這年秋天，一支在塔什幹被俄軍打敗又被內部異己勢力追擊的浩罕敗兵七千餘人竄進我國，投奔阿古柏，更加強了阿古柏的力量。不久，阿古柏軍又占領葉爾羌、和闐。同治六年（1867）夏，他們繼續向東，奪取阿克蘇、庫車。同治九年（1870）秋，攻占達阪城，又攻陷吐魯番和烏魯木齊，並襲取瑪納斯，從而霸占了新疆的大部分土地。
阿古柏在他占領的地區建立一個叫作\"哲得沙爾\"的\"汗國\"，從而開始了他對占領區野蠻、黑暗的殖民統治，當地各族勞動人民大批淪為奴隸，有記載說：
奴隸製在喀什發展到了相當大的程度，單是巴達烏列特本人就擁有三千名以上。不管是被征服的和部分變為奴隸的漢人、回人和卡爾梅克人，從巴達克山和其他與\"哲得沙爾\"相鄰的獨立領地運來的人都在喀什市場上出售。
有勞動能力的奴隸每名售價不超過四十天罡，天罡是當時流通於南疆的錢幣，每天罡約合白銀一兩。
在阿古柏占領區，賦稅極為繁重，\"農民在交納賦稅之後，隻剩下收獲的二分之一，有時隻剩下四分之一\"。除正稅外，還有許多名目的附加稅，迫使農民\"變賣土地、牲畜，甚至賣了家中的鍋碗來交納稅款\"。
佃農的生活就更加困苦，他們除了要向阿古柏政權納稅外，還要\"把淨收成的四分之三交給地主作為地租\"。烏魯木齊、瑪納斯一帶被阿古柏攻陷後，那裏也是\"嚴刑厚斂，稅及園樹\"。
為了維持這種極其殘酷的經濟掠奪，阿古柏在他的控製區推行恐怖的特務統治。他建立了一支龐大的密探隊伍，嚴密監視社會各階層的言行，使\"社會各階層普遍存在著疑懼\"，\"都終日惴惴不安，因不知與他進行最友好談話的鄰人是否正在詳細推究他的語言，以便發現其中是否有任何圖謀不軌的形跡\"。
俄國總參謀部的一個情報軍官普爾熱瓦爾斯基上校在阿古柏占領區做了一番\"考查\"後，於光緒三年四月二十五日，就是1877年6月6日，寫了一份《關於東土耳其斯坦的現狀》的報告，認為\"阿古柏伯克的殘酷太過分了：
在他統治的地區內死刑是最平常的現象，他把人民隻看成是一群奴隸，可以在他們身上敲骨吸髓。在現今的南疆是很難生活的。無論是人身安全，還是財產，都沒有保障；密探活動達到駭人聽聞的程度；人人都為明天而擔心。管理機關的各個部門都肆意橫行，沒有真理，也沒有講理的地方。
安集延人不光搶奪居民的財物，甚至搶掠他們的妻女。賦稅之重是驚人的，同時收稅人也沒有忘記為自己搜刮。\"
同治九年，就是1870年，阿古柏勢力擴展到烏魯木齊後，他們又在那裏\"大殺回、漢居民，而遷其餘於南疆\"。
阿古柏政權是外國侵略者在我國新疆建立的殖民政權，它對維吾爾、回、漢各族人民\"極為嚴刻，出一謀，決一策，除師心自用外，非霍罕（即浩罕）人不能妄參末議。即設官選將亦霍罕人居多\"。
普爾熱瓦爾斯基更在他的報告中概括說：
安集延人是各城市的統治者，是軍隊的長官，是收稅人和國王本人的衛兵。
阿古柏匪幫的殘暴是令人發指的，有記載說：
這夥匪徒自竊踞南疆後，\"殺人不以梃刃，有所仇惡，輒餌以毒藥，登時斃命。纏回（指維吾爾族）幼女自八歲以上悉被奸淫，死者十常七八，又誅求無厭，終歲取盈。其最慘者，纏回亡一家長，安夷（安集延人）酋長恫喝之曰：''''爾家財產係爾家長所積，家長既亡，應將財產悉數充公。''''有不繳者，則非刑吊拷，一旦夕間，而纏回人亡家破，流離失所矣！\"南疆人民\"莫不痛心疾首，飲憾至今！\"
阿古柏的暴政和浩罕貴族在南疆的特權地位，也加劇了他們與土著上層分子的矛盾，一個伯克的嗣子不勝感歎地說，在清朝統治時，\"什麼都有，現在什麼都沒有了\"。
阿古柏匪幫的倒行逆施，不但讓新疆各族人民陷於水深火熱之中，也把他們自己推上了絕路。他們在新疆的罪惡統治，必然會由中國各族人民通過民族解放戰爭的方式加以摧毀。
新疆問題之所以嚴重，主要是由於英、俄兩國的插手。十九世紀的英國和俄國，是當時爭霸世界的兩個殖民強國，它們一個想南下波斯灣，控製印度洋，實現彼得一世的\"遺願\"；一個想維護既得的殖民利益，不許他國染指。這一角逐到了十九世紀中葉，由於雙方都在向中亞推進，就更顯得劍拔弩張。
十九世紀四五十年代，沙皇俄國為擺脫農奴製的危機、阻止國內革命及開拓國外市場，推行瘋狂的對外擴張政策，正如恩格斯所說，沙俄是不會在擴張的道路上中途止步的，它必然是\"一次征服繼之以又一次征服，一次吞並必然繼之以又一次吞並\"。
在亞洲地區，中國是它進行擴張的重要目標。它在中國東、西部左右開弓，加緊了武力掠奪。在第二次鴉片戰爭期間，沙俄侵占了我國黑龍江以北、烏蘇裏江以東的一百多萬平方公裏領土，繼之又於同治三年十月，就是1864年11月，在塔城迫使清政府接受它一手炮製的劃界方案，簽訂《中俄勘分西北界約記》，又侵奪我國西北邊疆四十四萬多平方公裏的領土。
與此同時，沙俄還把侵略矛頭指向中亞三個獨立汗國浩罕、布哈拉和希瓦。同治四年（1865）五月，俄軍占領浩罕的塔什幹城，迫使浩罕成為它的附庸。同治五年（1866），俄軍又進攻布哈拉，並於兩年後占領撒馬爾罕城。同治六年（1867），沙俄在塔什幹城設立\"土耳其斯坦總督府\"，下轄七河省和錫爾河省，任命考夫曼為總督，積極推行侵略中國的政策。