南疆平複後，如今擺在眼前的問題就是如何收複伊犁河穀。這個時候，清廷政府得到了駐北京的俄國公使的通知。中國還有一些懸而未決的問題，伊犁是否歸還，則取決於中國怎樣解決這些問題。對於當時清廷政府來說，這就是一個晴天霹靂。
左宗棠是一個很自我的人，如果在他職權範圍內的事務被別的官員插手，他會特別反感。同時，左宗棠也是一個極其自律的人，他不會插手別的政府部門的職權內事務，特別是在關係到外交事務的時候。
左宗棠認為，總理衙門應該出麵處理伊犁問題。他多次給總理衙門寫信，就應該怎樣處理伊犁問題發表自己的意見，但他極為謹慎地防止新的問題出現在自己的管轄範圍內，這樣也是為了避免在這麼關鍵的時候，給外交部門增添麻煩。他手下那些在新疆獲得勝利的將領此刻熱情高漲，個個鬥誌高昂，要和俄國一較高下。
身為名義上的伊犁巡撫，金順給左宗棠寫信，說現在這個機會正好，最好現在就把俄國人趕出伊犁，因為伊犁地區的許多俄軍已經被抽掉前往俄土戰爭，現在兵力空虛。
左宗棠則告誡金順：第一，我方現有部隊數量不足；第二，我們想要收複伊犁，先要嚐試所有和平的手段，如果都沒取得成功，才能考慮戰爭。更何況，就算中國軍隊憑現在的武力能夠收複伊犁河穀，也要記住，俄土戰爭的持續時間不會太長，戰爭結束後，俄國人派出的兵力將是中國人無法抵擋的。他囑咐金順一定要謹慎從事，千萬不能公然向伊犁河穀進軍。
這時，白彥虎在伊犁河穀露麵了。劉錦棠想要獲得俄國人的允許，然後派軍隊前往伊犁地區緝拿他。左宗棠勸說劉錦棠打消這個念頭，他說，現在最為重要的事情，是讓俄國人信守他們的承諾，並且不讓他們得到任何把柄，說中國人曾經強行進入了他們已然占領的土地。然後他又給總理衙門寫信，請他們對俄國提出要求：將白彥虎逮捕起來並移交給中國政府。這個要求沒有得到俄國的回複。
左宗棠催促總理衙門，要盡快和俄國進行談判，因為回民軍在俄國人的唆使下不斷越過邊界進行搶掠，迫使中國邊防軍與之不斷進行戰鬥。如果任由這種事情持續下去，意外事件就難以避免，而後果則是難以預料的。
朝廷認為，這時候必須向俄國派出一名特使，前去談判伊犁問題了。他們為這項任務挑選的是滿人崇厚。這個人曾經被派往法國，目的是為1870年的天津事件道歉。1879年4月，他抵達了俄國。從抵達俄國的第一天起，他就開始思念家鄉，很快，這個情況就被俄國人掌握。他們故意與他拖延、周旋，直到他再也沒辦法忍受這裏，急切地想要回國。他們提出，要和大清討論三個條款，一個是商業條款，一個是勘定邊界條款，最後一個是自1871年以來他們維持伊犁河穀駐軍的費用條款。
俄國人要求開通貿易路線，這條路線貫穿漢口、烏魯木齊、哈密、和朱古察克等地；他們還要求，在塔裏木盆地中的所有主要城市和肅州建立俄國領事館，還要給領事們派衛隊。關於邊界的勘定，他們堅持要將特克斯河穀的上部據為己有，這樣他們就可以將通向南路的納拉特關和穆紮特關控製在自己手中。至於駐軍的費用，他們提出的是1,000萬盧布。
崇厚離開北京時並沒有得到十分明確的指令，因為他並不是一個訓練有素的外交官，更何況他急著回家。他並未察覺貿易條款當中有什麼不妥，新疆地區的地理他也不甚了解，認為這個條約中提到的特克斯河穀更不算什麼。但是他知道，銀子是個好東西，於是就這1,000萬盧布開始和俄國討價還價。俄國人將條約寫了下來，由於第一款和第二款的要求他們都得到了滿足，於是也就同意將駐軍費用補償減少到500萬盧布。夏末，在裏瓦幾亞，崇厚在條約上簽了字，還沒等到北京的批準便匆匆回國，1880年1月，他終於到家了。
當北京得知裏瓦幾亞條約的內容後，無人不為之震驚，舉國都起而反對。崇厚一回到他日思夜想的北京後，便遭人彈劾，官職也被罷免。皇帝下令將他推出午門斬首。後來，英國政府出麵替他求情，才得以撤銷這項判決。中國政府聲明拒絕接受此項條約中的任何條款，隻願意向俄方賠償駐軍費用。
但左宗棠認為，賠償500萬盧布實在是太多了。他給總理衙門寫了一封信，信中引用了一份1877年出版的英國報紙，這份報紙中提到，實際上俄國人對賠款的期望值隻有250萬盧布。在他看來，俄國人抬高要價，並一直在金錢問題上糾纏不清，更像是在廟堂進行義賣，對外交禮節有一定折損。
他對這次談判的條約深感失望，他說，為了爭取重開談判，另訂條約，到了現在這時候，除了在新疆加強軍備，已經找不到更好的辦法了。他聲稱要前往哈密，在瑪納斯和阿克蘇集結部隊，並使他們保持在最佳狀態。
他建議，如果俄國有做出讓步的跡象，中國也可以在某些方麵稍作退讓。可是，假如俄國人不肯做出退讓，中國的任何要求都沒有得到滿足，那奪回伊犁就隻能通過武力手段了，並且俄國要承擔由此引發的後果。在他的計劃裏，他會讓俄國人先出手，之後他將率領部隊傾盡全力。
在這一時期，關於俄國和中國伊犁問題談判的描述中，大多認為主戰派的首領是左宗棠，作為中國官員中的一個派別，主張在收複伊犁的事件中使用武力，與俄國開戰。
在外國人的描述中，普遍能得出一種印象，那就是李鴻章在外交方麵是非常聰明的，他不僅保證了伊犁的成功收複，還避免了和俄國開戰。