鴉片戰爭前，葡萄牙人居留地隻占澳門半島一小部分，麵積不足兩平方公裏，處於中國政府的管轄之下。澳葡當局僅對居澳葡人享有一定的管理權，無權管理居澳華人。鴉片戰爭以後，在英國侵華取得進展的影響下，葡萄牙政府處心積慮破壞中國對澳門的管轄權，竭力改變將近三百年時間形成的澳門的曆史地位，以實現其完全控製整個澳門地區的目的。鴉片戰爭結束後的幾年內，葡國政府多次派遣代表與清政府談判交涉，但在主權問題上未能取得任何實質性的進展。
在這種情況下，葡萄牙政府決定任命一個他們認為“可有效執行既定政策的總督”——海軍上校阿瑪勒前往澳門，強行推動侵占澳門的政策。1846年4月阿瑪勒上台後，肆無忌憚地采取了一係列破壞中國領土主權完整的步驟，竭力改變將近三百年時間形成的澳門的曆史地位，將澳門和居澳華人強行置於葡萄牙的殖民統治之下。其中包括強行征稅、編立戶籍、擴展地界、封閉中國在澳海關以及拒絕向中國政府繳納地租等政策。
1884年夏天，一批法國人在澳門招兵買馬。此時，有消息說，法國與葡萄牙曾有密約，澳葡當局答應法國可自澳門經廣東陸路攻打廣州。事成之後，法國將所有澳門地界贈與葡國作為酬勞。1885年，葡國議會討論了以澳門和葡屬幾內亞交換法屬剛果的提案，雖未獲通過，但表明葡萄牙已有這種打算。同年，葡萄牙駐上海總領事賈貴祿妄稱葡萄牙與中國未定條約，可以不守局外中立之例，大有讓法國利用澳門之意。這就迫使清廷不得不考慮法占澳門是否比葡占澳門對兩廣地區危險更大。
這時英法兩國在世界範圍內爭奪殖民地的矛盾十分激烈，如果澳門被法國占領，英國占領下的香港將麵臨與法國的競爭。因此，英國人認為，讓澳門留在葡萄牙手中對自己更為有利。於是，英國人決心幫助葡萄牙人，誘使中國承認葡國占領澳門的權利。清政府提出的鴉片稅厘並征更是給英國人提供了可乘之機。
1887—1910年是葡人進一步擴張、最終完成對澳門地區的占領的階段。1887年中葡條約簽訂以前，葡人已基本上占有了澳門半島，但望廈村村民頑強抗租，不願歸葡人管轄。條約簽訂後，澳葡更急於將望廈納入其管製範圍，連年派人到望廈勒收地租，並趁列強瓜分中國之機，最終於1898年迫使抗交地租達數十年之久的望廈村村民交納地租，從而完成了對整個澳門半島的控製。
在完成對澳門地區占領的同時，葡人還不斷挑釁，圖謀占領前山地區、對麵山、大小橫琴島等地，但遭到中國政府和中國人民的堅決抵製，最終未能得逞。
直至1966年12月3日因文化大革命和氹仔學校事件而觸發的“一二·三”事件，才顯示出了民間對於葡萄牙人在澳門的特權一直深感不滿。1974年4月25日，葡萄牙革命成功，新政府實行非殖民地化政策，承認澳門是被葡萄牙非法侵略的，是1999年前葡國管治下的一個中國領土，澳門的主權屬於中國。
1986年，中葡兩國政府開始為澳門問題展開了四輪談判。1987年4月13日，兩國總理在北京簽訂《關於澳門問題的聯合聲明》及兩個附件。聯合聲明說，澳門地區是中國的領土，中華人民共和國將於1999年12月20日對澳門恢複行使主權。中國承諾向澳門實行一國兩製，保障澳門人可享有“高度自治、澳人治澳”的權利。
全國人大於1993年3月在北京通過了《澳門特別行政區基本法》。
1999年12月，在中葡兩國元首見證下，第127任澳門總督韋奇立和第1任澳門特別行政區行政長官何厚鏵在澳門新口岸交接儀式會場場內交接澳門政權。次日早上，澳門群眾歡迎中國人民解放軍駐澳部隊進駐澳門，這時，中華人民共和國才得以正式恢複對澳門行使主權。
統治達五百多年的葡萄牙殖民地帝國正式宣告走入曆史。