豽���新疆，自古以來就是我國領土不可分割的一部分。中國文獻中所說的\"西域\"，就是指新疆以及與之相連的地區。漢武帝建元二年和元狩四年，就是公元前139年至公元前119年，曾經派遣張騫兩次通商西域。
漢宣帝神爵二年，就是公元前60年，西漢政府在烏壘城，就是好後來的新疆輪台縣東，設置\"西域都護\"，代表中央政權行使權力。東漢初，繼續在西域設立都護，同時在高昌壁，就是後來的新疆吐魯番東，設立戊校尉和己校尉，加強管轄。
漢和帝永元三年，就是公元91年，任命班超為西域都護，駐節龜茲，就是後來的庫車西南。以後班超、班勇父子在曾任西域長史，在西域幾十年，為民族和睦、祖國統一做出了重要貢獻。
魏、晉、南北朝時，中原地區處於分裂狀態，但西域和內地仍然聯係密切。南北朝時期，前涼張駿曾於西域置高昌郡，就是後來的吐魯番東南，這是天山南路設郡縣之始。
唐太宗貞觀年間，曾於高昌交河城，就是後來的吐魯番西二十裏處，設安西都護府，高宗顯慶三年，就是公元658年，安西都護府遷到龜茲（今庫車），統領龜茲、於闐（今和田）、疏勒（今喀什）、碎葉（今中亞托克馬克）四鎮。唐朝討平了突厥貴族軍事政權後，管轄著整個西域地區。
元朝統治時期，西域和內地往來頻繁，大批西域人內遷，形成了一個信奉伊斯蘭教的新民族--回回民族，當時有所謂\"回回遍天下\"之說。明朝建立後，洪武、永樂時曾在新疆地區設立八個衛所，行使管轄權。
清朝乾隆年間，通過平定準噶爾部的叛亂和消滅天山南路大、小和卓木的勢力，統一了天山南北。平定叛亂後，清政府在新疆設伊犁將軍，管理天山南北軍政事務，又設參讚大臣駐惠遠，領隊大臣駐惠寧（伊寧），派都統駐烏魯木齊，並設迪化州和鎮西府（巴裏坤）。在南疆，則於喀什噶爾（今喀什）派駐參讚大臣，並於葉爾羌、和闐、庫車、阿克蘇等十一城設辦事大臣、領隊大臣，各地伯克仍處理本族事務。
在漫長的曆史中，新疆地區同內地的政治、經濟、文化的聯係綿延不斷。其中雖也出現過分裂、割據局麵，但在西方侵略勢力東來以前，這仍然屬於中華民族的內部事務。隻是隨著沙俄不斷向東擴張和鴉片戰爭後西方資本主義入侵，情況才發生了根本變化。此後，新疆某些懷有政治野心的封建主，往往為一己私利投靠外國侵略勢力，出賣民族利益，為外國侵略者奴役中華民族推波助瀾。
新疆地處邊陲，是兄弟民族聚居地區，清朝政府在這裏設置的各級官吏，多半與當地封建主相勾結，對各族人民進行殘酷壓榨，使階級矛盾日趨尖銳。
政府的勒索主要是向農民征收糧食、布匹等實物、差派徭役和各種賦稅。比如南疆的農民每年額征糧食達六萬六千餘石，大布十四萬匹；伊犁的維吾爾族屯田農民其額租竟占到收獲量的百分之七十；差派徭役名目繁多，如修橋鋪路、治河築城、運送物資、開采礦物以及承擔官員、貴族的迎來送往等。
鹹豐年間，清廷財政極其困難，各種附加稅也在新疆相繼出籠：鹹豐二年，就是1852年，吐魯番開征棉花稅；鹹豐六年，就是1856年，烏魯木齊征鹽課，伊犁始征商稅；鹹豐七年，就是1857年，伊犁、塔爾巴哈台、阿克蘇等地征茶稅；鹹豐八年，就是1858年，阿克蘇征布稅；同治元年，就是1862年，烏什私征鹽課。如此等等，不勝枚舉。
除清政府的盤剝外，當地的王公伯克、宗教頭目對農牧民的剝削壓迫也十分殘酷，平時，阿奇木伯克，這裏指的城鎮或鄉村之長，總理當地一切事務，\"貪婪無厭，恣意索取，民多不堪\"。曾任甘肅布政使的張集馨在敘述鹹豐七年（1857）西北情況時，曾對統治者的胡作非為描述道：
各城辦事大臣，半係不學無術，而東三省人尤為貪悍，或奸淫回婦，竟不放歸；或遇事科求，肆行灑派。伯克本由納賄而得，回性貪黷，將虧取贏，是以大臣要求一石，伯克則科派數百石；要物一件，伯克則科派數百件。各莊小回，積怨入骨，......京中各門侍衛，在京苦累，及為辦事大臣，任滿回京，無不箱囊充牣。又有專跟辦事大臣家人，熟悉國外情形，聚斂稔惡，大為民害。
新疆各族人民為了自己的生存，隻有奮起反抗。同治三年就是1864年，庫車地區首先燃起了回族、維吾爾族的武裝反清鬥爭火炬，並迅速擴展到天山南北。
在起義過程中，一些本地民族的封建主和宗教上層頭目取得了領導權，他們改變起義方向，鼓吹\"聖戰\"，打出\"排滿、反漢、衛教\"的分裂旗幟，先後在新疆建立了五個封建割據政權。這就使新疆地區出現了混亂局麵，一方麵，那些割據政權的頭目竭力煽動民族仇殺；另一方麵，他們又為爭權奪利、擴大地盤彼此廝殺，征戰不已。一個於同治十二年（1873）到過伊犁河穀的英國人說：
在烏魯木齊\"共約有十三萬滿族人和漢族人被殺了\"。當伊犁被攻破時，\"裏麵有七萬五千居民和軍隊在一起，當天晚上沒有一個活命留下\"。
新疆地區這種混亂局麵給遠在浩罕的阿古柏匪幫和沙俄軍隊的入侵造成了可乘之機，進而出現了震驚全國的西北邊疆危機。
浩罕是鄰近我國新疆西部的一個中亞汗國。十九世紀中葉，該國政治混亂，沙俄乘勢入侵，處境十分狼狽。同治三年八月，就是1864年9月，喀什噶爾回族封建主金相印夥同柯爾克孜族布魯特封建主司迪克派人去浩罕，要求迎回原南疆叛亂分子張格爾的兒子布素魯克。十二月，就是1865年1月，浩罕軍事首領派部下軍官阿古柏，同布素魯克一道帶著六十八名親隨越過邊界進入新疆。
阿古柏是一個名副其實的野心家、陰謀家，他在浩罕軍界任職多年，並以縱橫捭闔、翻雲覆雨的手段成為浩罕政治舞台上的風雲人物。他侵入南疆後，於同治四年（1865）二月趕走司迪克，強占喀什噶爾新城，取得了入侵我國後的第一個立足點。接著，阿古柏又攻占英吉沙爾。