光宅元年正月初一，武則天不顧朝臣反對，改元為嗣聖。李敬業、李敬猷等散發不滿言論。李敬業被貶為眉州刺史，李敬猷和給事中唐之奇、長安主薄駱賓王、詹事司直杜求仁等被貶南方。二月初六，武則天與裴炎、程務挺、劉禕之、張虔勖等廢中宗為廬陵王，貶出長安，軟禁均州、房州。妃子韋氏陪隨。武則天又立幼子相王李旦為為睿宗，改元文明，武則天親自主政。程務挺因功受重賞，其子程齊之被封為尚乘奉禦，其弟、原州司馬程務忠被封為太子洗馬。三月，廢太子李賢在巴州自殺。程務挺上書為好友唐之奇、杜求仁求情，未準。四月，李敬業請人根據李績厚葬李密事編寫戲劇《黎山》，清明節公演。武則天震怒，再貶李敬業為柳州司馬。五月，高宗靈柩運往長安，乾陵正式動工。六月，武太後追封其曆代先祖：五代祖克己為魯靖公，高祖居常為太尉、北平恭肅王，曾祖儉為太尉、金城義康王，祖華為太原安成王，父士彠為魏忠孝王。九月初六，武後改元光宅，定洛陽為神都。初七，建立武舉考試製度，選撥武將。初九，唐在庭州設置瀚海軍。九月十八日，李敬業赴任，途經揚州，與李敬猷、唐之奇、駱賓王、杜求仁及被罷黜禦史職的魏思溫、監察禦史薛璋等密謀反對武則天。九月二十九日，薛璋以謀反罪名捕殺揚州刺史陳敬之。李敬業放棄李姓，改姓徐，自稱揚州司馬，召集囚犯、工匠、役丁數百人，舉旗反唐。十月，裴炎要求還政於李旦，被逮捕。程務挺上書為其請罪。武則天大怒，立即斬裴炎於洛陽都亭驛前街，又命左玉鈴衛大將軍李孝逸統兵鎮壓徐敬業。十一月，徐敬業兄弟及唐之奇等人兵敗被殺，駱賓王與徐敬業子侄輾轉逃亡西域。武則天下詔追削徐敬業祖、父官爵，掘墳斫棺。期間，吐蕃讚普赤都鬆讚因王孝傑與父貌相像，免死歸唐。武則天任王孝傑為右鷹揚衛將軍。十二月初，武則天策劃實施清洗徐敬業九族運動。數千朝野人士聯名檢舉程務挺與裴炎曾參與徐敬業謀反。十二月二十六日，左騰揚將軍裴紹業奉詔將程務挺問斬軍營，株連全家，並肅清其舊部將士。
垂拱元年正月十五，郭敬之自縛其身，至長安，要求治罪。武則天問：“徐賊反亂慘敗，親友如鳥獸潰散，或改名換姓，或逃奔胡地，你何故自投羅網？”郭敬之正色道：“吾入程務挺幕，誌在報國，未料將軍遭誅，突厥人雖則歡宴相慶，但敬佩大使威名，建立祠堂，祈禱敬拜。吾曾為大使錄事參軍，豈能幸免？與其坐等閑人構惡，不如徑直求死，使世間少卻一些賣友求榮之人！” 武則天微笑說：“朕赦免你，到涪州繼續任錄事參軍吧。”二月，郭敬之動身赴任。三月，欽陵出任吐蕃大相。赤都鬆之子傑祖茹出生，因其麵部多須，元慶戲稱“麥阿聰”，意為胡子爺爺。讚普不悅，與其母沒盧氏、大臣論岩等人密議剪除噶氏勢力，意欲收回大權。四月，元慶覺處境危險，以省親為由，攜二子那獻、餒子等逃奔西域，召集其父舊部，欲自立可汗。五月，阿波達幹率軍進攻更代州、九姓鐵勒及三十姓韃靼。六月，武則天冊封元慶為左玉鈐衛將軍、昆陵都護、興昔亡可汗，轄咄陸五部，冊封步真之子斛瑟羅為蒙池都護、繼往絕可汗兼右衛大將軍，統轄弩失畢五部。接著，又加封元慶為鎮國大將軍、左威衛大將軍。垂拱二年正月，武太後欲複政睿宗，李旦堅辭，請武太後繼續理政。七月，頡跌利施進攻昌平及契丹、奚等部族，被左鷹揚大將軍黑齒常之擊退。八月，頡跌利施攻朔州，被黑齒常之等擊潰。九月初八，李旦第三子李隆基出生，其時 ，武則天與群臣正觀看鬥雞，李隆基開始緊皺眉頭，哭鬧不止，到精彩處，眼放光芒，撫掌大呼：“好鬥！好鬥！”聲震如雷，眾人皆驚。武則天卻眉開眼笑，說：“小阿瞞，難道你是鬥雞神童？嗬嗬。”此後，她對李隆基疼愛有加，每逢鬥雞，都攜同觀看。十月，右監門衛中郎將爨寶璧孤軍深入磧北追擊後突厥，全軍覆沒。武則天怒稱頡跌利施為“不卒祿”。十一月，唐在原單於都護府轄境改置鎮守使。
垂拱三年四月，吐蕃大相欽陵以”混沌丁號”為吉祥物，率大軍占領安西四鎮，前鋒直達敦煌。五月，且末城主何伏帝延死，陪葬乾陵。九月初八，李隆基周歲，收到豪門貴戚、公子王孫、侯家權臣贈送良種雄雞五百隻。武則天大喜，立即舉行鬥雞比賽，為期半月。來自渤海的雄雞獲勝，被譽為“東方大將軍”，估價萬金。