但是，夏超和周鳳岐並不打算合作，而駐守徐州的浙軍陳儀則公開宣稱決不移動。這樣一來，夏超便陷入內無應援、外無友軍的情形之中，加上夏超自己亦徘徊不定，便陷於孤軍深入的尷尬境地。浙軍方麵互相不合作，而孫傳芳部的宋梅村旅卻行動快速，很快開到嘉興，進逼夏超所部，夏超自知不敵，乃將省長印信交由省議會保管，拋下部隊逃往杭州。夏超的省長之位是孫傳芳給的，當時到浙江作戰前，孫傳芳曾向夏超示意，“寧棄江蘇也不願放棄浙江”，想不到夏超居然會在背後放火，孫傳芳於是懸賞十萬元通緝夏超。宋梅村的第十三團開入杭州之後即接管省署，將浙江保安隊繳械，孫傳芳同時任命陳儀為浙江省省長，宋梅村為杭州警備司令，夏超及許寶駒等的家產悉被查抄。隨後，宋梅村捕獲夏超，並將其秘密處死。
處死夏超以後，孫傳芳已經感覺到東南局勢複雜，加上南昌朝夕難保，南京岌岌可危，他也開始陷入矛盾之中。而此時東南地區的鄉紳開始為和平奔走，江蘇的張一麐和浙江的褚輔成是其中的代表人物，東南和平運動會派出張一麐和孫傳芳的總代表蔣方震在漢口舉行和談。但孫傳芳此時卻在主和與主戰之間搖擺不定，1926年10月下旬，有傳北伐軍總司令蔣介石在前線督戰時負傷，傷勢惡化，孫傳芳於是發出否認主和的通電，“既已戰矣，和複何為？且未和於未戰之先，未和於相持之時而和於敵軍潰敗之後，自計亦過甚矣”。
北伐軍便先行集中火力對付江西督軍鄧如琢，鄧如琢部在贛州、樟樹一帶被北伐軍擊潰，鄧如琢遂於樟樹棄守時通電宣布下野，其殘部由前敵總指揮蔣鎮臣接收，但是士氣低落，根本再難有什麼聲勢。在擊潰鄧如琢部之後，北伐軍遂集中全力進攻南潯鐵路的孫傳芳軍主力。南潯鐵路於1908年動工，其間幾度停工，到1916年5月才竣工通車，全長共135千米，共設九江、沙河、黃老門、馬回嶺、德安、永修、塗家埠、新祺周、樂化、南昌十站。製訂完計劃之後，北伐軍又自武昌將第四軍調至江西作戰，隨即兵分三路對孫傳芳部發起大反攻。
1926年10月28日，蔣介石在高安行營下達對南潯鐵路的總攻擊令，“……孫傳芳尤為軍閥現時重心，黨國前途之障礙。故我軍此次總攻擊，務將孫賊勢力迅速撲滅，使軍閥餘孽不至蔓延，即帝國主義者亦必震懾而不敢發，則時局方可成功。凡我革命軍人，須知我不殺賊，賊必殺我，寧為玉碎，毋為瓦全，能抱最後之犧牲，方能博得最後之勝利，若縱寇長亂，功敗垂成，不獨貽羞天下，死且無葬身之地矣”，北伐軍遂於當日對江西發動總攻，所有兵力向南潯鐵路集中。
當時孫傳芳的援贛部隊35000餘人幾乎全部集結在南潯鐵路上，自九江到馬回嶺一帶為孫傳芳部的總預備隊，自德安、永修到塗家埠為孫傳芳部第三方麵軍主力及第六方麵軍一部，自樂化至牛行則是孫傳芳部的第二方麵軍主力。另外，孫傳芳布置其所部第五方麵軍在瑞昌、陽新、武穴、田家鎮方麵負責策應南潯鐵路方麵的戰事，在撫州、進賢、東鄉方麵的孫傳芳部蔣鎮臣、楊池生、楊如軒、謝文炳、陳修爵等部雖然戰敗，但仍然掌握有13000餘人。所以，北伐軍右翼第十四軍在第二軍的配合下，先攻占撫州，切斷了孫傳芳部進入福建的通道，隨後從東南向南昌推進。左翼第七軍則攻占德安，新入贛的第四軍在獨立第二師和第七軍的配合下攻占馬回嶺，第四軍、第七軍主力隨後又在德安以南的九仙嶺擊敗孫傳芳部的兩個師，從而截斷南潯鐵路，進攻永修。
南潯鐵路被截斷之後，孫傳芳部的機動性大受影響，江西的戰事便急轉直下。孫傳芳治軍，素來就是以機動性著稱，但孫氏的機動性主要是兩方麵，一方麵是快，一方麵是巧，都是打敵人一個防不勝防，對方一慌亂主將就會逃跑，群龍無首，自然不攻自破。其實孫傳芳成名，主要是入浙江和驅逐奉係這兩場仗，進入浙江鑽的是盧永祥和齊燮元蘇浙戰爭的空子，驅逐奉係則是因為楊宇霆和張宗昌忌憚背後的馮玉祥，再者孫傳芳打仗靠的就是出其不意，進攻的時候還好說，防守的時候就不靈了。所以固守南昌，孫傳芳依賴的就是南潯鐵路，一旦南潯鐵路被截斷，他也就黔驢技窮了。