二江兄弟以及劉暄相繼被殺，蕭遙光開始沉不住氣了。他一邊故作鎮定，與蕭寶卷虛與周旋，一邊暗中派人與遠在江陵當刺史的二弟蕭遙欣聯絡，商議起事。兄弟倆開始在暗中招兵買馬，秘密組織。經過近一年時間的準備，一切安排停當，商定由蕭遙光首先占據東府城（建康三城之一，其他為石頭城，台城）立地為王，蕭遙欣由江陵帶領兵馬順江而下。然後於永元元年（公元499）八月初七裏應外合，攻進台城，一舉殺掉蕭寶卷，再取而代之。
起事的日期一天天臨近，蕭遙光仍然覺得心裏不踏實，便又去聯絡右仆射大將軍蕭坦之。蕭坦之說：“你要謀反，我不反對，此前我已回答過二江了，我不參與其中，也不反對。”蕭遙光見蕭坦之不予合作，又怕他暗中告密，於是便決定先殺了蕭坦之再行起事。當夜，蕭坦之光著膀子在家睡覺，忽然發現院牆外有了動靜，透過窗戶，他看到無數的兵器在星光下閃著寒光，一幫人正悄悄逼進他的住宅。蕭坦之嚇壞了，連忙光著身子跳窗而出，一路跌跌撞撞地向皇宮所在的台城方向逃竄。在台城城門口，蕭坦之遇到了正在巡夜的士兵，士兵並不認識蕭坦之，因見他赤著身子，驚惶失措，便將他扣押，送到衛隊長顏瑞那裏。顏瑞見到蕭坦之如此狼狽，不知發生了什麼事情，扯件衣服讓蕭坦之穿了，讓他慢慢訴說。蕭坦之驚魂未定，急急巴巴好不容易張開口來說：“蕭遙光，他，他，要謀反，快去報告皇上。”顏瑞說：“不可能吧，蕭遙光與皇上好得不得了，他怎麼吃錯了藥，要謀反呢。”但顏瑞還是親自悄悄前往東府城打探消息。果然發現東城府內戒備森嚴，蕭遙光的人馬正在緊張集結，似乎有什麼大動作。顏瑞知道，蕭坦之的話沒錯，蕭遙光果真是要造反。顏瑞連忙騎上快馬，奔進皇宮，將蕭遙光要謀反的事向蕭寶卷一一稟報。
蕭寶卷正抱著美人睡得正酣，聽到顏瑞的報告仍然不置可否。
而在蕭遙光那邊，部將們見蕭坦之從刀下逃脫，料知他現在一定已逃到台城向蕭寶卷報告，蕭寶卷一旦得知蕭遙光謀反，必定會派大軍前來鎮壓，遂建議蕭遙光立即動手起事，免得夜長夢多。然而蕭遙光雖準備多時，卻對決勝並無把握，他還在等待著，一是等待其弟蕭遙欣前來接應，二是期待台城內官兵自舉義旗，好裏應外合，一舉破城。
蕭遙光的猶豫，倒是讓蕭寶卷贏得了時間。一直到第二天清晨，當蕭寶卷從美人懷裏脫身，忽然想起昨晚有人稟報蕭遙光謀反事，立即召集大臣議論此事。蕭坦之將他的所見所聞一一訴說。蕭寶卷知道，蕭遙光放下大司馬不做，要謀反了。真的吃了豹子膽，蕭寶卷罵了句粗話，當即進行緊急部署，派徐孝嗣帶十萬官兵守衛台城，另派蕭坦之率十萬兵馬前去圍剿東城府叛軍。
一場皇親國戚之間的交戰正式拉開戰幕，這天是八月初七的清晨，占據了東府城的蕭遙光久久不見二弟蕭遙欣的人馬前來接應，隻好孤軍奮戰。蕭坦之一連攻打數天，雖不奏效，卻也並不著急。就在這時，蕭遙光內部發生兵變，幾名將領帶兵出逃，投降官兵；接著蕭遙光又接到一個壞得不能再壞的消息，從江陵那邊順江而下的二弟蕭遙欣在臨近建康不遠的采石磯（今安徽馬鞍山）附近遭遇狂風，戰船沉沒無數，蕭遙欣也不幸沉屍江底。蕭遙光仰天長歎：天滅我也！東城府守軍見蕭遙光氣數已盡，便轟隆一聲打開城門，蕭坦之率領大軍一舉攻進東府城，未經廝殺，蕭遙光的叛軍即潰不成軍。當官兵撲來時，推車的士兵扔下蕭遙光趕緊逃命，蕭遙光腿有殘疾，隻得束手就擒。