾，發給糧食、種子和農具。經過一番努力，陝西北山以北的地區已經安定下來。
就在魏光燾、劉端冕兩部接左宗棠命令西進慶陽整軍待發之時，忽然抓到撚軍餘將袁大魁的一名部屬，此人供稱袁大魁已經逃到了保安的老岩窯，憑險結塞，偵察清軍動向，不時乘虛出兵剽掠。
於是，魏光燾令此俘虜當向導，進軍老岩窯。老岩窯麵臨洛水，山高穀深，壁立千仞，窯洞孤懸於其中。袁大魁還在窯洞左右設立了木柵，外麵都是深塹，隻有放下小橋才能出入。窯前有一道石磴，迂回曲折。袁大魁還建了一座水樓，瀕臨洛水，作為外郛。守軍從樓上發射火槍，可以擊傷外麵的人。老岩窯可謂地勢險要，防備森嚴。
魏光燾等部連續仰攻幾天，始終無法攻克老岩窯。經過一番商議，他們決定在水樓下堆起柴薪，假裝要發起火攻，暗中卻派部隊在岩頂鑿石，設立柱子，牽掛繩索，挑選壯士攀繩而下。老岩窯的守軍遭到突襲，亂成一團。湘軍趁機短兵殺入，混戰中袁大魁被殺，守軍餘部大多數都墮下懸崖溝壑身亡，幾乎無人幸免。老岩窯據點就此被鏟平。
同一時間，其他戰場的清軍捷報不斷傳來。宜川和延長等地的回民軍餘部被郭寶昌等部擊敗。如此一來，陝西境內的叛亂終於全部平定。