沙俄早就覬覦著我國南疆地區，進入十九世紀中葉，它逐步形成了奪取喀什噶爾的基本構想。道光二十七年，就是1847年，俄國外交部認為：
喀什噶爾作為商業中心，有許多超過恰克圖的優越性；此外，就其地理位置而言，它具有極其重大的政治意義。
所謂\"極其重大的政治意義\"無非是說俄國控製了這一地區就將在與英國角逐中亞的鬥爭中占據優勢地位。因為從這裏進可經帕米爾、克什米爾威脅英屬印度，退足以阻遏英國勢力向北擴張。
十年後，俄國外交部亞洲司司長科瓦列夫斯基在一份題為《喀什噶爾的時局和我們的態度》的報告中重申，喀什噶爾\"在政治上，不論對俄國還是對英國，都有重要意義\"。因此，俄國當局力圖在我國南疆地區建立一個受俄國庇護的、脫離中國的傀儡政權。
而英國自從征服印度後，對喀喇昆侖山北麵的我國南疆地區也是垂涎三尺。同治四年，就是1865年，英屬印度測量局的官員約翰遜從列城潛入和闐，同和闐割據政權相勾結。隨後，又有一個叫海沃德的英國人偷偷溜到葉爾羌和喀什噶爾搜集情報。同治七年就是1868年，英國人羅伯特?沙敖在英印政府支持下進入南疆活動。
阿古柏政權在南疆的出現，自然引起了英、俄兩國的極大關注，它們都力圖把這個政權置於自己的控製之下，作為自己戰略棋盤上的一枚卒子。尤其是沙俄，更利用其地理位置優越的條件，采取咄咄逼人的進攻態勢。
同治七年，就是1868年，沙俄占領撒馬爾罕後，就開始在與阿古柏毗鄰的納倫河邊築起了繼續前進的碉堡。心懷疑懼的阿古柏，也在這一年把自己的侄子派往阿拉木圖、塔什幹和彼得堡，尋求與俄國達成諒解的途徑。但由於阿古柏不滿沙俄在\"承認\"問題上的曖昧態度，雙方未能成交。
同治九年，就是1870年，沙俄策劃對我國南疆地區進行軍事遠征，隻是由於新被征服的浩罕發生騷動，俄軍才改變了進擊方向。這一年，阿古柏侵占烏魯木齊，進入北疆 ，沙俄認為阿古柏有可能在伊犁\"建立親英的統治\"，於是決定對伊犁進行軍事占領。
同治十年正月初四日和正月二十四日，就是1871年2月22日至3月14日，沙皇政府召開了兩次特別會議，正式做出入侵伊犁的決定。三月二十六日，就是5月15日，集結在伊犁邊境西部的俄軍無視中國主權，分兩路攻入伊犁地區。
七月初，割據伊犁的\"蘇丹\"政權投降，沙俄為其鯨吞整個新疆奪取了一個重要的橋頭堡。緊接著沙皇政府又展開了外交攻勢，一個以總參謀部大尉考利巴爾斯為首的代表團，於同治十一年（1872）五月到達喀什噶爾，與阿古柏簽訂了通商條約，以承認阿古柏政權為交換條件，獲得了在南疆通商、\"訪問\"，設立商務官員和抽不超過按價格百分之二點五進口稅的權益。但時隔不久，沙俄卻發現它在同英國的競爭中落後了。
英國為了與沙俄抗衡，加緊了對南疆的滲透，一個著名的英國殖民者羅林森曾這樣說：
如果俄國以武力或經當地統治者的要求，在東土耳其斯坦（指新疆）建立一個保護國，如同在烏孜別克諸汗國所建立的保護製度一樣，並經由西藏和瓦堪分別與克什米爾和喀布爾發生接觸，那麼，毫無疑問，對英國是不利的。因此，即使不考慮到商業方麵，我國的利益顯然在於維護愛彌爾。
同治十二年十二月二十五日，就是1874年2月2日，一個英國使團在\"訪問\"喀什噶爾後，與阿古柏簽訂了一項對英國十分有利的條約，規定英國人可隨意進入阿古柏占領的任何地方，並\"享有當地臣民或最惠國公民所享有的商業方麵的一切特權和便利\"。
英國從印度進入南疆的貨物不受開包檢查，英國政府還可以在阿古柏統治區派駐一名外交代表和一名商務官員；此外，英國人還得到在南疆購買和出售土地、房屋、倉庫的權利。
由於阿古柏對沙俄滿懷疑懼，因而希望得到英國的庇護。他卑躬屈膝地對英國使節茀賽斯表示：
女王就像太陽一樣，在她的溫和的陽光裏，像我這樣可憐的人才能夠很好地滋長繁榮。我特別希望獲得英國人的友誼，這對我是不可少的。
茀賽斯表示英國承認阿古柏是\"喀什噶爾和葉爾羌地區元首\"，還為他帶去了兩門小炮和各種槍支，又說：\"如果需要的話，還可以派一個領事和一兩萬名武裝軍隊駐紮在喀什噶爾保護你。\"不僅如此，英國還指使它的附庸土耳其蘇丹向阿古柏提供軍事、政治顧問。
綜上所述，可見收複新疆的鬥爭，不僅是要粉碎阿古柏入侵勢力，而且要同野心勃勃的英、俄兩霸較量。
在外來侵略者的血腥統治下，天山南北各族民眾迫切希望得到中央政府和漢族等各兄弟民族的支援，以解除他們的痛苦。他們按照自己的願望，傳播著\"漢人就要來了\"的信息，\"日夜盼望著漢人，為漢人做著祈禱\"，當時還流傳著這樣一段寓意深刻的故事：
喀什伽師地方有個農民在犁地撒種子時，有人問他：\"喂！朋友，請問你在種什麼？\"
那個農民回答說：\"還要種什麼！種的是赫太依（或譯\"和台\"，指漢人）。\"問話的人微笑著高興地走了。
甚至，還有一些人跋山涉水，長途奔走，逃往中原內地，到北京向清朝政府呈報情況，像阿不都熱依木和蘇甫爾隔兩人就是在北京住了兩年半後，才隨同西征大軍回到了喀什。在當時，驅逐外來侵略者，收複新疆，成了全國各族人民的共同心願，也是清朝政府中具有愛國思想的官員最為關心的一個問題。