不過，從河西走廊運糧到阿古柏占據的烏魯木齊路程約八百五十公裏，運費差不多是糧食原價的二十倍，要為進抵烏魯木齊的數萬大軍提供糧食，每年僅運費一項就得多支出二百萬兩白銀以上，更何況阿古柏的巢穴喀什遠在一千八百公裏之外。財政窘迫的清廷下詔\"隻要邊地安寧，朝廷何惜千萬金\"，允許左宗棠自借外債。
1876年起，由\"紅頂商人\"胡雪岩經手，左宗棠向英國彙豐銀行先後借款四次，總計白銀一千五百九十五萬兩。借外債打仗，實屬不得已而為之，左宗棠自己也承認借外債是\"仰鼻息於外人\"。但終究避免了因財力不濟，使西征大業功虧一簣的嚴重後果，也算是兩害之中取其輕了。
阿古柏得知清軍西進的消息，即由阿克蘇親自趕至托克遜部署防禦：他以白彥虎、馬人得等率部分守烏魯木齊等北疆要地，阻擊清軍；以一部兵力防守勝金台、辟展一線；主力分守達阪、吐魯番。各地駐兵為喀什噶爾四千八百人，葉爾羌及英吉沙爾四千人，和闐三千人，阿克蘇一千二百人，庫車一千五百人，庫爾勒二千二百人，達阪城九百人，吐魯番一萬八千五百人（其中團練一萬人），托克遜六千人，烏魯木齊六千人，山地卡倫及各地城堡二千人，總計約五萬人。
至少從表麵上看，阿古柏的軍隊實力相當不弱。他的軍隊總兵力達五萬多人，由騎兵、步兵和炮兵組成，此外，還有一部分抬槍兵。除了火繩槍這種當時已經過時的古老火器之外，阿古柏軍隊從英屬印度和奧斯曼土耳其帝國獲得了一萬多支恩菲爾德M1853前裝線膛槍和斯奈得－恩菲爾德M1866後裝線膛槍。
前者在當時雖然稍顯落伍，但這種口徑0.577英寸的線膛槍曾是當時英軍的製式步槍，它的性能可靠，射擊精度高，堪稱前裝線膛槍的完美謝幕；後者則是從前者改造而來，是當時的一流武器。炮兵部隊主要使用克虜伯和阿姆斯特朗等較先進的火炮。
這些武器主要來自英國，一部分來自俄國與奧斯曼土耳其帝國。阿古柏的軍隊就武器裝備而言比較精良，而且騎兵約占總人數的三分之一，因而火力和機動能力較強。而且由於伊斯蘭教宗教信仰濃厚，所以士兵的戰鬥力確實較為強悍。
盡管武器裝備相當精良，浩罕人也一直以善戰之名而著稱於天山南北，但其實阿古柏統帥的部隊隻不過是隻\"紙老虎\"罷了。一方麵，追隨阿古柏而來的浩罕人在軍隊裏享有大量特權，十五個最高級軍官\"艾米爾\"中，竟有十四個是浩罕人；另一方麵，備受歧視和壓迫的其他各族士兵們則士氣低落，時常有逃亡現象發生。庫羅巴特金就曾一針見血地指出：\"從阿古柏軍隊的士氣看，它不適於打硬仗。\"
1876年8月，收複新疆之戰正式打響。8月10日，劉錦棠和金順率領大軍兵發阜康，聲東擊西，向敵軍發起夜襲，出其不意地逼近烏魯木齊北麵重地古牧地。
進軍古牧地有大小兩道可走。大道地勢平坦，行軍方便，但是要經過五十裏缺乏水源的戈壁灘；小道水源充足，但阿古柏的軍隊早已在此嚴密設防。阿古柏意在迫使清軍從大道行軍，待到清軍人馬渴乏之時乘機攻擊。清軍得悉情況之後將計就計，佯裝從大路進兵，待守軍鬆懈大意之後乘夜由小道奇襲，阿古柏軍猝不及防，狼狽逃回古牧地，清軍初戰告捷。