��蓧 看到西北這岌岌可危的形勢，左宗棠並未獨善其身，而是秉承一顆拳拳之心，以垂暮之年挺身而出，毅然而決然地承擔起收複新疆的重任。
隻是要想一舉收複淪陷十多年的新疆，又談何容易！擺在左宗棠麵前的困難可謂是不勝枚舉：首先，既要在國庫空虛、財政拮據的前提下籌措巨額軍費，又要在軍糧無著落、路途限險的條件下籌辦糧料、軍需物品及其運輸；其次，還要在政敵攻訐、謗聲四起的逆境中冒著政治風險，同狡詐凶殘的阿古柏匪幫以及俄國和英國兩個殖民強盜作堅決鬥爭。
對於左宗棠的新使命，署兩江總督劉坤一在致左宗棠函中稱此為\"任天下之至重，處天下之至難\"，左宗棠後來也曾談到當時的境況：
臣本一介書生，辱蒙兩朝殊恩，高位顯爵，出自逾格鴻慈，久為生平夢想所不到，豈思立功邊域，覬望恩施？況臣年已六十有五，正苦日暮途長，乃不自忖量，妄引邊荒艱巨為己任，雖至愚極陋，亦不出此！而事顧有萬不容己者：烏魯木齊各城不克，無總要之處可以安兵；烏魯木齊各城縱克，重兵巨餉，費將安出？......伊犁為俄人所踞，喀什噶爾各城為安集延所踞，事平後應如何布置，尚費綢繆。
無疑，左宗棠用兵新疆，\"引邊荒艱巨為己任\"之舉，正是出於心懷天下的高度責任感。盡管征途坎坷，困難重重，但他義不容辭地擔負起收複新疆的曆史重任。在當時的情況下，能夠承擔起收複新疆重任的唯有左宗棠。對此，就是左宗棠本人也十分清楚。他在家書中說：
現奉諭旨督辦新疆軍務，應預籌出關駐節。衰病餘生，何能擔荷重任？惟密諭\"英、俄有暗約擾我西路之說，英由印度窺滇之騰越，俄窺喀什噶爾，使我首尾不能顧\"。......此時西事無可恃之人，我斷無推卸之理，不得不一力承當。
作為陝甘總督，左宗棠對於毗鄰地區新疆的局勢一直是十分關注，早在朝廷決意西征的幾年前，他就已經開始著手做軍事上的準備了。在受命出兵收複新疆以後，他更是加緊進行了一係列戰爭準備。自古用兵西域，都把兵精、餉足作為先決條件，兵精則軍需少，餉足則軍糧豐。左宗棠也不例外。總的來說，他在出關前的舉措主要包括進行軍事部署和準備後勤保障兩個方麵。
在軍事部署方麵，左宗棠注意從精減人員提高戰鬥力和製訂作戰計劃兩點入手。
首先，他抓緊時間對軍隊進行精減。左宗棠在\"關塞用兵，在精不在多\"思想的指導下大力整編軍隊，他將原來就已經部署在新疆的金順、景廉等部九十營的兵力裁減到二十三營，又將穆圖善、文麟等戰鬥力不強的部隊全部遣散，還對自己的嫡係部隊也大事整編，剔除空額，汰弱留強，由一百八十餘營減至一百四十餘營。
整頓隊伍精減人員這不但從根本上確保了入疆部隊是一支精兵，而且也減少了糧餉供應的負擔。除此之外，鑒於阿古柏已經得到英國的軍火支持，俄軍的裝備比較先進，左宗棠相應地也積極改善部隊的武器裝備。他除了在西安、蘭州機器局下令大量仿製洋槍洋炮，還在上海、漢口、西安等地設立機構來采購西洋軍火。
在收複新疆的戰略構想方麵，左宗棠認為應該分兩步走，即首先平定北疆，接著再奪回南疆。他根據新疆的地形時分析說：\"天山南北兩路\"，\"北可製南，南不能製北\"。左宗棠召集各軍\"分統來蘭會商辦法\"，共同討論軍事問題，令劉錦棠\"自定出關馬步二十餘營，以緩進速戰為義\"。
隨後，左宗棠確定了消滅阿古柏勢力收複新疆的具體步驟。他指出：\"此次進兵，先北路而後南路。如大軍攻剿古牧地烏垣、紅廟一帶，帕夏敢赴北路之援，官軍猛打數仗，自可挫其凶鋒。將來下兵南路，聲威已張，或易著手。\"